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《北京工业大学》 2001年
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SVM几何修正法及其在DNA序列处理中的应用

郑捷  
【摘要】: 支撑向量机(SVM)是一种模式识别技术,相当于一种模式分类器。SVM是 参数空间的一种线性分类器,但它可以通过核函数扩展成非线性分类器,因此SVM 的性能在很大程度上依赖于核函数的选择。但是目前对特定数据集,还没有一个 好的选择核函数的方法。J.C.Burges在他1999年发表的一篇文章中用信息几何的 观点赋予了核函数几何性质。根据他的结果,Amari在同年提出了一种利用核函数 的几何性质对其进行修正的方法,以提高SVM的分辨率。 本文运用信息几何方法和修正核函数思想,提出了一种SVM几何修正法。该 方法用双曲正割函数构造拟共形变换函数,对多项式核函数进行修正来提高SVM 的分辨率,并侧重于拟共形变换函数中的参数分析,确定了参数的取值方法,缩小 了参数选取的范围。在人工数据和DNA数据的分类实验中,修正后的SVM具有 更高的分辨率,这说明了本文提出的SVM几何修正法和参数选取的方法的有效性。 另一方面,随着基因组信息的不断出现,需要分析大量DNA数据。DNA序 列处理一般是先寻找一种数学表示,再借助其它工具对其进行分析。本文在DNA 序列CGR图表示的基础上,利用CGR图具有的可视特征,将其转化为多维向量, 并用SVM方法和SVM几何修正法,分别进行了外显子与内含子以及外显子与整 个基因的分类实验,得到了很高的分辨率。这表明本文提出的DNA序列的向量表 示法对于区分外显子与内含子或区分外显子与整个基因是有效的。
【学位授予单位】:北京工业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2001
【分类号】:Q523;O235

【引证文献】
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 姚玉华;生物序列相似性分析的图形表示及其不变量方法[D];大连理工大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 黄伟;基于面积不变量的生物序列相似性分析[D];大连理工大学;2008年
2 颜军;基于图形表示的蛋白质编码区识别方法研究[D];湖南大学;2011年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 许高程;张文君;王卫红;;支持向量机技术在遥感影像滑坡体提取中的应用[J];安徽农业科学;2009年06期
2 管翠萍;;药物靶标G蛋白偶联受体的识别预测[J];安徽农业科学;2010年24期
3 刘婷婷;;基于支持向量机的水稻纹枯病识别研究[J];安徽农业科学;2011年28期
4 高闯;王立东;周世宇;;基于支持矢量机的宫颈细胞分类[J];辽宁科技大学学报;2009年03期
5 汪廷华;田盛丰;黄厚宽;廖年冬;;样本属性重要度的支持向量机方法[J];北京交通大学学报;2007年05期
6 尚磊;刘风进;;基于支持向量机的手写体数字识别[J];兵工自动化;2007年03期
7 胡淑燕;郑钢铁;;应用支持向量机的眼睑参数疲劳预测[J];北京航空航天大学学报;2009年08期
8 王自强;段爱玲;张德贤;;基于自适应核函数的支持向量数据描述算法[J];北京化工大学学报(自然科学版);2008年02期
9 陈增照;杨扬;董才林;何秀玲;;支持向量机动态学习方法及其在票据识别中的应用[J];北京科技大学学报;2006年02期
10 郭辉;刘贺平;王玲;;基于最小二乘支持向量机对偶优化问题的核偏最小二乘[J];北京科技大学学报;2006年08期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
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4 ;Fault Pattern Recognition of Rolling Bearings Based on Wavelet Packet and Support Vector Machine[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
5 蒋少华;桂卫华;阳春华;唐朝晖;蒋朝辉;;基于主元分析与支持向量机的方法及其在密闭鼓风炉过程监控诊断中的应用[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
6 王海丰;李壮;任洪娥;赵鹏;;基于非下采样Contourlet变换和SVM的纹理图像分割算法[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
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10 戴明洋;杨大利;徐明星;;语音情感识别中UBM训练集的组成研究[A];第十一届全国人机语音通讯学术会议论文集(一)[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 赵莹;半监督支持向量机学习算法研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
2 殷志伟;基于统计学习理论的分类方法研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
3 柏坚;非线性数学地质模型研究及在滇东南金矿成矿预测中的应用[D];中国地质大学(北京);2010年
4 姚志明;基于步态触觉信息的身份识别研究[D];中国科学技术大学;2010年
5 陈志国;基于群体智能的机器视觉的关键技术研究[D];江南大学;2010年
6 张目;高技术企业信用风险影响因素及评价方法研究[D];电子科技大学;2010年
7 宋国明;基于提升小波及SVM优化的模拟电路智能故障诊断方法研究[D];电子科技大学;2010年
8 刘建明;古代壁画图像保护与智能修复技术研究[D];浙江大学;2010年
9 渠瑜;基于SVM的高不平衡分类技术研究及其在电信业的应用[D];浙江大学;2010年
10 李卓;图像信息隐藏与隐写分析算法的研究[D];浙江大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 朱杰;一种基于聚类的支持向量机反问题求解算法[D];河北大学;2007年
2 李金华;基于SVM的多类文本分类研究[D];山东科技大学;2010年
3 江达秀;基于HMAX模型的人脸表情识别研究[D];浙江理工大学;2010年
4 李朋勇;基于全矢高阶谱的故障诊断方法及其应用研究[D];郑州大学;2010年
5 刘松;基于OCSVM和主动学习的DDOS攻击分布式检测系统[D];郑州大学;2010年
6 方宇;小波支持向量机在交通流预测中的应用研究[D];大连理工大学;2010年
7 梁怀志;基于嵌入式的车型分类系统的设计与实现[D];大连理工大学;2010年
8 李林;基于可靠性的TBM刀盘轻量化设计[D];大连理工大学;2010年
9 李艳萍;基于自主学习的移动机器人质心偏移控制策略[D];大连理工大学;2010年
10 梅丽;人类启动子识别算法研究[D];辽宁师范大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 尚彤,张丹,卢铭;生物信息学概述[J];北京大学学报(医学版);2001年01期
2 刘次全,黄京飞,王莹;分子进化研究中的一些问题[J];动物学研究;1990年02期
3 吕宝忠;分子进化树的构建[J];动物学研究;1993年02期
4 张亚平;从DNA序列到物种树[J];动物学研究;1996年03期
5 郭卫斌,施保昌,王能超;多重生物序列对准及其算法综述[J];高技术通讯;2001年06期
6 骆嘉伟;苏涵沐;陈涛;;基于最小二乘模糊支持向量机的基因分类研究[J];计算机应用研究;2010年02期
7 张英,苏宏业,褚健;基于模糊最小二乘支持向量机的软测量建模[J];控制与决策;2005年06期
8 王守源,李晓琴,罗辽复;氨基酸分类与蛋白质二级结构相关性[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2002年04期
9 张翔;肖小玲;徐光祐;;基于样本之间紧密度的模糊支持向量机方法[J];软件学报;2006年05期
10 张春霆;生物信息学的现状与展望[J];世界科技研究与发展;2000年06期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 陈玲玲;原核与真核生物蛋白质编码区识别及基因组分析[D];天津大学;2004年
2 李春;生物大分子的数学描述及其应用[D];大连理工大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 李阳;图形表示在DNA基因序列识别算法中的应用[D];湖南大学;2010年
【二级引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张艳萍;蛋白质序列的数学描述及其应用[D];浙江理工大学;2010年
2 徐丽;RNA二级结构和蛋白质序列的数学表示及其应用[D];大连交通大学;2010年
3 胡奇光;基于统计特征的DNA序列特征提取方法研究[D];湖南大学;2011年
4 曾诚;DNA序列分析及特征基因提取方法研究[D];湖南大学;2008年
5 李刚成;基于DNA序列4D表示的相似性分析与进化树算法研究[D];中南大学;2008年
6 沈娟;新对称相对熵与DNA序列相似性分析[D];西北农林科技大学;2010年
7 郭珈辰;基于图形表示的DNA相似性分析及进化树构建算法研究[D];湖南大学;2010年
8 杨卫东;基于弧图特征的RNA二级结构图形表示及相似性分析[D];湖南大学;2010年
9 贺晓梅;蛋白质序列特征表达及其在亚细胞定位预测中的应用[D];湖南大学;2012年
10 朱雯;基于距离矩阵的进化树构建方法研究[D];湖南大学;2010年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 刘秉正;物理科学与生命科学的关系[J];吉林师范大学学报(自然科学版);1992年02期
2 陈叙龙,张清敏,张毓琪,张宝东,陈素平;鲤鱼肝胰脏线粒体DNA的分离、纯化方法[J];环境化学;1994年03期
3 周晓慧;DNA与免疫[J];承德医学院学报;1998年02期
4 张爱民,张建民;论基因组的分子进化[J];菏泽师范专科学校学报;1998年02期
5 房经贵,章镇,刘大钧,马正强,JossiHillel;一种从贮藏较久番茄叶中提取适于PCR扩增的DNA的方法[J];植物生理学通讯;2000年01期
6 朱长军,张利宁,马春红,曹英林,宋静;一种新型杆状病毒亲本株的鉴定及病毒DNA的纯化[J];山东医科大学学报;2000年01期
7 张秀花,弓巧娟;分子内电荷转移荧光探针DMAHF的介质效应及与DNA的作用[J];山西大学学报(自然科学版);2000年01期
8 宗仁鹤,白春礼,李振刚,汪新文,聂焰,龚为穗,杨安庆,龚立三;激光对DNA作用机理的AFM研究[J];激光生物学报;2001年01期
9 宗志新,龚国权;阿的平荧光猝灭法测定 DNA(英文)[J];兰州大学学报(自然科学版);2002年02期
10 张李阳;固体发酵红曲霉菌生物量测定方法的研究[J];南京晓庄学院学报;2002年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 刘海英;陈刚;步宇翔;;碱基对的多铜修饰对DNA导电性的增强作用[A];中国化学会第28届学术年会第13分会场摘要集[C];2012年
2 赵宏远;李俊杰;桑润滋;;单细胞凝胶电泳技术检测不同处理山羊精子DNA损伤[A];中国畜牧兽医学会动物繁殖学分会第十五届学术研讨会论文集(下册)[C];2010年
3 刘玲;付强;朱化彬;彭秀丽;郝海生;杜卫华;赵学明;王栋;;牛毛囊基因组DNA制备方法的比较研究[A];中国畜牧兽医学会动物繁殖学分会第十五届学术研讨会论文集(上册)[C];2010年
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5 张文众;李永宁;方瑾;梁春来;张倩男;;体外新评价方法——完整细胞核DNA检测板[A];全国生化/工业与卫生毒理学学术会议论文集[C];2010年
6 邹丹丹;汪海林;;基于DNA甲基化结合蛋白MBD的甲基化分析[A];中国化学会第28届学术年会第2分会场摘要集[C];2012年
7 张晔;杜智;杨斌;高英堂;;检测外周血中游离DNA的应用前景(综述)[A];天津市生物医学工程学会第29届学术年会暨首届生物医学工程前沿科学研讨会论文集[C];2009年
8 赵淑珍;刘光珍;;DNA免疫吸附治疗狼疮性肾炎的临床观察[A];第十一届全国中西医结合肾脏病学术会议论文汇编[C];2010年
9 陈士林;;中药DNA条形码鉴定体系[A];第十届全国药用植物及植物药学术研讨会论文摘要集[C];2011年
10 陆佳飞;周克隆;王缦;;磁珠法快速提取乙型肝炎病毒DNA的研究及其在诊断试剂中的应用[A];第五次全国免疫诊断暨疫苗学术研讨会论文汇编[C];2011年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 陈杰;信息技术将重组汽车DNA[N];科技日报;2010年
2 刘霞;科学家研发出新型人工合成DNA载体[N];科技日报;2010年
3 南方;化危为机 企业需韧性生长的DNA[N];中国企业报;2009年
4 吴强;港大引新技术DNA辨食材[N];中国食品质量报;2010年
5 本报记者 施晓焰 通讯员 马丽娟;云南:DNA数据库成“打拐”得力帮手[N];人民公安报;2009年
6 张巍巍;垃圾DNA可促进癌症发展首获证实[N];科技日报;2010年
7 常丽君;虱子DNA表明人类17万年前首次穿衣[N];科技日报;2011年
8 记者 冯卫东;DNA碱基序列决定其光敏性假设获证实[N];科技日报;2008年
9 许文强;拆、装更便捷的DNA双螺栓结构模型[N];大众科技报;2008年
10 记者 常丽君;研究人员发现自组装DNA链的最佳长度[N];科技日报;2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 郭晓兰;端粒功能异常诱导的DNA损伤反应及其在肿瘤发生中的作用与分子机制[D];重庆医科大学;2010年
2 陈志健;1.8 GHz微波对X射线和阿霉素致淋巴细胞DNA损伤修复及对蛋白表达的影响[D];浙江大学;2010年
3 朱慧芳;Y家族DNA聚合酶对化学致癌物MNNG应答的转录调控研究[D];浙江大学;2009年
4 万超;抗猪瘟嵌合DNA疫苗及TRIF的DNA疫苗佐剂效应研究[D];武汉大学;2009年
5 赵丽霞;克隆绵羊印记相关基因的DNA甲基化研究[D];内蒙古农业大学;2010年
6 沈美龙;基于DNA免疫的乙型肝炎病毒表面抗原大中小蛋白的免疫原性研究[D];南京医科大学;2010年
7 徐铁刚;细菌DNA磷硫酰化修饰与限制[D];上海交通大学;2008年
8 高鹏;特异性介导DNA转导的多结构域嵌合蛋白的构建、表达及鉴定[D];吉林大学;2011年
9 康大伟;DNA分子器件场效应理论研究[D];山东大学;2010年
10 高天;基于寡核苷酸芯片的地中海贫血特异性DNA甲基化的研究[D];第三军医大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 李芳;基于磁性微粒的法医样本DNA纯化[D];西北大学;2011年
2 芦丽淦;柚皮素及聚乙二醇增强乙肝DNA疫苗免疫效果的研究[D];河南大学;2010年
3 杨锦艳;六种香豆素有效成分与DNA相互作用的研究[D];山西医科大学;2010年
4 林启凰;用于乳腺蛋白标志基因检测的DNA电化学生物传感器的研究[D];福建医科大学;2010年
5 于文静;亚麻韧皮部特异启动子克隆与26份种质DNA指纹图谱构建[D];中国农业科学院;2010年
6 Rebecca Simisola Agboola;硼(B)和氯化钠胁迫处理诱导高粱(Sorghum bicolor)自交系发生形态和DNA甲基化的变异[D];东北师范大学;2010年
7 石微;溴氰菊酯致大鼠DNA损伤及损伤后修复功能的影响[D];青岛大学;2010年
8 张诺;DNA-纳米羟基磷灰石修饰电极的制备及在生物分析中的应用[D];济南大学;2010年
9 郭珈辰;基于图形表示的DNA相似性分析及进化树构建算法研究[D];湖南大学;2010年
10 刘香港;基于功能材料的新型电化学DNA生物传感器的研制及应用研究[D];山东农业大学;2011年
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