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《中国农业大学》 2004年
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猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2基因和ORF5基因变异分析

严安  
【摘要】: 猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病为特征的传染病。在PRRSV的全基因组序列中,Nsp2基因和ORF5基因序列变异最大,对这两个基因序列变异的分析在一定程度上能够反映PRRSV整个基因组序列变异的情况。本研究即通过对不同PRRSV毒株Nsp2基因和ORF5基因序列的测定和比较,分析我国流行毒株的遗传变异,进而了解我国PRRSV流行毒株的分子流行病学规律,为PRRS的防制提供必要的分子流行病学信息。 采用RT-PCR方法扩增PRRSV的Nsp2基因和ORF5基因片段,分别从10份PRRSV阳性组织材料中获得Nsp2基因的部分序列片段,从26份PRRSV阳性组织材料中获得ORF5基因片段。将扩增得到的cDNA片段克隆于pGEM-T载体中,进行序列测定和分析,发现在获得的Nsp2基因序列中有2个存在着缺失:BJ-13存在连续3个核苷酸的缺失,HB-4存在111个核苷酸的间隔缺失,其它8个Nsp2基因扩增的序列长度均为1108bp;获得的26个ORF5基因序列长度均为603bp。 序列比较结果表明所获得Nsp2基因序列核苷酸的相似性为76.1%~97.4%,与VR2332株的相似性为76.4%~99.6%,与LV株的相似性为38%~38.5%;获得ORF5基因序列核苷酸的相似性为84.1%~99.8%,与VR2332株的相似性为86.4%~99.5%,与LV株的相似性为62.3%~64.8%,表明所获得序列的流行毒株均属美洲型。参考国内外已经发表的Nsp2基因和ORF5基因序列,采用分子生物学软件绘制了PRRSV的遗传演化关系图。依据ORF5基因序列进行的遗传演化分析结果表明,美洲型PRRSV可分为4个亚群,我国目前流行的PRRSV毒株属于其中的3个亚群:以BJ-4为代表的毒株属于亚群1;以CH-1a,HB-1和HB-2株为代表的毒株属于亚群2;以BJ-13为代表的毒株属于亚群4。推导编码氨基酸的比较结果表明,分属于不同亚群的国内不同地区流行的PRRSV毒株在ORF5基因编码蛋白的潜在糖基化位点数目(2~4个),表位区域(27~30aa,38~54aa和180~197aa)和与毒力相关的氨基酸(13位aa和151位aa)等方面均存在着变异。
【学位授予单位】:中国农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2004
【分类号】:S852.65

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