基于SSR技术和ITS序列进行桃（Prunus persica L.Batsch）品种间亲缘关系的研究
【摘要】：桃[Prunus persica(L.)Batsch]是起源于中国的重要核果类果树。通过长期的栽培和品种演化,形成极其丰富的种质资源和品种类型。研究桃品种间亲缘关系,分析桃品种的分子演化,对于桃品种改良具有重要意义。本研究利用简单重复序列(Simple sequence sepeat,SSR)技术和内转录间隔(Internal transcribed spacer,ITS)区比较技术对桃的不同品种进行了遗传关系的分析。
本研究所用材料包括来源于中国、日本、美国、韩国的95个桃品种和新疆桃(P.ferganensis
Kost.et Riab.),山桃(P.davidiana Franch)和梅(P.mume Sieb.et Zucc.)等3个近缘种。SSR引物是根据已公开发表的108个SSR标记合成,ITS引物据White等人(1990)合成。
通过对108个SSR引物的分析,33个SSR引物具有多态性。用其对96个桃品种进行多态性分析,共获得283个等位基因,每个位点的平均为8.6等位基因。PIC值位于0.40(BPPCT041)至0.98(BPPCT009)之间,平均值为0.80。
基于Nei的遗传距离通过聚类分析将96个桃品种分成6个组。除了少数中国品种之外,绝大多数都和地理起源相吻合。组Ⅰ主要包含了中国的华北和西北的地方品种,并可进一步划分为中国黄肉和中国白肉两个亚组;组Ⅱ为中国南方地方品种及日美品种组,包含的品种占供试品种总数的67%,并进一步划分成四个亚组,日本白桃亚组、中国蟠桃亚组、美国黄桃亚组,还有中国地方观赏桃亚组;组Ⅲ由人面桃和新疆桃组成,组Ⅳ为寿星桃品种和日本育成品种,组Ⅴ为中国的古老地方品种粉寿星;组Ⅵ仅有一个成员即:“白山碧桃”。
进一步分析表明,中国北方的蟠桃和北方地方品种桃的亲缘关系较近,而中国南方蟠桃和日本白桃具有较近的亲源关系。白山碧桃为与其它桃品种遗传距离均很远的观赏桃品种。中国桃的地方品种的遗传背景较日本桃、美国桃和韩国桃品种具有更广泛的遗传变异,进一步表明桃起源于中国。
分析了来源于中国、美国、日本和韩国的52个桃品种的ITS区域的核苷酸序列,并将这52个桃品种与新疆桃、山桃和梅3个近缘种进行了比较,它们的ITS序列长度为624～629 bp,彼此之间并没有多大差别。ITS 1区域碱基序列为229～232 bp,5.8s rDNA基因序列为85bp,ITS 2区域碱基序列为278～281 bp。含2个差异位点的5.8s rDNA基因序列在各品种间不具有多样性,ITS 1和ITS 2区域分别包含21和20个差异位点。
根据系统分类分析结果将这52个桃品种和3个近缘种分为四个分支。分支Ⅰ为“白山碧桃和
争、
中国农业大学博士学位论文摘要
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美国黄桃”分支,由除了一个中国黄桃品种以外的全部黄桃品种,两个中国观赏桃品种和6个中
国白桃品种组成;分支n包括日本黄桃的突变种‘JanghowenhwanghO’;分支川主要包括日本
白桃,与其它分支具有较大的遗传距离;分支IV为“山桃和中国地方桃品种”分支,可以分
为两个亚分支.第一亚分支包括两个中国西北地方品种,第二亚分支包括主要的蟠桃品种和中
国北方地方品种,山桃与该分支亲缘关系比较接近.通过对近缘种的比较表明,梅的遗传背景
和桃有很大的不同。分析还表明山桃与该52个桃品种的亲缘关系比梅更近,并且与五月鲜和白
芒蟠桃等几个中国地方品种处于进化系统树的同一个分支上,山桃很可能是栽培桃的古老祖先
之一。另外和处于进化系统树的同一个分支上的中国地方品种可能是比其他地方品种更古老的
类型,其中五月鲜和白芒蟠桃可能是本研究中最古老的品种。
SSR和rrs结果还证实了白山碧桃是山桃和桃的杂交种的推论。结合聚类分析结果讨论了新
疆桃的分类地位问题,新疆桃可能是桃的一个变种。
关键词桃(Pr uno persica L.Batsch),简单重复序列(s SR),内转录间隔区(I Ts),遗传
关系分析
常
心
【关键词】：桃(Pruns persica L.Batsch) 简单重复序列(SSR) 内转录间隔区(ITS) 遗传关系分析 【学位授予单位】：中国农业大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2005
【分类号】：S662.1
【目录】：
- Chapter 1 Literature summary8-25
- 1.1 Resource Diversity of Peach Germplasm8-11
- 1.2 Research Development on DNA Molecular Marker Technology of Fruit Tree11-19
- 1.3 References19-25
- Chapter 2 Genetic relationship of peach(Prunus persica L. Batsch) Cultivars based on simple sequence repeat markers25-53
- 2.1 Abstract25-26
- 2.2 Introduction26-27
- 2.3 Materials and methods27-33
- 2.4 Results33-35
- 2.5 Discussion35-38
- 2.6 References38-53
- Chapter 3 Phylogenetic relationships of peach cultivars based on internal transcribed spacer sequences of nrDNA53-89
- 3.1 Abstract53-54
- 3.2 Introduction54-56
- 3.3 Materials and methods56-61
- 3.4 Results61-64
- 3.5 Discussion64-66
- 3.6 References66-89
- Acknowledgements (Chinese)89-90
- Personal biographical note (Chinese)90
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艾呈祥;刘庆忠;李国田;张力思;;甜樱桃品种SSR指纹图谱的构建[J];山东农业科学;2010年04期 |
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孙燕琳;阮成江;金华;;沙棘SSR分子标记的开发[J];安徽农业科学;2007年01期 |
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仲艳;杜青珍;李海芬;孟祥勋;袁卫民;王化坤;郗红丽;;枇杷核基因组DNA提取方法的改良及其SSR分析[J];安徽农业科学;2010年18期 |
| 4 |
张广和;唐美玲;张文娜;赵明;;甜樱桃先锋及其芽变品种的SSR分析[J];北方园艺;2009年07期 |
| 5 |
唐蓓;普通枇杷、大渡河枇杷、栎叶枇杷的亲缘关系探讨[J];重庆师范学院学报(自然科学版);1997年03期 |
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高锁柱;马德伟;刘景芬;赵彦斌;;几种桃的过氧化物酶同工酶酶谱分析比较[J];河北农业大学学报;1987年01期 |
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郭振怀;贾希有;梁小巧;;新疆桃和新疆甜仁桃染色体核型分析[J];河北农业大学学报;1989年01期 |
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海林,王克晶,杨凯;半野生大豆种质资源SSR位点遗传多样性分析[J];西北植物学报;2002年04期 |
| 9 |
付大煦,张辉,苏雪,陈学林,孙坤,陈家宽;新疆桑属植物栽培居群的遗传多样性研究[J];西北植物学报;2005年02期 |
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吴俊,束怀瑞,张开春,张学宁,姜立杰;桃AFLP技术体系的优化及集群分离分析研究[J];西北植物学报;2005年03期 |
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