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《中国农业大学》 2002年
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用多相分类确定分离自菜豆、杭子梢和决明的根瘤菌的分类地位

韩素贞  
【摘要】:本研究采用多相分类,从表型和遗传型两方面对分离自菜豆、杭子梢和决明的86株根瘤菌进行了分类研究,确定了它们的分类地位。 生理、生化等表型特征分析表明,三个宿主的根瘤菌都有快生和慢生菌株,能在pH5.0~11.0的YMA培养基上生长,能利用44种测试的碳源和13种测试的氮源。37株菌对7种测试抗生素的抗性浓度达300μg/ml,有2株菌耐5%的NaCl。 根据数值分类的聚类结果,所有供试菌在67%的相似性水平上分为两大类群:快生和中慢生根瘤菌以及慢生根瘤菌。在85%的相似性水平上,快生和中慢生根瘤菌分为3个群:群1与Agrobacterium的已知种聚为一个群,群2、3中没有已知参比菌。慢生根瘤菌在76%的相似性水平上也聚为3个群:群4、6不与已知参比菌聚在一起,群5与Bradyrhizobium的已知种聚在一起。 从全细胞可溶性蛋白电泳树状图可以看出,快生菌和中慢生菌在68%的相似性水平上,主要可聚为5个群,慢生菌在59%的相似性水平上,可以聚为3个群。其中群1、2、3相当于数值分类群1,群4、5相当于数值分类群3,群6、7、8分别相当于数值分类群6、4和5。数值分类的群2在全细胞可溶性蛋白电泳的树中没有聚群。全细胞可溶性蛋白电泳分析与数值分类的分群结果基本一致,只是前者的分辨率较高。 rep-PCR指纹图谱分析包括BOX-PCR和ERIC-PCR。在73%和70%的相似性水平上,BOX-PCR和ERIC-PCR的树状图将全部菌株主要聚为18群,可以看出BOX-PCR和ERIC-PCR树里的属、种关系较乱。将两个引物图谱数据合并,得到一个综合树,综合树的分群结果才比较合理。在68%的相似性水平上,全部菌株主要聚为17群。从数值分类得到的群1、3、4、6分布在群1、3、4、5、6、12、13、14、16中,这说明rep-PCR指纹图谱分析的分辨率更高。 所有供试菌的16S rDNA PCR-RFLP的遗传类型谱有62种,除了11株菌与土壤杆菌的遗传类型谱相同外,其余未知根瘤菌的遗传类型谱都没有与已知根瘤菌相同的类型,这说明了这些菌株的遗传多样性。在73%的相似性水平上,全部供试菌株形成3个系统发育分支:Agrobacterium-Rhizobium-Sinorhizobum-Allorhizobium分支,Mesorhizobium分支和Bradyrhizobium分支。数值分类群1与Agrobacterium的关系较其它属近,群3与Rhizobium的关系较近,群4、6属于Bradyrhizobium。 在上述实验结果一致的基础上,对数值分类群1、3、4、6的4株中心菌株CCBAU 65237、CCBAU 01012、CCBAU 33061和CCBAU 33215进行了16S rDNA全序列测定。CCBAU 65237与Agrobacterium各种的相似性达到99%以上,这说明它所代表的群1在系统发育上属于Agrobacterium;CCBAU 01012与Rhizobium各种的相似性达到98%,说明
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