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《北京协和医学院》 2011年
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DNA甲基化与先天性小耳畸形发病关系的研究

宋宇鹏  
【摘要】:目的 筛查先天性小耳畸形患者整个基因组存在甲基化水平异常的CpG岛和CpG位点及其相关差异基因,进一步检测差异基因的RNA表达水平,研究差异基因CpG岛的甲基化水平和基因表达的关系,同时检测去甲基化药物5氮杂胞苷干预后差异基因RNA表达水平的改变,进而探讨基因甲基化水平的异常与先天性小耳畸形发病之间的关系,为其发病机制提供新的科学理论。 方法 收集先天性小耳畸形患者的残耳软骨组织为研究对象,标记为实验组;非耳畸形患者的正常耳软骨组织作为正常对照,标记为对照组。选用基于甲基化DNA免疫共沉淀技术的Nimblegen CpG启动子芯片,对实验组3例及对照组3例样本的基因组DNA进行全基因组28226个CpG岛扫描,用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号并输出影像,运用GenePix Pro6.0软件提取数据并输出excel表格。按照其中一组全部高甲基化而另一组全部低甲基化的标准筛选,确定两组之间存在CpG岛甲基化水平差异的基因。选用SpectroCHIP芯片,运用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析仪对实验组47例,对照组31例的差异基因的CpG岛进行各个CpG位点的检测,输出的信号通过EpiTYPER软件进行分析并输出数据。对数据进行t检验,筛选出存在甲基化水平差异的CpG位点。选取实验组3例,对照组3例,在体外分离、培养残耳软骨细胞和正常耳软骨细胞,光镜下直接观察细胞形态变化,CCK-8法计数细胞,绘制细胞生长曲线,进行Ⅱ型胶原免疫组化染色。将对照组第3代细胞选取部分作为对照2组。对照2组加入不同浓度的5氮杂胞苷干预,通过CCK-8法绘制生长曲线和计算细胞活力评估此药物对细胞增殖的影响及细胞毒性检测。运用实时荧光定量PCR技术对实验组3例组织、1例细胞及对照组1例组织、1例细胞进行差异基因RNA表达水平的检测,同时检测对照2组2例细胞的差异基因RNA表达水平,对输出的Ct值应用Prizm 4统计分析软件进行T-test分析,找出实验组与对照组间RNA表达水平具有统计学差异的差异基因。同时对比对照组与对照2组间RNA表达水平具有统计学差异的差异基因。 结果 1.实验组与对照组在全基因组范围内,存在36个具有甲基化水平差异的CpG岛,其中有29个与已命名的29个基因相关,初步建立了先天性小耳畸形的甲基化谱。 2.实验组与对照组在COL18A1、MYH14、RBMY1A1、ZIC3这四个差异基因的CpG岛内有6个CpG位点的甲基化水平存在差异且具有统计学意义。 3.实验组与对照组的原代及1、2、3代软骨细胞在生物学性状及相关特异性上均无明显差异,细胞增殖及毒性实验证实5氮杂胞苷对正常耳软骨细胞的生长具有剂量依赖性的抑制作用。 4.在软骨组织中,COL18A1基因的RNA表达水平在实验组较对照组低,具有非常显著的差异;MYH14、RBMYA1这2个基因的RNA表达水平在实验组均较对照组高,且具有显著性差异;ZIC3基因的RNA表达水平在实验组较对照组高,但不具有显著差异。在软骨细胞中,COL18A1, MYH14, ZIC3这3个基因的RNA表达水平在实验组均较对照组高,但不具有显著性差异;对照组与对照2组在COL18A1, MYH14、ZIC3这3个基因的RNA表达水平在对照2组均较对照组高,且具有显著性差异。 结论 先天性小耳畸形残耳软骨组织与正常耳软骨组织在全基因组DNA甲基化水平上有36个CpG岛存在差异,进一步对存在CpG岛甲基化水平差异的其中4个差异基因的具体CpG位点进行检测,发现4个差异基因共有6个CpG位点具有甲基化水平差异,对此4个差异基因的RNA表达水平检测发现5氮杂胞苷的去甲基化作用能够促进基因的表达,证实差异基因的表达水平与DNA甲基化相关;MYH14、RBMY1A1这2个差异基因在实验组和对照组的表达差异符合CpG岛甲基化水平的差异,表明在先天性小耳畸形中MYH14和RBMY1A1的表达调控与DNA的甲基化水平密切相关,从而初步推断出先天性小耳畸形的发病可能与DNA的甲基化水平有着密切的关系。
【学位授予单位】:北京协和医学院
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2011
【分类号】:R440;R764.7

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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 吴丽明;杨建平;莫先启;袁建辉;庄志雄;;5-氮杂胞苷抑制乳腺癌细胞Bcap-37增殖及逆转RASSF1A基因甲基化作用[J];癌变.畸变.突变;2006年05期
2 赵方允;刘侃;;人类疾病发生的表观遗传机制及治疗研究进展[J];广东药学院学报;2009年04期
3 陈丽;屈卫东;;DNA甲基化及其芯片技术研究进展[J];国外医学(卫生学分册);2007年06期
4 李美蓉;张玉稚;潘虹;;Rett综合征和DNA甲基化[J];国际遗传学杂志;2006年05期
5 龙超众;贺大璞;王元星;韦兵;冯耀光;;5-氮杂胞苷对Eca109细胞增殖及RUNX3基因表达的影响[J];南华大学学报(医学版);2010年03期
6 米向斌;邱贤文;谭国珍;郭庆;曾凡钦;;5-氮杂胞苷对IL-6启动子DNA甲基化的影响[J];岭南皮肤性病科杂志;2009年06期
7 潘博;林琳;蒋海越;蔡震;赵延勇;庄洪兴;;先天性小耳畸形家系收集和遗传学研究[J];中国美容医学;2007年08期
8 孙贝娜;;DNA甲基化检测方法的研究进展[J];生命科学仪器;2009年04期
9 吴少瑜;吕琳;徐伟;吴曙光;饶进军;;DNA甲基化和基因组印记现象[J];山东医药;2010年09期
10 陆嵘;房静远;;表观遗传修饰与肿瘤[J];生命科学;2006年01期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 郭新红;刘文彬;;表观遗传学及其研究进展[J];安徽农业科学;2007年01期
2 李文艺;;表观遗传学及其研究进展[J];安徽农业科学;2009年14期
3 张丽霞;潘世扬;陈丹;谢而付;高丽;束永前;陆祖宏;程璐;杨迪;张寄南;;肺癌细胞株APC基因启动子甲基化对其转录的影响[J];癌症;2007年06期
4 腾丽娟;李克;;营养与肿瘤表观遗传学关系的研究进展——组蛋白修饰机制[J];癌症;2007年09期
5 李洪利;张伟栋;李文通;尹崇高;;5-氮杂脱氧胞苷对肝癌细胞HepG2中抑癌基因FHIT表达的影响[J];癌症;2009年09期
6 刘洪;王春毅;傅仲学;;抑癌基因DLC-1与结肠癌的关系[J];重庆医学;2012年17期
7 五且昆·吐尔逊;陈艳;李惠武;;nm23-H1基因CpG岛甲基化与食管癌的关系[J];地方病通报;2009年02期
8 郭元红;陈伟庆;房殿亮;;Runx3基因对HepG2细胞顺铂耐药性的影响[J];第三军医大学学报;2012年09期
9 陈纲;李世拥;;内皮抑素基因治疗在结直肠癌中的应用[J];腹部外科;2009年03期
10 李鑫;胡兰;季安全;郗永义;;DNA甲基化与个体年龄的相关性研究进展[J];法律与医学杂志;2006年04期
中国重要会议论文全文数据库 前3条
1 杨建平;庄志雄;胡恭华;张锦州;吴丽明;纪卫东;袁建辉;张文娟;许玉铃;徐薇;杨淋清;胡福勇;;三氯乙酸对肝L-02细胞的增殖作用及对DNA甲基化水平的影响[A];第五届广东省环境诱变剂学会暨第三届广东省预防医学会卫生毒理专业委员会学术交流会论文集[C];2006年
2 许焕丽;王凤山;;内皮抑素的结构与作用机制研究进展[A];山东省药学会2006年生化与生物技术药物学术研讨会论文集[C];2006年
3 吴超群;;表观遗传学和人类疾病[A];中国优生优育协会第四届全国学术论文报告会暨基因科学高峰论坛论文专辑[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 令亚琴;甲状腺素受体B1基因在乳腺癌组织中的表达调控研究[D];甘肃农业大学;2009年
2 芦娟娟;短命植物异果芥异形果实与种子的生态适应对策[D];新疆农业大学;2010年
3 韩玉萍;糖尿病双生子肾虚血瘀证的表观遗传研究[D];成都中医药大学;2010年
4 杨红亚;脾肾两虚证双生子脑瘫的生物学基础研究[D];成都中医药大学;2010年
5 关涛;抗叶酸代谢药MTX诱导神经管畸形动物模型及其对基因组稳定性的影响[D];山西医科大学;2011年
6 李际红;叶籽银杏EFRO发育过程中DNA甲基化修饰机理及系统学意义[D];山东农业大学;2011年
7 康慧媛;定量检测骨髓增生异常综合征中ID4基因甲基化状态的研究[D];中国人民解放军军医进修学院;2011年
8 于晓波;先天性小耳畸形患者心理弹性问题、相关因素及其干预对策研究[D];北京协和医学院;2011年
9 王亮;耐药性癫痫分子病理机制及生物标记物相关研究[D];重庆医科大学;2011年
10 夏茵茵;21三体综合征21qCpG岛DNA甲基化水平研究[D];重庆医科大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 汤虹;SEMA3B在食管鳞癌中的表达及意义和pcDNA3.1-SEMA3B真核表达载体的构建及鉴定[D];郑州大学;2010年
2 高力敏;1例Prader-Willi综合征合并桥本氏甲状腺炎临床及分子遗传学研究[D];山西医科大学;2011年
3 段红丽;叶酸与5-Aza-CdR对CIN阶段细胞P14ARF基因启动子区甲基化的影响[D];山西医科大学;2011年
4 白晋阳;恩度联合放疗对小鼠肾癌移植瘤的协同抗瘤效应研究[D];山西医科大学;2011年
5 杨夕粉;叶酸与5-Aza-CdR对CIN阶段DAPK抑癌基因启动子区甲基化的影响[D];山西医科大学;2011年
6 杨恩;血管瘤中血管内皮生长因子受体KDR基因异常甲基化的研究[D];泸州医学院;2011年
7 徐洪芹;精神分裂症PLA2G4C基因启动子甲基化的研究[D];吉林大学;2011年
8 洪伟俊;组蛋白去乙酰化酶5在非小细胞肺癌中的生物学特征及其机制初探[D];第二军医大学;2011年
9 朱鸿斌;地中海贫血相关珠蛋白基因启动子区甲基化研究[D];昆明医学院;2011年
10 张泽川;异硫氰酸苯已酯对骨髓瘤细胞株U266增殖抑制作用及机制研究[D];福建医科大学;2011年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 李莉;李真;;表观遗传学在肿瘤诊断及治疗中的研究进展[J];重庆医学;2008年11期
2 刘建秋;李爱敏;张继红;;5-氮杂胞苷增强阿霉素对神经母细胞瘤细胞的抗瘤活性[J];中国当代儿科杂志;2007年06期
3 肖文华,刘为纹,吕有勇,高崇峰;肝细胞癌多种抑癌基因失活机理的研究[J];第三军医大学学报;1997年04期
4 黄琼晓,金帆,黄荷凤;DNA甲基化的研究方法学[J];国外医学.遗传学分册;2004年06期
5 赵红宇;李红;张旭;肖燕;何巍;石爱梅;;侵袭性牙周炎的表观遗传学研究[J];医药论坛杂志;2006年21期
6 潘博;林琳;蒋海越;蔡震;于大山;庄洪兴;;2个第1、2腮弓综合征家系的vrk1基因突变检测[J];临床耳鼻咽喉头颈外科杂志;2007年22期
7 米向斌;曾凡钦;谭国珍;;SLE患者外周血T细胞DNA甲基转移酶1表达与疾病活动的关系[J];岭南皮肤性病科杂志;2006年04期
8 刘建余,覃扬,孙芝琳,孙泽芳;人原发性肝癌中p16,p15基因CpG岛甲基化研究[J];四川大学学报(自然科学版);2002年S1期
9 沈佳尧,侯鹏,祭美菊,李松,陆祖宏,何农跃;DNA甲基化方法研究现状[J];生命的化学;2003年02期
10 沈岩;致病基因的定位候选克隆[J];生命科学;1999年05期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张丽容,刘迺丰,陈日新,张丽珊,黄鹰,李方园,王世浚;心肌病患者线粒体DNA异常的探讨[J];中国优生与遗传杂志;1993年04期
2 陈至善!200052上海,熊显华!200052上海;肾癌细胞增殖活性与预后的关系[J];临床肿瘤学杂志;1998年02期
3 张秀荣,孟如松,李春启,毛高平,王建荣;大肠癌及各类型大肠息肉流式细胞DNA定量研究[J];空军总医院学报;1998年03期
4 原银栋,刘庆阳,原泉,赵耀;恶性骨肿瘤中血管内皮生长因子表达的定量研究[J];中华骨科杂志;1999年07期
5 陈建庭,李菊根,金大地;血小板衍生生长因子促进成骨细胞DNA合成的实验研究[J];中华外科杂志;1999年07期
6 张淑娟,宋炜辉;治疗淋菌性结膜炎的用药观察[J];黑龙江医药科学;1999年03期
7 李秀珍;微波对脑的影响[J];国外医学.卫生学分册;2000年05期
8 邱方城,熊琛,严礼华,张志华,郑卫东;PCR检测HBVDNA的初步研究[J];郧阳医学院学报;2000年01期
9 李昕权,李丰益,廖清奎,罗春华;白血病随机扩增多态DNA分析及其临床意义[J];中国小儿血液;2000年06期
10 武大林;HLA方法学进展及其DNA分型应用[J];第一军医大学学报;2001年06期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 刘海英;陈刚;步宇翔;;碱基对的多铜修饰对DNA导电性的增强作用[A];中国化学会第28届学术年会第13分会场摘要集[C];2012年
2 赵宏远;李俊杰;桑润滋;;单细胞凝胶电泳技术检测不同处理山羊精子DNA损伤[A];中国畜牧兽医学会动物繁殖学分会第十五届学术研讨会论文集(下册)[C];2010年
3 刘玲;付强;朱化彬;彭秀丽;郝海生;杜卫华;赵学明;王栋;;牛毛囊基因组DNA制备方法的比较研究[A];中国畜牧兽医学会动物繁殖学分会第十五届学术研讨会论文集(上册)[C];2010年
4 梁春柳;;一个新的筛选化合物与DNA交互作用的简便方法[A];2010年全国药物毒理学学术会议论文集[C];2010年
5 张文众;李永宁;方瑾;梁春来;张倩男;;体外新评价方法——完整细胞核DNA检测板[A];全国生化/工业与卫生毒理学学术会议论文集[C];2010年
6 邹丹丹;汪海林;;基于DNA甲基化结合蛋白MBD的甲基化分析[A];中国化学会第28届学术年会第2分会场摘要集[C];2012年
7 张晔;杜智;杨斌;高英堂;;检测外周血中游离DNA的应用前景(综述)[A];天津市生物医学工程学会第29届学术年会暨首届生物医学工程前沿科学研讨会论文集[C];2009年
8 赵淑珍;刘光珍;;DNA免疫吸附治疗狼疮性肾炎的临床观察[A];第十一届全国中西医结合肾脏病学术会议论文汇编[C];2010年
9 陈士林;;中药DNA条形码鉴定体系[A];第十届全国药用植物及植物药学术研讨会论文摘要集[C];2011年
10 陆佳飞;周克隆;王缦;;磁珠法快速提取乙型肝炎病毒DNA的研究及其在诊断试剂中的应用[A];第五次全国免疫诊断暨疫苗学术研讨会论文汇编[C];2011年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 陈杰;信息技术将重组汽车DNA[N];科技日报;2010年
2 刘霞;科学家研发出新型人工合成DNA载体[N];科技日报;2010年
3 南方;化危为机 企业需韧性生长的DNA[N];中国企业报;2009年
4 吴强;港大引新技术DNA辨食材[N];中国食品质量报;2010年
5 本报记者 施晓焰 通讯员 马丽娟;云南:DNA数据库成“打拐”得力帮手[N];人民公安报;2009年
6 张巍巍;垃圾DNA可促进癌症发展首获证实[N];科技日报;2010年
7 常丽君;虱子DNA表明人类17万年前首次穿衣[N];科技日报;2011年
8 记者 冯卫东;DNA碱基序列决定其光敏性假设获证实[N];科技日报;2008年
9 许文强;拆、装更便捷的DNA双螺栓结构模型[N];大众科技报;2008年
10 记者 常丽君;研究人员发现自组装DNA链的最佳长度[N];科技日报;2010年
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1 宋宇鹏;DNA甲基化与先天性小耳畸形发病关系的研究[D];北京协和医学院;2011年
2 郭晓兰;端粒功能异常诱导的DNA损伤反应及其在肿瘤发生中的作用与分子机制[D];重庆医科大学;2010年
3 陈志健;1.8 GHz微波对X射线和阿霉素致淋巴细胞DNA损伤修复及对蛋白表达的影响[D];浙江大学;2010年
4 朱慧芳;Y家族DNA聚合酶对化学致癌物MNNG应答的转录调控研究[D];浙江大学;2009年
5 万超;抗猪瘟嵌合DNA疫苗及TRIF的DNA疫苗佐剂效应研究[D];武汉大学;2009年
6 赵丽霞;克隆绵羊印记相关基因的DNA甲基化研究[D];内蒙古农业大学;2010年
7 沈美龙;基于DNA免疫的乙型肝炎病毒表面抗原大中小蛋白的免疫原性研究[D];南京医科大学;2010年
8 徐铁刚;细菌DNA磷硫酰化修饰与限制[D];上海交通大学;2008年
9 高鹏;特异性介导DNA转导的多结构域嵌合蛋白的构建、表达及鉴定[D];吉林大学;2011年
10 康大伟;DNA分子器件场效应理论研究[D];山东大学;2010年
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1 李芳;基于磁性微粒的法医样本DNA纯化[D];西北大学;2011年
2 芦丽淦;柚皮素及聚乙二醇增强乙肝DNA疫苗免疫效果的研究[D];河南大学;2010年
3 杨锦艳;六种香豆素有效成分与DNA相互作用的研究[D];山西医科大学;2010年
4 林启凰;用于乳腺蛋白标志基因检测的DNA电化学生物传感器的研究[D];福建医科大学;2010年
5 于文静;亚麻韧皮部特异启动子克隆与26份种质DNA指纹图谱构建[D];中国农业科学院;2010年
6 田芹;静电场胁迫处理诱导不同基因型水稻DNA甲基化变异[D];东北师范大学;2010年
7 Rebecca Simisola Agboola;硼(B)和氯化钠胁迫处理诱导高粱(Sorghum bicolor)自交系发生形态和DNA甲基化的变异[D];东北师范大学;2010年
8 石微;溴氰菊酯致大鼠DNA损伤及损伤后修复功能的影响[D];青岛大学;2010年
9 张诺;DNA-纳米羟基磷灰石修饰电极的制备及在生物分析中的应用[D];济南大学;2010年
10 郭珈辰;基于图形表示的DNA相似性分析及进化树构建算法研究[D];湖南大学;2010年
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