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人冠状病毒HCoV-HKU1流行情况及部分基因序列分析

段希洁  
【摘要】:第一部分北京地区部分医院成人急性上呼吸道感染病人中HCoV-HKU1感染情况分析与基因型确定 研究目的: 了解成人上呼吸道感染患者中人冠状病毒HKU1(HCoV-HKU1)的发病率、时间分布、临床特点并确定流行株的基因型别。 方法: 选取北京协和医院、北京第六医院发热门诊2011年1月~2012年1月成人上呼吸道感染患者559例,记录临床病历资料,并收集鼻咽拭子标本559份。整理分析病人的临床特点。利用巢式PCR方法进行HCoV-HKU1筛查并对阳性片段进行序列测定,确定其基因型别;对阳性标本进行常见呼吸道病毒的共感染筛查,进而分析HCoV-HKU1感染的临床表现和流行病学特点。 结果: 559例病人的临床表现为急性呼吸道症状,以发热、咽痛、流涕、咳嗽和头痛为主,除一例有系统性红斑狼疮史外,其余病人无基础疾病;鼻咽拭子标本中检出HCoV-HKU1阳性9例,其中3例合并人冠状病毒HCoV-OC43感染;感染病人阳性基因片段系统进化分析发现这9例感染均为HCoV-HKU1B型。 结论: 北京地区成人呼吸道感染患者存在中HCoV-HKU1感染,其流行株基因型为B型,临床表现无特异性。 第二部分HCoV-HKU1流行株部分基因组序列测定与分析 研究目的: 对研究中检测到的HCoV-HKU1流行株BJXH1391株部分基因组序列进行测定,并分析其基因组特点。 方法: 根据GenBank中已知的HCoV-HKU1全基因组序列AY597011分段设计引物。利用One step RT-PCR方法获得扩增产物,将其连接到T载体上,转化感受态DH5a,挑取单克隆送测序并进行系统进化分析及序列分析。 结果: 已测得除5’非编码区(5’UTR)之外的所有BJXH1391株基因组,长度为28.036Kb,基因分型为B型;BJXH1391株RdRp氨基酸序列同其他四株HCoV-HKU1同源性高于90%,与HCoV-OC43和SARS-CoV的同源性均低于90%;BJXH1391株S基因核苷酸和氨基酸序列与B型HCoV-HKU1的相似度最高(99.7%和99.4%),与SARS-CoV的核苷酸和氨基酸的相似度均为最低;N序列与B型的核苷酸和氨基酸相似度最高(100%和76.2%),与SARS-CoV的核苷酸和氨基酸的相似度最低。 结论: 北京地区HCoV-HKU1流行株BJXH1391基因组特征同其他HCoV-HKU1菌株基本一致,基因分型属于B型。


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