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《首都师范大学》 2003年
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结球白菜结球前期叶片基因表达序列标签(EST)分析

高瑞娟  
【摘要】: 以实验室先前构建的λZipLox介导的结球白菜结球前期包心叶和球叶cDNA文库为材料,经过cDNA噬菌体克隆向大肠杆菌DH10B的侵染过程,共计获得2967个重组菌株。随机挑选1361个重组菌进行质粒提取和自主测序,所有质粒均获得了良好的测序结果。初步分析表明,插入片段长度小于150bp或者全为polyA的克隆127个,没有任何插入片段的空载体克隆72个,剩余1162个克隆的测序结果用于后续分析。 对1162个EST序列使用DNAStar SeqmanⅡ进行片段重叠群分析后共获得902个非冗余序列(片段重叠群),其中749个由一个EST组成,即单拷贝序列(Singleton),表明结球白菜结球过程中表达的基因种类繁多。 预处理后的1162个EST序列与NCBI非冗余蛋白质和核苷酸数据库进行BLAST比对,共有902个EST编码的蛋白质序列与公共数据库中已登录的蛋白质序列显著同源,其中与功能已知蛋白高度同源的EST 670个,代表471种不同的转录本;232个EST与200种功能未定的假想蛋白有同源性。剩余260个EST与本地化的est_others数据库比对后,发现60个EST与GenBank已发布的所有植物来源的EST没有同源性,这一部分可能为新基因,它们对于研究结球白菜独特的生理过程和形态发育途径以及开展基因分子作图等具有重要作用。 一系列的BLAST比对分析表明94.8%(1102/1162)的EST可在蛋白质或核酸水平上找到同源类似物。如此高的比例在先前同类研究中未见报道。分析这些最高分同源物的物种来源发现,大约有73.6%的功能已知蛋白质来自拟南芥,但在核苷酸水平上,全部EST却只有51%的最高分同源物来自拟南芥。说明二者在基因序列和表达模式上仍存在较大差异。 功能已知的最高分同源蛋白质参照拟南芥基因组分析中使用的办法进行功能分类,初步分析表明,参与蛋白质合成过程的基因无论在数目上,还是在种类上都占有最大比例,其次是参与光合作用与其它能量代谢、细胞防卫、细胞结构,组织和生物形成、转录、细胞命运和贮藏蛋白以及信号转导过程的基因。与其它几种双子叶植物叶片基因表达谱相比,参与蛋白质合成、能量代谢及细胞和细胞结构、组织和生物形成等三大功能模块的基因在表达上存在明显差异,推测这可能与结球白菜结球期独特的形态发育过程有关。 本工作初步建立了结球白菜结球前期基因表达谱,这将有助于揭示结球白菜以及相关物种甘蓝等的结球机制。同时大量结球白菜结球前期EST的获得和分析,为进一步分离和鉴定结球相关基因以及白菜类作物的比较基因作图等提供了重要的序列信息和资源。
【学位授予单位】:首都师范大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2003
【分类号】:S634

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【引证文献】
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1 周猛;林木EST数据分析系统的构建与应用[D];南京林业大学;2007年
【参考文献】
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