基于玉米DH群体的遗传连锁图谱初步构建

【摘要】： 遗传连锁图谱是利用遗传标记进行遗传连锁分析来反映遗传标记之间的相对关系。长期以来,构建遗传连锁图谱所用的遗传标记,由于存在多态性不足、数量有限等缺点,大大限制了遗传图谱制作的过程。 微卫星DNA具备丰富的多态性和染色体上分布广等优点,因而成为目前遗传连锁图谱构建的主要标记。利用微卫星构建标记遗传连锁图谱的基本思路是以微卫星位点为基础,在基因组中每隔一定距离找一个多态的微卫星标记,当这些标记达到足够的饱和度(平均间隔不大于20cM并覆盖90%以上的基因组)时,则可借助这些微卫星标记找到基因组的功能基因或数量位点的基因,并对其进行操作和利用。 以X系单倍体加倍(doubled haploid,DH)群体(含有240个株系)为供试材料,构建了一张微卫星(Microsatellites)或简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)标记连锁图。 从已发表的玉米微卫星引物中挑选出638对覆盖玉米10条染色体的引物对X系单交种的两亲本进行多态性检验,共检测到95对具有多态性的SSR标记,用于DH群体分析。用其中的84对SSR引物对容量为240个株系的DH群体进行了多态性分析。53.6%存在严重的偏分离。将获得的SSR标记用Mapmaker/Exp3.0(Lincoln等,1992)进行连锁分析。DH群体对第1染色体和第2染色体的30个SSRs标记作图,分别得到覆盖103.5cM和141.6cM的连锁群。建成部分基因组连锁图谱全长245.1cM,共有30个标记座位,标记间平均距离为9.15cM。