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《大连理工大学》 2005年
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信息离散性度量方法及其在生物进化中的应用

张文  
【摘要】:自1859年Darwin的《物种起源》发表以来,生物进化理论是对自然科学和自然哲学发展的最重大贡献之一,进化论是生命科学中最重要的理论。分子生物学的发展,把进化研究推进到分子水平,因而在分子水平研究亲缘关系已成为生物信息学的重要篇章。本文的主要工作是信息离散性度量方法及其在生物进化中的应用研究,具体工作概括如下: 1.多序列比较是分子生物学中的一个基本问题,本文利用了一种新的信息离散性度量方法——FDOD方法,将其应用于SARS病毒研究中,对SARS病毒与已知的三类冠状病毒的复制酶、M蛋白、N蛋白和S蛋白进行了进化分析,得出的系统发育树与现有的生物分析基本一致。同时进一步显示了FDOD方法的优点,数学基础好,不带有主观因素,能比较客观地度量生物序列间的差异,且计算过程简单快速,是分子进化研究的一种有效工具。 2.随着越来越多的微生物全基因组测序的完成,人们开始在整个基因组的水平上研究物种的系统发育关系。本文将FDOD方法应用于微生物全蛋白质组的系统发育分析,所得进化树包括145个细菌、18个古细菌和5个真核生物,大部分低层分支与《伯杰氏系统细菌学手册》相一致,并且对高层分支关系给出了一些新的建议。 3.非比对方法可以克服基于序列比对方法在计算规模和主观因素等方面的局限性。本文将几种非比对方法用于94种哺乳动物线粒体全基因组的系统发育分析研究中,从结果可以看出,非比对方法中的FDOD方法得到的结果与传统的分类学最为一致,在对哺乳动物纲各个目的整合能力上普遍优于其他几种方法。
【学位授予单位】:大连理工大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:Q11

【参考文献】
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