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不同模拟方案对计算FXa-配体复合物结合自由能准确性的影响

李雪  
【摘要】:凝血因子Xa(FXa)是抗凝血药物的重要靶点,准确预测FXa-配体复合物的结合自由能可以为研制抗凝血药物提供一定的帮助。在动力学模拟时,不同的模拟时长和不同模拟方法的选取会对FXa-配体复合物结合自由能计算的准确性带来影响。为了探究这些问题,本文以FXa-配体复合物为研究对象,研究不同模拟方案对其结合自由能计算准确性的影响。通过研究表明:1、对于本文所研究的66个具有晶体结构的FXa-配体复合物,采用FF14SB-TIP3P方法,模拟时长为200 ps、4500 ps和5000 ps,体系结合自由能的实验值与计算值的相关性分别为0.17、0.27和0.26。增长分子动力学的模拟时间,能够提高FXa-配体复合物结合自由能的实验值与计算值的相关性,但提高得不多,Rp值提高了0.1左右;2、通过对比不同分子力场(FF14SB、FF99SB、FF02)与水模型(TIP3P、TIP4P-EW、SPC/E)的搭配方案,发现FF02-TIP3P方法得到的结合自由能的计算值与实验结果符合得较好,Rp值提高到0.45。希望上述研究结果能够对提高预测蛋白-配体结合自由能的准确性以及抗凝血药物的设计提供帮助。


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