收藏本站
《吉林大学》 2011年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

采用非标记定量技术对变形链球菌耐氟菌株的差异蛋白质组学研究

赵洪岩  
【摘要】:龋病是牙体硬组织的细菌感染性疾病,是最常见的口腔疾病,变形链球菌是其主要致病菌。氟化物作为目前使用最广泛的防龋制剂,对致龋菌的作用为氟防龋的重要机制之一。近年来,为提高并维持菌斑内较高氟水平,局部应用氟化物的浓度增加,间隔时间缩短,最可能的后果是耐氟菌株的产生。有报道国外学者从应用高浓度氟化钠凝胶防治猛性龋的患者口腔中分离出变形链球耐氟菌株;之后,又有学者从干燥症病人口腔中分离出变形链球菌耐氟菌株,这提示某些特殊人群的口腔中存在变形链球菌耐氟菌株。变形链球菌耐氟菌株产酸能力和耐酸性增强,致龋性较亲代菌株增强,并且耐氟菌株的基因组和蛋白质组均发生改变,但具体基因和蛋白还不能确定。虽然在正常人口腔中尚未分离出变形链球菌耐氟菌株,但氟化物的持续作用,体外耐氟菌株的诱导成功,都提示正常人群中亦可能产生耐氟菌株。耐氟菌株的出现,为氟化物防龋提出了新的问题,受到了国内外学者的密切关注,因而研究其发生、发展因素,对临床上合理应用氟化物及寻找新的防龋药物具有重要意义。 本课题组的前期研究发现,变形链球菌耐氟菌株的ffh、dgk和dltc等耐酸相关基因较亲代菌株有不同程度的突变,但对耐酸相关基因编码蛋白的研究还比较缺乏。已有研究表明,仅有约2%的疾病与基因序列有关,而98%的疾病与蛋白表达密切相关。基因是遗传信息的携带者,而执行这些信息所蕴藏的生物学功能的是蛋白质,基因的表达产物蛋白质是生理功能的执行者,我们对蛋白质的研究将直接阐明生命在生理或病理条件下的变化机制。发挥生理功能时蛋白质的表现是多样的、动态的,并不象基因组那样基本固定不变。同一细胞、同一组织、同一器官在不同的生理条件和不同的外界环境影响下,蛋白质的存在状态并不完全相同;病理状态下的细胞蛋白质组与正常生理条件下的也有所不同,这就需要通过差异蛋白质组学技术来进行研究。 差异蛋白质组学是针对不同空间、不同时间上动态变化着的蛋白质组的整体进行比较,分析不同蛋白质组之间蛋白质在表达数量、表达水平和修饰状态上的差异,研究差异蛋白质及其功能。由于蛋白质自身具有的多样性、可变性和构象的复杂性等特点,使得蛋白质研究技术难度非常大,蛋白质组学研究能否成功,相当程度上取决于其技术水平的高低。差异蛋白质组学并不要求鉴定“全部”蛋白,而主要是找出有意义的差异蛋白,所以在技术上相对容易实现。 对蛋白质在不同状态,不同环境,不同处理等情况下表达量的变化进行检测,这就需要用到蛋白质组学的定量技术。定量技术是整个蛋白质组学的精华部分,这种定量通常不必检测蛋白质在细胞内的绝对含量,而只需对其相对含量进行定量即可。定量蛋白质组学是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体系内所有的蛋白质进行精确定量和鉴定的一门学科,这标志着蛋白质组学研究已从对蛋白质简单的定性向精确的定量方向发展。 蛋白质组学研究中应用的定量方法主要有两种,一种是基于传统双向凝胶电泳及染色基础上的定量,另外一种是基于质谱检测技术的定量,包括标记定量技术(Labeling quantitation)和非标记定量技术(Label-free quantitation)两种。基于传统双向凝胶电泳及染色基础上的定量,此方法由于双向凝胶电泳本身的限制,不能对蛋白质实现绝对分离,不能有效检测出具有极端等电点的、分子质量太大和太小的蛋白质以及低丰度的蛋白质和膜蛋白,因而逐渐有被基于质谱的蛋白质组学非标记定量技术代替的趋势。 从原理上看,标记定量技术的主要策略是对要比较的样本的蛋白质或者肽段分别进行轻和重的稳定同位素标记,从而使他们的分子量具有一定的差异,酶解后的肽段同时进行质谱分析,根据质谱上成对出现的轻重同位素峰的强度进行相对定量。非标记定量技术,未对研究样本进行标记,样本酶解产物分别进行质谱分析,然后根据峰面积或者肽段总次数对肽段和蛋白质进行相对定量。 非标记定量技术(Label-free quantitation)不需要昂贵的同位素标签做内部标准,实验耗费低;对样本的操作也最少,从而使其最接近原始状态;并且不受样品条件的限制,克服了标记定量技术在对多个样本进行定量方面的缺陷,因此它在定量蛋白质组学研究中受到了众多科学工作者的推崇,得到了越来越广泛的应用。目前,已经有一系列配套的非标记定量分析软件,其中包括本研究采用的GE公司开发的DeCyder MSTM,具有很好的定量准确性和可信性。DeCyder MSTM软件对液相色谱串联质谱数据非标记定量分析是将质谱数据由谱峰形式转化为直观的类似双向凝胶的图谱,谱图上每一个点代表一个肽段,而不是蛋白质;再比较不同样本上相应肽段的强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。 本研究通过基于质谱的蛋白质组学非标记定量技术,利用液相色谱串联质谱和GE公司开发的DeCyder MSTM软件分析联用研究变形链球菌(UA159)耐氟菌株及其亲代菌株的蛋白质表达差异,发现并鉴定了明显差异蛋白67种,蛋白表达上调的为24种,蛋白表达下调的有43种。这些明显差异蛋白包括部分致龋毒力因子,其中与粘附有关的2种,为葡萄糖基转移酶和细胞表面粘附素PAC;与产酸相关的一种,为乳酸脱氢酶;与耐酸相关的4种,为F-ATP酶β-亚单位、信号识别颗粒蛋白质亚单位Ffh、分子伴侣DnaK和伴侣蛋白GroEL。同时应用GO (Gene Ontology)工具对差异蛋白进行生物学过程、分子功能和细胞定位分析,并构建了变形链球菌耐氟菌株和其亲代菌株的差异蛋白质数据库。 本研究的创新性体现在,首次应用蛋白质组学非标记定量技术对变形链球菌(UA159)耐氟菌株及其亲代菌株进行差异蛋白质组学研究,利用GE公司开发的DeCyder MSTM软件,并结合NCBI链球菌蛋白数据库,发现并鉴定了明显差异蛋白67种。同时构建了变形链球菌耐氟菌株和其亲代菌株的差异蛋白质数据库,为以后进一步研究变形链球菌和变形链球菌耐氟菌株致龋毒力因子相关基因及其编码的蛋白的功能打下基础。
【学位授予单位】:吉林大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2011
【分类号】:R781.1

手机知网App
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 何大澄,肖雪媛;差异蛋白质组学及其应用[J];北京师范大学学报(自然科学版);2002年04期
2 徐亚;;浅谈网页设计中Flash与ASP技术的结合[J];电脑知识与技术;2009年03期
3 杨德琴;变形链球菌乳酸脱氨酶的结构和应用[J];国外医学.口腔医学分册;2003年03期
4 杨德琴;变形链球菌质子移位膜ATP酶研究进展[J];国外医学.口腔医学分册;2004年03期
5 周学东,李继遥,胡涛;不同年龄人牙菌斑糖代谢酶的活性比较[J];华西口腔医学杂志;1997年03期
6 徐蓉蓉,葛剑平,胡涛,岳松龄,谭红,周学东;不同生存状态下变形链球菌合成胞外多糖的研究[J];临床口腔医学杂志;2005年02期
7 金锋;;蛋白质组学研究相关技术与应用[J];明胶科学与技术;2008年01期
8 盛江筠,刘正;变形链球菌和远缘链球菌耐氟菌株粘附能力的体外研究[J];上海口腔医学;2000年03期
9 盛江筠,刘正;变形链球菌和远缘链球菌耐氟菌株DNAG+C含量测定[J];上海口腔医学;2001年01期
10 盛江筠,黄正蔚,刘正;变形链球菌耐氟菌株与亲代菌株质子移位膜ATP酶活性的比较[J];上海口腔医学;2005年01期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王咏梅,任书俊;利用已有数据库 简化成教院教务工作[J];安徽教育学院学报;2000年03期
2 周秋平;基于Web的数据库访问技术的研究[J];安徽教育学院学报;2003年06期
3 凌旺福;姚远;;基于ASP的基层农网建站与维护[J];安徽电子信息职业技术学院学报;2009年02期
4 李龙澍,程慧霞;农业气象数据库管理系统AWDBS[J];安徽大学学报(自然科学版);1994年02期
5 李鸿;解决数据一维平衡的数组变换遍历算法[J];安徽大学学报(自然科学版);1998年02期
6 郝贵增;徐闯;;比较蛋白质组学研究技术进展及其在营养代谢病研究中的应用前景[J];安徽农业科学;2007年02期
7 郑斌;李涓子;;农产品市场中数据挖掘的应用[J];安徽农业科学;2008年18期
8 刘宏;胡凤莲;;基于JSP技术的中草药资源信息系统设计与开发研究[J];安徽农业科学;2008年24期
9 李宏丽;彭沛全;方立刚;姜真杰;周德富;;基于MS Analysis Services的土地利用OLAP多维分析研究[J];安徽农业科学;2009年26期
10 凌旺福;;基于MAS的农村气象广播发布及其实现方法[J];安徽农业科学;2009年30期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 兰彬;张燕;;数据库系统原理课程教学改革及思考[A];都市型高等农业教育教学改革论文专辑[C];2007年
2 邓淑丹;江文浦;;幼儿园查询系统研究与实现[A];中国测绘学会九届三次理事会暨2007年“信息化测绘论坛”学术年会论文集[C];2007年
3 赵攀;田宜平;;基于GIS的城镇土地定级信息系统的数据库设计[A];中国测绘学会九届三次理事会暨2007年“信息化测绘论坛”学术年会论文集[C];2007年
4 赵会兵;李朝奎;;基于ASP.NET的CET考务管理系统[A];中国测绘学会九届三次理事会暨2007年“信息化测绘论坛”学术年会论文集[C];2007年
5 刘福江;吴信才;杨兆武;孙华山;郭艳;;黑龙江省矿产地WEBGIS系统的研究与设计[A];2006北京地区高校研究生学术交流会——通信与信息技术会议论文集(下)[C];2006年
6 袁国铭;;关系数据库规范化设计应用初探[A];中国电子学会第十七届信息论学术年会论文集[C];2010年
7 张红梅;欧歌;陈刚;卢宇;屈进禄;;HXMT科学运行中心数据平台建设[A];第十四届全国核电子学与核探测技术学术年会论文集(下册)[C];2008年
8 ;Foundation of protein preparation method and 2-DE analyses of anti-radiation proteins in Antarctic ice microalga Chlamydomonas sp.[A];中国海洋学会海洋生物工程2005年学术年会论文集[C];2005年
9 阚光锋;史翠娟;丁燏;;双向电泳技术在海洋藻类研究中的应用[A];中国海洋学会2007年学术年会论文集(下册)[C];2007年
10 麦华韬;;小灵通网络信令监测的探讨与实现[A];2007中国科协年会——通信与信息发展高层论坛论文集[C];2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 闫培雷;考虑隔墙影响的框架结构非线性地震反应分析及地震灾场模拟[D];哈尔滨工程大学;2010年
2 李昕;电子商务Web数据库不精确查询方法研究[D];辽宁工程技术大学;2010年
3 李晓敏;大肠杆菌氧胁迫适应性蛋白质组学、O-抗原研究和嗜热菌NG80-2醛脱氢酶分子生物学研究[D];南开大学;2010年
4 刘丽;腹主动脉缩窄大鼠左室肥厚及替米沙坦、苯磺酸氨氯地平预防肥厚的差异蛋白质组学研究[D];北京协和医学院;2008年
5 沈懿珍;基于协同智能的蛋白质相互作用及其网络研究[D];东华大学;2011年
6 刘怀华;玉米异交不亲和基因Ga1-S的遗传定位及其过程的转录组和蛋白质组分析[D];山东农业大学;2011年
7 周栩;本体工程中若干问题的研究[D];吉林大学;2011年
8 张海宁;血管性认知障碍大鼠脑突触小体的差异蛋白质组学研究[D];吉林大学;2011年
9 孙艳玲;猪卵泡囊肿的发病机理研究[D];吉林大学;2011年
10 王日勖;抚顺西露天矿北帮滑坡监测预报系统研究[D];吉林大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 曹磊;长江上游珍稀特有鱼类基础地理数据库的建立与应用[D];华中农业大学;2010年
2 徐树建;运用蛋白质组学技术筛查胰腺癌血清标志物[D];南京医科大学;2009年
3 赵海峰;基于Epicentre的数据模型投影工具研究与应用[D];南昌航空大学;2010年
4 宋洪俊;基于OPC的实时数据库接口设计与实现[D];山东科技大学;2010年
5 王琦;免疫抑制剂Fk506对乳腺肿瘤细胞株的体外作用研究[D];浙江理工大学;2010年
6 姜春晖;基于UML的报刊销售管理系统的设计与实现[D];郑州大学;2010年
7 王国宾;面向对象的公路空间数据库系统研究[D];郑州大学;2010年
8 张玲玲;葡萄籽原花青素对黏性放线菌影响的实验研究[D];郑州大学;2010年
9 李文君;气垫船模拟器教练员系统开发研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
10 李伟光;基于BP神经网络的数据库模式匹配方法研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王广新;网络环境下学习空间的特征分析[J];电化教育研究;2000年02期
2 王英武,王玲,顾景凯,陈刚,钟大放,周慧;电喷雾-串联四极杆-飞行时间质谱法分析寡肽的一级结构[J];分析化学;2003年06期
3 盛江筠;氟化物对口腔链球菌糖代谢的影响[J];国外医学.口腔医学分册;1998年03期
4 盛江筠;口腔变形链球菌耐氟菌株的产生[J];国外医学.口腔医学分册;2000年01期
5 刘泽军;乳酸脱氢酶B基因变异的多态性[J];国外医学(临床生物化学与检验学分册);1999年04期
6 金宏伟;黄回滨;陈振胜;;蛋白质组学研究相关技术新进展[J];国外医学.临床生物化学与检验学分册;2005年12期
7 罗宗莲,周学东,朱硃,黄定明;变形链球菌Ⅰ型mutans和Ⅲ型sobrinus的产酸、耐酸性实验研究[J];华西口腔医学杂志;1993年02期
8 王红杨,潘亚萍,孙开来;随意引物PCR法鉴别口腔变形链球菌的初步研究[J];口腔医学;2001年01期
9 卫华;质子通透性与变形链球菌耐酸性关系的研究[J];口腔医学纵横;2002年01期
10 万晶宏,贺福初;蛋白质组技术的研究进展[J];科学通报;1999年09期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张志民;任宝华;张家颖;高心;王成坤;;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因dgk突变的检测及临床意义[J];吉林大学学报(医学版);2008年05期
2 赵洪岩;张志民;朱来宽;李荟;;变形链球菌耐氟菌株的体外诱导[J];中国实验诊断学;2010年07期
3 盛江筠,刘正;变形链球菌和远缘链球菌耐氟菌株粘附能力的体外研究[J];上海口腔医学;2000年03期
4 张志民;任宝华;张家颖;高心;王成坤;;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因dltC突变的检测及临床意义[J];口腔生物医学;2010年01期
5 盛江筠,刘正,李鸣宇;变形链球菌和远缘链球菌耐氟菌株超微结构观察[J];牙体牙髓牙周病学杂志;2001年06期
6 朱怡玲,吴补领,戎志诚,杨聚才,范继红;洗必泰对变形链球菌、远缘链球菌耐氟菌株与亲代菌株生长抑制的测定[J];牙体牙髓牙周病学杂志;2003年03期
7 盛江筠,黄正蔚,刘正;变形链球菌耐氟菌株与亲代菌株质子移位膜ATP酶活性的比较[J];上海口腔医学;2005年01期
8 张志民;赵洪岩;张家颖;;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因ffh突变的检测[J];现代口腔医学杂志;2007年06期
9 彭志庆;林居红;刘明方;邓一平;;国产水溶性蜂胶对主要致龋链球菌及其耐氟菌株致龋性的影响[J];第三军医大学学报;2010年08期
10 刘莉;张志民;王丽颖;郑鹏;李会;;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因gluA突变的检测及其意义[J];吉林大学学报(医学版);2011年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 张志民;赵洪岩;朱来宽;;采用非标记定量技术对变形链球菌耐氟菌株的差异蛋白质组学研究[A];全国第八次牙体牙髓病学学术会议论文汇编[C];2011年
2 朱来宽;梁景平;;变形链球菌耐氟菌株耐酸相关基因fabM的检测[A];全国第八次牙体牙髓病学学术会议论文汇编[C];2011年
3 张志民;王成坤;任宝华;高心;张家颖;;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因dltc突变的检测及临床意义[A];全国第三次牙体牙髓病学临床技术研讨会论文汇编[C];2009年
4 张志民;朱来宽;王成坤;任宝华;;变形链球菌耐氟菌株耐酸相关基因fhs突变的检测[A];全国第三次牙体牙髓病学临床技术研讨会论文汇编[C];2009年
5 张志民;赵洪岩;张家颖;;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因ffh突变的检测[A];2007年第七次全国牙体牙髓病学学术会议论文集[C];2007年
6 张蕾;邹朝晖;陈阵;马莹莹;李敏;;不同能量密度HMME-PDT对致龋模型变形链球菌的杀伤效果及安全性研究[A];全国第八次牙体牙髓病学学术会议论文汇编[C];2011年
7 赵今;林静;努尔比亚木·麦麦提依明;李亮;连冰洁;;新疆乌鲁木齐市维吾尔族和汉族重度龋儿童口腔变形链球菌基因多态性分析[A];全国第八次牙体牙髓病学学术会议论文汇编[C];2011年
8 徐树军;吴补领;闫文娟;高杰;邵龙泉;;c-di-GMP对变形链球菌基因表达谱影响的研究[A];全国第八次牙体牙髓病学学术会议论文汇编[C];2011年
9 马宏;李玉晶;;氟钼酸铵对变形链球菌生长、产酸和胞外葡聚糖合成的影响[A];全国第四次牙体牙髓病学术会议论文汇编[C];1995年
10 杜民权;刘宁慧;樊明文;凌均启;;变形链球菌表面蛋白质抗原Ⅰ/Ⅱ的纯化和鉴定[A];全国第四次牙体牙髓病学术会议论文汇编[C];1995年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 江春;是非对错幼齿观[N];医药经济报;2006年
2 记者 张孟军;剖腹产婴儿更易患龋齿[N];科技日报;2005年
3 周虹;美丽牙齿吃出来[N];中国医药报;2008年
4 张会;牙齿健美要“挑食”[N];医药养生保健报;2007年
5 朱本浩;10种食物能固齿[N];中国中医药报;2007年
6 徐静舒 马美尔;五倍子可防治牙根面龋[N];中国医药报;2003年
7 周伟;茶水漱口好处多多[N];卫生与生活报;2007年
8 周伟;茶水漱口好处多多[N];家庭医生报;2007年
9 媛媛;让牙齿更美更健康[N];卫生与生活报;2006年
10 赵雷;木糖醇防龋有了科学依据[N];中华工商时报;2004年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 赵洪岩;采用非标记定量技术对变形链球菌耐氟菌株的差异蛋白质组学研究[D];吉林大学;2011年
2 张志民;变形链球菌耐氟菌株和亲代菌株蛋白质组表达谱及其数据库的初步构建[D];吉林大学;2010年
3 刘佼佼;不同致龋性变形链球菌临床分离株差异ssDNA配基的筛选和鉴定[D];中国人民解放军军医进修学院;2011年
4 姜广水;抗变形链球菌表面蛋白抗原唾液结合区段防龋疫苗实验研究[D];山东大学;2005年
5 卫克文;变形链球菌葡聚糖结合蛋白B基因克隆、表达及免疫防龋实验研究[D];中国人民解放军第四军医大学;2003年
6 卫华;变形链球菌耐酸性相关基因的研究[D];武汉大学;2004年
7 夏丽;变形链球菌非编码RNA的初步筛选及非编码RNA-L10-Leader的鉴定和相关检测[D];中国人民解放军军医进修学院;2012年
8 陆玉;变形链球菌糖代谢相关基因的差异性表达与其致龋性关系的研究[D];四川大学;2006年
9 杨德琴;不同龋敏感人群变形链球菌产酸耐酸毒力因子遗传多态性研究[D];四川大学;2005年
10 甘瑜;哈茨木霉菌非水溶性葡聚糖酶的基础及应用研究[D];武汉大学;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 郑鹏;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因gluA突变的检测[D];吉林大学;2010年
2 朱怡玲;变形链球菌、远缘链球菌耐氟菌株与亲代菌株基因组、蛋白质组的比较[D];中国人民解放军第四军医大学;2003年
3 刘莉;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因dfp和dnaK突变的检测[D];吉林大学;2011年
4 赵洪岩;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因ffh突变的检测[D];吉林大学;2005年
5 丁春燕;变形链球菌耐氟菌株与亲代菌株的基因组比较[D];天津医科大学;2006年
6 朱来宽;变形链球菌耐氟菌株耐酸相关基因fhs突变的检测[D];吉林大学;2007年
7 任宝华;变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因dgk和dltC突变的检测[D];吉林大学;2006年
8 彭志庆;国产水溶性蜂胶对主要致龋链球菌及其耐氟菌株致龋性的影响[D];重庆医科大学;2010年
9 周智;鸡卵黄特异抗体对人口腔中变形链球菌影响的研究[D];江西医学院;2001年
10 文冰;抗变形链球菌IgY抑制变链菌产酸及合成葡聚糖的实验研究[D];江西医学院;2000年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026