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《吉林大学》 2013年
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中国河北省卢龙地区猪C组轮状病毒分子流行病学检测和特性分析

彭蕊  
【摘要】:目的了解C组轮状病毒在我国卢龙地区猪中的感染率和VP6分子的多样性特点,并进一步了解该地区C组轮状病毒的其他主要基因片段(VP7和VP4)的分子流行病学特征,这可以为明确猪GCRV流行状况、清晰猪GCRV与人等其他宿主GCRV的进化关系以及预防猪GCRV感染提供依据。 方法采集2007年冬至2008年春季河北省卢龙县腹泻和正常猪的粪便标本共793份。应用C组轮状病毒筛查的特异引物,主要采用巢式反转录-聚合酶链反应(NestRT-PCR)的方法对C组轮状病毒进行检测,对强阳性标本进行VP4和VP7序列的部分或全长扩增及克隆,并对最终测序结果进行同源性和系统进化分析。 结果在793份卢龙猪粪便标本中,共检出C组轮状病毒132份,阳性率为16.65%。卢龙猪GCRV之间同源性差距大,进化关系较远,并且该多样性广泛存在。与卢龙猪GCRV的VP6基因序列同源性最高、进化关系最近的均为南韩猪GCRV。对GCRV强阳性标本进行基因克隆和扩增,共6例GCRV标本(Z167、Z761、Z663、Z638、Z776、Z677)既获得了VP4基因部分序列,也扩增出了VP7基因全长序列。同源性分析和进化分析结果显示,Z167, Z761和Z663与G1基因型参考株亲缘关系最近,Z638、Z776分别与G3基因型和G6基因型参考株亲缘关系最近。而Z677与所有参考株的亲缘关系都较远。两个基因片段中,仅Z776的VP7片段表现为与南韩猪GCRV144-04-7的同源性最高。 结论2007年冬至2008年春季,GCRV在我国河北省卢龙地区猪中感染率较高,分子差异大。该地区猪GCRV流行状况与南韩相似,并可能存在基因重配。6个阳性GCRV株分别属于G1、G3、G6基因型,并可能存在新G基因型的阳性株,建议将其(Z677)划为新的G基因型。VP6序列相对于VP4和VP7序列都较保守。实验提供的数据为进一步研究猪C组轮状病毒的分子流行特征提供了基础,也为进一步研究人类与猪C组轮状病毒之间的联系提供了依据。
【学位授予单位】:吉林大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2013
【分类号】:S858.28

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【参考文献】
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