收藏本站
《吉林大学》 2018年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

基于差异共表达网络的基因功能性模块分析与研究

孟帅  
【摘要】:在后基因组学时代,生物信息学研究的一个重要目的便是旨在理解生物细胞内分子之间的联系,并且揭示隐藏在分子间的分子间相互作用以及控制细胞生命功能的内在机理。经过近二十年的发展,基因学研究从单基因转变至基因网络研究。如今,通过改良传统基因研究方法,差异共表达网络已经逐渐发展成为一种分析差异共表达基因的重要的研究方式。通过这个方式,使得发现疾病机制,分析在差异表达网络中尚不清楚的潜在的动态调控机制成为可能。不同疾病状态之间的差异共表达基因连接和功能性基因集群的检测是一项艰巨的任务,为了能够有效研究这种动态的调控机制,众多差异共表达网络研究方法应用而生,然而,目前业界没有检测差异共表达基因连接和功能性基因集群的金标准,因此,我们开发了一种新型的融合算法FDv De(Fusion of differential vertex and differential edge:差异边与差异点融合算法),该算法通过将基因差异边集合(对照网络中,基因间相关系数存在统计学差异的基因对)与基因差异点集合(对照网络中,在拓扑结构性质上存在统计学差异的基因)集成在一起来检测差异共表达的基因连接。然后,我们通过集成这些差异共表达的基因连接来构建反映正常与癌症这两种不同状态的差异共表达网络。通过这种方法,我们识别了1823个基因和29370个基因连接。然后,为了进一步研究网络中隐藏的价值信息,我们开发了算法GTHC(GO term hierarchical clusters:GO术语层次聚类算法)来识别功能模块。该算法过程中使用的距离矩阵是由GO语义相似性演化而来。此外,我们还计算了功能模块间的稠密性来描述模块间的联系,同时我们还进行了差异共表达网络的拓扑特性分析,从而发现在疾病机制中起重要作用的中枢基因和中枢通路,通过集成上述这些方法,为研究疾的致病机理带来很大帮助。在本文中,实验结果表明,在乳腺癌样本(68个)和正常样本(73个)的数据集上,我们的方法成功揭示了差异共表表达网络对于研究乳腺癌致病机理的重要意义,其中,我们挖掘出了具有关键作用和生物学意义的模块和中枢基因来佐证我们的研究。
【学位授予单位】:吉林大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2018
【分类号】:Q811.4

手机知网App
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 汪涛;蒋庆华;彭佳杰;王亚东;;基因共表达网络的构建及分析方法研究综述[J];智能计算机与应用;2014年06期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 姜丽军;;认识基因,为生命保驾护航[J];当代学生;2017年11期
2 周一海;;药物基因检测作用大[J];健康生活;2017年07期
3 火焰之河;;基因检测,你测了没?[J];课堂内外(科学Fans);2017年09期
4 文翰;;研究发现与SARS关联的基因差异[J];国外医学情报;2006年02期
5 谭家宝;;浅谈对窃取他人基因行为的定性[J];英才高职论坛;2007年04期
6 张小罗;;制定我国《基因安全法》的重点与难点[J];政治与法律;2018年11期
7 程斌;;夫妻基因差异大对后代有利[J];人生与伴侣(月末版);2010年01期
8 李潇;;全基因组扫描发现与疾病相关的基因差异[J];中国生物化学与分子生物学报;2008年04期
9 阙丽群;;基因工程的道德探讨[J];国土资源高等职业教育研究;2006年04期
10 欧晋平;基因差异法克隆肿瘤异常基因[J];国外医学.输血及血液学分册;1997年03期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 刘东旭;田来明;;结核杆菌复合物与卡介苗差异基因的研究进展[A];2012中国鹿业进展[C];2012年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 刘霞;中国南北方人基因差异0.3%[N];上海科技报;2009年
2 本报记者 陈永杰;南北方人基因有别[N];北京科技报;2009年
3 记者 何德功 毛磊 宋心德;科学正在使基因为人类服务[N];新华每日电讯;2003年
4 张田勘;往事并不如烟[N];中国医药报;2005年
5 记者王艳红;黑猩猩为什么不会讲话[N];科技日报;2002年
6 刘曙甲 刘志伟;人与黑猩猩的基因差异只有0.75%[N];科技日报;2003年
7 刘霞;中国南北方人基因有0.3%的差异[N];科技日报;2009年
8 刘婉;美认为基因差异决定狗的品种[N];中国医药报;2004年
9 朱芙蓉;基因差异:一人一本不同“天书”[N];科技日报;2008年
10 中国医学科学院北京协和医院呼吸科 徐凯峰;基因差异大 华裔囊性纤维化漏诊多[N];健康报;2015年
中国博士学位论文全文数据库 前4条
1 海祺旻;使用QTL定位和CRISPR/Cas9发现巨噬细胞脂质代谢调控基因:Soat1缺失片段[D];郑州大学;2018年
2 郭英君;人类染色体6q23-26精神分裂症相关基因的定位研究[D];吉林大学;2004年
3 帅素容;猪生长激素(pGH)基因核苷酸多样性、分子进化和PCR-RFLP及其遗传效应研究[D];四川农业大学;2004年
4 潘美辉;人脑发育和分化相关基因cDNA的分离与克隆[D];中国协和医科大学;1997年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 孟帅;基于差异共表达网络的基因功能性模块分析与研究[D];吉林大学;2018年
2 王辉;猪生长繁殖和肉质性状与相关基因的关联性分析[D];山东农业大学;2017年
3 任敏;翼手目维生素D结合蛋白基因的进化研究[D];华东师范大学;2017年
4 岳静伟;猪肋骨数性状全基因组关联分析及LTBP2基因的克隆与表达[D];中国农业科学院;2017年
5 黄有贵;米曲霉尼古丁去甲基酶的分离纯化及尼古丁诱导的转录组分析[D];山东大学;2015年
6 蔡文臣;CCAT2基因相关转录因子在KM12SM细胞中的筛选与鉴定[D];华北理工大学;2017年
7 胡缨;广西、云南、湖南三地钉螺亲缘关系的研究[D];广西医科大学;2005年
8 林睿;广西融水并殖吸虫种型基因差异的分子生物学研究[D];广西医科大学;2002年
9 朱保磊;河南小麦品种的品质状况及其与LMW-GS基因间的关系[D];河南农业大学;2017年
10 陈诚;广西两地异盘并殖吸虫分子系统发生研究[D];广西医科大学;2008年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026