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《吉林大学》 2009年
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基于PWMSA算法拟南芥协同基因调控的预测

高哲  
【摘要】: 转录因子在基因转录调控中起着重要作用,如果能通过转录因子及其DNA结合序列(TFBS)等信息找到它们所调控的基因,将极大地促进我们对于分子水平基因转录调控机制的理解与把握。但是有关转录因子调控靶基因的研究却被它们非特异的TFBS与长达上千碱基的基因转录调控区大大的限制住了。随着基因组计划的顺利开展,生物信息学也飞速发展起来。生命科学研究的重点已经从实验分析和数据积累开始向数据分析以及数据解释和实验验证转移。在人类基因组计划的带动下,DNA和蛋白质序列数据,蛋白质结构数据,基因表达图谱数据和蛋白质组数据等生物学数据大量积累,亟需发展强有力的工具,对这些数据加以分析利用。由此,使用实验手段从单个转录因子出发来寻找调控靶基因的方法自然渐渐地被结合生物信息学方法,在全基因组水平以寻找转录因子协同调控的方式间接地寻找调控靶基因的方法所取代。而转录因子协同调控机制的探索,很可能为我们了解基因的转录调控机制提供崭新的思路与方法。 本实验专注于拟南芥已知TFBS的少量转录因子,结合多种生物信息学手段来预测可能存在的转录因子协同调控。其中包括:各个数据集的收集,甄别及应用;BLAST软件及方法的蛋白同源性分析手段;多种评价转录因子调控靶基因的评分函数及算法等。首先构建了待预测转录因子的PWM矩阵作为与DNA转录调控区相匹配的基本信息,然后又通过对不同基因共同调控的基因进行提取、甄别,最后在拟南芥基因组中预测了可能存在的转录因子协同作用。
【学位授予单位】:吉林大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2009
【分类号】:Q943

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