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《吉林大学》 2010年
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用时滞微分方程模型重构基因调控网络

郑明  
【摘要】: 基因调控网络的重构是系统生物学的一项重要研究内容,主要是指对各种生物实验数据,尤其是基因表达谱进行分析和处理,找出各个基因或基因模块之间的相互作用,尤指促进或者抑制作用,找出基因的调控关系,并依此来重新构建基因的调控网络。此技术依赖于不断进展的分子生物学和越来越多的各种各样的基因数据。网络重构的流程主要分为四个部分,本文作者对各个部分都进行了分析处理:首先,是对数据的预处理部分,即进行基因聚类方法和数据融合方法的研究;其次,是对构建网络模型部分,即对微分方程方法的研究;再次,是对优化算法部分,即寻找合适的,创新的寻优算法的研究;最后,是对网络拓扑结构部分,即无标度调控网络性质的研究。其中,构建网络模型的方法是本文的重点。实验数据主要是从GEO数据库和SGD数据库中获取。构建网络后与KEGG数据库和其他算法软件,如Banjo,ARACNE和NETI等进行对比。实验结果证明时滞微分方程模型适合于构建基因调控网络。
【学位授予单位】:吉林大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2010
【分类号】:TP399-C8

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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 陈爱斌;蔡自兴;胡德文;;Clustering in mobile ad hoc network based on neural network[J];Journal of Central South University of Technology(English Edition);2006年06期
2 王波;杨旭华;王万良;;A novel scale-free network model based on clique growth[J];Journal of Central South University of Technology;2009年03期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前2条
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2 王波;杨旭华;王万良;;A novel scale-free network model based on clique growth[J];Journal of Central South University of Technology;2009年03期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 谭利;复杂网络模型及应用研究[D];中南大学;2010年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 陈爱斌;蔡自兴;胡德文;;Clustering in mobile ad hoc network based on neural network[J];Journal of Central South University of Technology(English Edition);2006年06期
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