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《吉林农业大学》 2014年
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越橘EST-SSR分子标记的开发及遗传多样性分析

郭瑞雪  
【摘要】:简单序列重复标记(SSR)由于其高度的多态性和可重复性已广泛应用于越橘品种遗传连锁图构建、种质资源遗传多样性、分子标记辅助选择等众多领域。但传统基因组SSR标记开发费时、费力、且成本较高,需要投入大量的人力物力。而表达序列标签分子标记(EST)是从随机选择的cDNA克隆中获得cDNA序列片段,代表完整基因的一部分。通过搜索SSR的EST-SSR标记开发具有稳定性高、通用性好、成本低、开发简单快捷等特点而备受关注。迄今为止,关于越橘EST-SSR标记的特征特性分析及应用研究还鲜有报道。本研究以NCBI公共数据库越橘属(Vaccinium)22,402条EST序列为基础,采用CAP3组装软件将EST序列拼接成11,541条Unique EST序列,应用简单序列重复识别工具SSRIT筛选SSR位点,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶研究由Primer5.0软件设计的的81对引物PCR扩增特点,并完成84个越橘品种的遗传多样性的分析。主要研究结果如下: 1.对拼接后的序列进行生物信息学分析发现:11,541条序列中含有SSR位点的序列有2,076条,占总数的17.99%,有2,679个SSR位点。同时含有2个、3个、4个和5个SSR位点的序列有361条、80条、17条、6条。在搜索的越橘EST-SSR中,二核苷酸和三核苷酸的重复类型占主导地位,约为SSR总数的96.01%,共观察到154种重复基元,位点长度主要集中在11~15bp,其次是16~20bp,≥36bp的很少。将2,076条SSR侧翼不小于50bp的EST序列进行同源性比对,结果有738条序列与已知蛋白具有较高的同源性。 2.对随机挑选的81对符合筛选条件的EST-SSR引物进行筛选,结果表明有55对引物扩增出理想的PCR产物,有效扩增率为67.91%,多态性为100%。越橘EST-SSR引物序列功能进行基因本体数据库(GO)分析,分析结果主要分三类:细胞组分、分子功能、生物学进程。 3.对具有SSR位点的55对引物进行越橘品种聚类分析,结果表明,84个越橘品种能够区分开来,遗传相似系数在0.70-0.97。聚类结果基本遵循越橘分类,在D=0.81处将84个品种由上至下分为四组:第一组为高丛越橘和半高丛越橘;第二组为矮丛越橘;第三组为2个高丛越橘品种;第四组为兔眼越橘品种,遗传多样性由上至下逐渐增加。
【学位授予单位】:吉林农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2014
【分类号】:S666.2

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