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《东北师范大学》 2018年
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香菇子实体生长过程中的转录组学分析

王莹珠  
【摘要】:香菇是一种深受大众喜爱的食用菌,其菌丝和子实体的提取物具有多种医用价值。为了深入了解从早期菌蕾阶段(EBS),到中期发育阶段(IDS),再到完全成熟阶段(FDS)子实体生长的分子机制,我们进行了从头转录组高通量Illumina RNA测序。首先,我们生成了三个分别代表三个相应阶段的c DNA文库。然后,从相应的文库中获得了38,933,148、44,594,472和37,905,646个高质量读段,并将读段组装成了25,104个转录重叠群,其中包含15,199个单基因。我们发现,只有9,331个单基因已在NCBI非冗余蛋白质数据库中有注释信息。之后,我们通过基因本体论(GO)注释了4,758个单基因,通过蛋白质直系同源集群分析(COGs)注释了2,921个单基因。我们还通过使用“京都基因和基因组百科全书”(KEGG)将3,995个单基因分别注释到其参与的代谢途径。我们在EBS和IDS之间、IDS和FDS之间、EBS和FDS之间分别发现了399、1,428和1,830个差异表达基因(DEGs),并在多个代谢信号通路中对应上了769个差异基因。有趣的是,只有一部分差异基因的表达与FDS显著相关。最后,我们在嘌呤代谢、不饱和脂肪酸代谢和减数分裂的途径中注释到了不仅在FDS中表达上调而且在子实体生长期间保持高水平表达的基因,表明这些关键的分子事件在子实体中表达活跃。我们的工作是第一个对于香菇子实体生长阶段进行4 GB的高通量转录组测序研究。研究结果对于香菇这个商业和医学上重要的菌类提供了用于未来基因识别的候选基因。
【学位授予单位】:东北师范大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2018
【分类号】:S646.12