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《东北师范大学》 2010年
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基因微阵列数据的SVM分类器优化方法

冯青  
【摘要】: 支持向量机是在统计学习理论的基础上发展起来的一种新的学习方法,是目前最为流行的分类技术之一。与其他学习算法相比,支持向量机使用了结构风险最小化原则,能较好的解决小样本学习问题,尤其是针对维数高、样本小、非线性的基因微阵列数据。 DNA微阵列由于荷载了成千上万个DNA片段,由此而产生大量的基因微阵列数据,其研究和分析对辅助疾病的诊断和治疗有很高的医学应用价值。随着微阵列信息处理和信息挖掘技术开发的与日俱增,支持向量机作为一种有潜能的数据挖掘技术已经成为研究基因芯片的一个重要方向。围绕此课题,论文主要做了以下方面的工作: (1)针对基因微阵列数据的维数灾难问题,本文设计将支持向量机与多种降维方法融合的优化方法。研究多种降维方法对提高支持向量机分类器性能的影响。 (2)采用五种癌症数据进行降维分析并给出SVM分类结果。通过研究线性和非线性降维方法对微阵列数据分类结果影响,从而验证了高维生物数据潜在的非线性结构。 (3)采用两种线性(PCA、MDS)和三种非线性降维方法(Isomap、LLE、LEM)并将降维数据在低维空间中进行可视化投影,同时对低维空间进行聚类评估。
【学位授予单位】:东北师范大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2010
【分类号】:Q75

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【引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 李风云;隧道塌方风险预测与控制研究[D];中南大学;2011年
2 高丽;评估几种流行学习降维分类器应用于癌症数据的性能[D];天津师范大学;2012年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前7条
1 罗婷婷;范太华;;支持向量机核函数及优化研究[J];兵工自动化;2007年10期
2 李颖新,阮晓钢;基于支持向量机的肿瘤分类特征基因选取[J];计算机研究与发展;2005年10期
3 贾磊;廖士中;;超核函数支持向量机[J];计算机科学;2008年12期
4 贾银山,贾传荧;一种加权支持向量机分类算法[J];计算机工程;2005年12期
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7 李霞,张田文,李丽,郭政;决策树特征基因选择方法对SVM有效性的研究[J];中国生物医学工程学报;2004年01期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 吴希贤;基于优化算法的基因选择与癌症分类[D];湖南大学;2008年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 郭苗莉,朱江波,陈蓉芳,张天宝;应用基因表达谱芯片研究MNNG诱致小鼠胚胎畸形肢体基因表达的变化[J];癌变.畸变.突变;2005年02期
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4 张金谌;张学文;戴雄泽;;质粒拯救型T-DNA标签质粒的构建[J];安徽农业科学;2007年34期
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中国重要会议论文全文数据库 前10条
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4 张敏;陆向艳;周敏;潘林琳;农冬冬;王彬彬;陈晓江;;数据挖掘在智能题库系统中的应用[A];广西计算机学会2004年学术年会论文集[C];2004年
5 李海彬;王丽娜;王震洲;刘教民;刘教民;刘教民;;支持向量机、色度矩方法在蔬菜防病害中的应用[A];2007年河北省电子学会、河北省计算机学会、河北省自动化学会、河北省人工智能学会、河北省计算机辅助设计研究会、河北省软件行业协会联合学术年会论文集[C];2007年
6 马玉莲;王宇冬;王鑫;;基于解释的分类算法[A];计算机技术与应用进展·2007——全国第18届计算机技术与应用(CACIS)学术会议论文集[C];2007年
7 杜琳;石慧;刘晓平;;一种基于Q学习的任务调度算法的改进研究[A];全国第20届计算机技术与应用学术会议(CACIS·2009)暨全国第1届安全关键技术与应用学术会议论文集(上册)[C];2009年
8 吴佳金;杨志豪;林原;林鸿飞;;基于改进Pairwise损失函数的排序学习方法[A];第六届全国信息检索学术会议论文集[C];2010年
9 瞿俊;姜青山;董槐林;;基于高斯混合模型的层次聚类算法[A];第二十三届中国数据库学术会议论文集(研究报告篇)[C];2006年
10 刘汝佳;孙增圻;;RoboCup救援仿真组中火势蔓延的DBN模型[A];2007年足球机器人大会论文集[C];2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 于化龙;基于DNA微阵列数据的癌症分类技术研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
2 贺厚光;双调控溶瘤腺病毒携带超抗原SEA基因治疗前列腺癌基础研究[D];苏州大学;2010年
3 全惠敏;电能质量相关信号的S变换检测算法及应用研究[D];湖南大学;2010年
4 郭新军;拟黑多刺蚁肌细胞增强因子2与肌钙蛋白Ⅰ亚基基因的克隆及其在发育中的表达研究[D];陕西师范大学;2010年
5 高山;蛋白质点突变效果预测与突变数据库研究[D];南开大学;2010年
6 任明艺;时空联合的视频运动目标分割技术研究[D];电子科技大学;2010年
7 曹葵康;支持向量机加速方法及应用研究[D];浙江大学;2010年
8 顾全;基于集成智能的膜蛋白受体结构与功能研究[D];东华大学;2010年
9 周晖;自由搜索算法及其在传感器网络中的应用[D];东华大学;2010年
10 林龙信;仿生水下机器人的增强学习控制方法研究[D];国防科学技术大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 姚秋林;水稻根特异表达启动子的克隆及功能分析[D];华中农业大学;2010年
2 李金华;基于SVM的多类文本分类研究[D];山东科技大学;2010年
3 韩晓峰;高斯混合模型及在探测网络社区结构中的应用[D];山东科技大学;2010年
4 杨勇;基于SOA的浙江永康某小家电企业应用系统集成平台开发与应用[D];浙江理工大学;2010年
5 郑碧;家蚕小热休克蛋白22.6的克隆表达与功能初步分析[D];浙江理工大学;2010年
6 庄文华;家蚕ras oncogene (Bras2)的表达、纯化以及特性分析[D];浙江理工大学;2010年
7 马良;家蚕BmIBP基因的原核表达及其亚细胞定位研究[D];浙江理工大学;2010年
8 李婷婷;家蚕BmNADHb5的表达分析及其亚细胞定位[D];浙江理工大学;2010年
9 刘靓珏;家蚕RPA43相关基因(BmRPA43 N)的克隆表达及定位分析[D];浙江理工大学;2010年
10 王利明;一种基于PMIPv6的智能辅助高效切换方案[D];郑州大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 赵国刚;袁春花;吴育忠;;省道S212线峰山隧道塌方处理[J];安徽建筑;2006年04期
2 于昕;韩崇昭;雷明明;;支持向量机在目标分类中的应用[J];电光与控制;2006年04期
3 黄润秋,徐则民,许模;地下水的致灾效应及异常地下水流诱发地质灾害[J];地球与环境;2005年03期
4 代福仲,李正前,石胜伟,汪光宅;隧道塌方自动监测报警系统[J];地质灾害与环境保护;2000年02期
5 于宁,朱合华,苏生瑞;大风垭口公路隧道施工中的地质灾害及对策[J];地质灾害与环境保护;2003年02期
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7 项伟,R.Jger;德国GPS在线位移监控和预警系统工作原理与工程应用[J];地质科技情报;2005年S1期
8 马洪勇;;隧道塌方的原因分析及预防措施[J];福建建设科技;2009年05期
9 周应麟;张运良;;对软弱围岩隧道力学特性的探讨[J];湖南交通科技;2005年04期
10 吴旻硕;李晓;;隧道围岩强度不均地段塌方成因及其处理方法[J];工程地质学报;2008年05期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 雷迎科;流形学习算法及其应用研究[D];中国科学技术大学;2011年
2 刘小明;数据降维及分类中的流形学习研究[D];浙江大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 赵丹;基于SVM分类机的DNA序列分类方法[D];南昌大学;2010年
2 徐龙柱;流形学习中非线性降维方法的研究及在烟草数据中的应用[D];中国海洋大学;2011年
3 吴迪;基于SVM分类器的分步定位算法研究[D];哈尔滨工业大学;2010年
4 刘卓;高维数据分析中的降维方法研究[D];中国人民解放军国防科学技术大学;2002年
5 周国浩;激光隧道围岩位移远程实时监测系统的研制[D];西安科技大学;2004年
6 王栋;基于SVM的分类方法在内容管理中的应用[D];西北大学;2006年
7 钟山;盾构法隧道施工监测数据处理与预警、报警研究[D];同济大学;2006年
8 张兴旺;基于SVM的分类挖掘算法及其应用[D];大庆石油学院;2007年
9 梁燕;SVM分类器的扩展及其应用研究[D];湖南大学;2008年
10 苗丽花;非线性主成分分析方法及其在医学中的应用[D];山西医科大学;2009年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 何美丽;刘霁;刘浪;周健;;隧道坍方风险评价的未确知测度模型及工程应用[J];中南大学学报(自然科学版);2012年09期
2 周宗青;李术才;李利平;隋斌;石少帅;张乾青;;浅埋隧道塌方地质灾害成因及风险控制[J];岩土力学;2013年05期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 陈宏;广甘高速公路隧道塌方及灾害治理措施研究[D];西南交通大学;2012年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 刘少辉,盛秋戬,吴斌,史忠植,胡斐;Rough集高效算法的研究[J];计算机学报;2003年05期
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3 宋鑫颖;周志逵;;一种基于SVM的主动学习文本分类方法[A];第二十三届中国数据库学术会议论文集(技术报告篇)[C];2006年
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7 ;Improved Particle Swarm Optimized SVM for Short-term Traffic Flow Predication[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
8 邵杰;叶宁;容亦夏;;基于SVM的多波束测深数据滤波[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
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中国重要报纸全文数据库 前10条
1 郭涛;利用SVM虚拟化技术实现容灾[N];中国计算机报;2008年
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9 本版编辑 中国科学院计算技术研究所数字媒体研究中心 山世光 陈熙霖 高文 徐昕 刘洪宇;你的脸,你的身份证明[N];中国计算机报;2006年
10 武德锋 李国辉 林洪文 姚作梁;图像世界任我行[N];计算机世界;2002年
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7 渐令;基于核的学习算法与应用[D];大连理工大学;2012年
8 曹志坤;制冷陈列柜性能仿真SVM方法的研究及应用[D];上海交通大学;2010年
9 王金林;基于混沌时间序列和SVM的入侵检测系统研究[D];天津大学;2010年
10 汪云云;结合先验知识的分类器设计研究[D];南京航空航天大学;2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 冯青;基因微阵列数据的SVM分类器优化方法[D];东北师范大学;2010年
2 吴迪;基于SVM分类器的分步定位算法研究[D];哈尔滨工业大学;2010年
3 赵行;SVM分类器置信度的研究[D];北京邮电大学;2010年
4 严会霞;基于SVM的眼动轨迹解读思维状态的研究[D];太原理工大学;2010年
5 陈燃燃;基于SVM算法的web分类研究与实现[D];北京邮电大学;2010年
6 刘莹;基于SVM维吾尔文印刷体识别分类器设计[D];新疆大学;2011年
7 魏磊磊;基于SVM的深孔加工状态监测技术研究与系统开发[D];西安理工大学;2010年
8 杨焕;基于Basic-N-Units特征的SVM方法预测MicroRNA[D];吉林大学;2010年
9 邓昌葛;基于SVM的图像内容检索研究[D];中国科学技术大学;2010年
10 曾玉祥;盲抽取与SVM方法在地球化学异常下限提取中的应用[D];成都理工大学;2010年
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