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籽鹅不同发育时期和不同组织内参基因选择的研究

王忠伟  
【摘要】:为筛选不同发育时期籽鹅不同组织中最佳的内参基因,本试验分别以1日龄、2月龄、4月龄、6月龄和8月龄籽鹅的心脏、肝脏、肾脏、肌肉和卵巢组织为研究对象,应用反转录实时定量聚合酶链式反应(Real-time reverse transcription quantitative PCR, qRT-PCR)检测7个候选内参基因ACTB、GAPDH、18S rRNA、28S rRNA、SDH、HPRT1和TUB的表达情况,然后分别使用geNorm和NormFinder程序进行数据分析,最终筛选出最佳的内参基因及数目。 分别在1日龄、2月龄、4月龄、6月龄和8月龄籽鹅五种组织间进行7个候选内参基因的qRT-PCR分析,经geNorm程序分析后根据7个候选内参基因表达稳定度平均值(M)对其稳定性从大到小进行排序。具体的排序分别是:1日龄:GAPDH/HPRT128S rRNATUBSDHACT18S rRNA;2月龄:HPRT1/28S rRNAGAPDH18S rRNAACTBTUBSDH;4月龄:GAPDH/28S rRNAHPRT1SDH18S rRNAACTBTUB;6月龄:GAPDH / HPRT1TUB28S rRNA18S rRNAACTBSDH;8月龄:GAPDH/28S rRNAACTBTUBHPRT1SDH18S rRNA。且七个候选内参基因的V2/3(配对差异分析)分别为0.129、0.051、0.080、0.084、0.069,内参基因的最适数目均为2个。进一步用NormFinder程序对数据进行验证分析,筛选出相对稳定的内参基因分别为GAPDH和HPRT1(1日龄)、HPRT1和28S rRNA(2月龄)、GAPDH和28S rRNA(4月龄)、GAPDH和HPRT1(6月龄)、GAPDH和28S rRNA(8月龄),与geNorm程序分析结果一致。 分别在籽鹅心脏、肝脏、肾脏、肌肉和卵巢组织的五个不同发育时期进行七个候选内参基因的qRT-PCR分析,经geNorm程序分析对其稳定性从大到小进行排序。具体的排序顺序分别为:心脏:GAPDH/28S rRNASDHACTB18S rRNAHPRT1TUB;肝脏:GAPDH/HPRT1SDHTUB 28S rRNA18S rRNAACTB;肾脏:ACTB/SDHGAPDHHPRT128S rRNA18S rRNATUB;肌肉:HPRT1/18S rRNAGAPDH28S rRNASDHACTBTUB;卵巢:GAPDH/HPRT1SDHTUB18S rRNAACTB28S rRNA。且七个候选内参基因的配对差异分析为:心脏V4/5= 0.210、肝脏V2/3=0.237、肾脏V3/4=0.148、肌肉V2/3=0.124、卵巢V2/3=0.152,内参基因的最适数目分别为4个、2个、3个、2个和2个。进一步用NormFinder程序对数据进行验证分析,筛选出相对稳定的内参基因分别为28S rRNA、SDH、GAPDH和HPRT1(心脏)、GAPDH和HPRT1(肝脏)、ACTB、SDH和GAPDH(肾脏)、HPRT1和18S rRNA(肌肉)、GAPDH和HPRT1(卵巢),与geNorm程序分析结果基本一致。 通过上述结果表明:1日龄和6月龄籽鹅五种组织间进行qRT-PCR分析中相对合适的内参基因为: GAPDH和HPRT1;4月龄和8月龄相对合适的内参基因为:GAPDH和28S rRNA;2月龄相对合适的内参基因为:HPRT1和28S rRNA。 在不同发育时期的籽鹅心脏组织qRT-PCR分析中相对合适的内参基因为:GAPDH、28S rRNA、SDH和HPRT1;肝脏中为:GAPDH和HPRT1;肾脏中为:ACTB、SDH和GAPDH;肌肉中为:HPRT1和18S rRNA;卵巢中为:GAPDH和HPRT1。


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