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应用肿瘤基因解剖工程数据库及RNA干扰技术检测大肠癌基因表达谱

黄志刚  
【摘要】:第一部分 应用肿瘤基因解剖工程数据库检测大肠癌基因表达谱 【目的】 进一步了解大肠癌与正常组织间基因表达谱差异,寻找可能用于临床诊断和治疗的目的基因。 【方法】 应用美国肿瘤基因解剖工程(CGAP)数据库中基因表达序列分析(SAGE)数据筛查大肠癌和正常组织差异表达基因,并用RT-PCR方法进一步在大肠癌细胞株(SW1116,Lovo,HCT8 and Hce8693)及20例大肠癌及相应癌旁组织标本中进行验证。 【结果】 (一) 在CGAP数据库中选取2个原发大肠癌(Tu-98,Tu-102)和正常组织(NC-1,NC-2)SAGE数据进行对比分析,筛选大肠癌、正常组织差异表达基因,共分析195,160个短序列。大肠癌短序列标签(tags)共97071个,正常组织tags共98089个,2倍差异水平以上且有统计学意义的tags共216个。其中肿瘤组织基因表达高于正常组织10倍以上差异基因33个,20倍以上差异基因16个。相反,肿瘤组织基因表达低于正常组织10倍以上54个,20倍以上差异者25个。 (二) 对肿瘤组织表达差异基因筛选17个在大肠癌细胞株(SW1116,Lovo,HCT8 and Hce8693)和20例组织标本中进行RT-PCR验证。在不同大肠癌细胞株中基因表达不同,基因检测阳性率分别从35.3%到76.5%不等,可能与不同来源的大肠癌细胞株生物学特性差异有关。在大肠组织标本中基因检测阳性率达88.2%,说明大肠组织SAGE检测与RT-PCR验证结果基本相符。 (三) 对差异表达基因包括转化生长因子β1(TGFβ1)、蛋白酶体26S亚单位(PSMC4)、热休克蛋白1(HSPCA)进行半定量RT-PCR检测,结果显示TGFβ1在肿瘤组织中表达显著增高者占12/20(60%)、PSMC4为10/20(50%)、HSPCA为7/20(35%),p0.01。 【结论】 本研究结果提示利用CGAP数据库中SAGE数据能快捷、可靠地筛查大肠癌差异基因表达谱,进一步分析这些基因的过度差异表达情况,可能为临床提供诊断和治疗的相关基因指标。


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