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《复旦大学》 2009年
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基于质谱技术的肿瘤血清O-糖组学研究

吴刚  
【摘要】: 通过对接种和未接种B16黑色素瘤细胞的C57小鼠血清进行O-糖链的比较糖组学研究,寻找黑色素瘤血清特异性O-糖链。为筛选出最适合AXIMA QIT质谱仪的糖组学实验条件,分别对血清用量、质谱点样方式、质谱激光强度、石墨化炭黑小柱纯化方法等实验条件进行了比较研究。发现10 ul血清用量、0.5 ul糖链样品+0.5 ul阳离子供体(0.01 M NaCl)+0.5ul基质(溶于乙醇中50 mg/ml 2,5-DHB)的质谱点样方式、及pow 20-40的激光强度可以得到最佳的质谱分析结果,改进后的GCC小柱较市售GCC小柱能够大幅度地降低填料用量(填料为商业化小柱的1/15)和提取时间(由30分钟减少到10分钟),同时提高了实验结果的再现性。将优化后的方法用于寻找黑色素瘤血清特异性O-糖链,用Launchpad software(Kratos Analytical,Manchester,UK,Version 2.4.1 Build)采集和输出质谱数据,MATLAB(Version R2008b)进行数据分析,找到了10个稳定出现的差异糖链质谱峰。通过串联质谱对5种主要差异糖链质谱峰进行了结构分析,发现差异糖链都带有动物中少见的HexHexA二糖重复结构。 首次探索了SDS-PAGE和GCC SPE连用的血清糖组学研究新方法。与常规方法相比,本方法血清用量低(2.5 ul)、鉴定到的糖链多、检测灵敏度高,同时还能检测到同一糖链连接在不同的蛋白质上的糖基化改变。 结合糖链在CID过程中的碎裂规律,用MATLAB编写了相应的计算机程序:首先计算串联质谱数据中两峰间的差值,然后用xyl、Fuc、Hex、HexA、HexNac,和NeuAc穷举出所有可能符合该差值的单糖组成,输出这两个质谱峰的质荷比、峰间差和所差的单糖组分,分析预测糖链结构。程序能处理相差132 Da—1015 Da的质谱峰,并能自由设定误差允许范围,大大提高了对串联质谱数据的解析速度。
【学位授予单位】:复旦大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2009
【分类号】:R739.5

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