基于GPU并行化计算的宏基因组第二代测序模拟系统

【摘要】：宏基因组学能够在未知领域揭露出大量的不能培养的微生物。由于其极其广泛的应用领域,高保真的宏基因组模拟系统在帮助工具开发和制定宏基因组项目上都有很大的需求。然而,目前存在的系统都只能模拟一些过于简化的宏基因组。在此,我们提出一个新的宏基因组模拟系统：NeSSM (Next-generation Sequencing Simulator for Metagenomics).通过结合目前完整的基因组信息和一些初步的宏基因组测序信息,该系统可以产生一个接近于实际情况的模拟宏基因组。为了加快该系统的运行时间,在此我们运用了显卡计算(GPU并行化计算),通过并行化运算有效的缩短了程序运行所需的时间。通过这个系统,一个特定项目的最佳的宏基因组分析策略可以根据用户提供的测序平台、目标宏基因组的复杂度和该宏基因组的目标产生。目前,NeSSM支持sanger.454和Illumina的测序平台。NeSSM可以帮助开发和提高一些相关宏基因组学的应用工具的性能。软件下载地址：http://cbb.sjtu.edu.cn/～ccwei/pub/software/NeSSM.php

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18	宋振亚;刘海行;雷晓燕;赵伟;;GPU在海洋环流模式POP中的应用[J];计算机应用与软件;2010年10期
19	陶苏丹;和艳敏;应燕玲;洪小珍;许先国;朱发明;吕杭军;严力行;;ABO血型新等位基因O61的分子生物学研究[J];中国实验血液学杂志;2010年05期
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中国硕士学位论文全文数据库

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1	宣黎明;基于GPU并行化计算的宏基因组第二代测序模拟系统[D];华东理工大学;2012年
2	刘丹;基于GPU的分子动力学模拟方法研究[D];武汉理工大学;2010年
3	陈枫;基于GPU技术的叠前时间偏移及其在玛湖地区的应用[D];中国地质大学（北京）;2011年
4	覃方涛;基于GPU的车牌定位关键技术并行研究[D];重庆大学;2010年
5	魏卓群;GPU并行免疫算法在冷轧生产调度中的应用[D];大连理工大学;2010年
6	金鹭;基于GPU的表面形貌测量系统的研究[D];浙江大学;2011年
7	谭洪颂;基于GPU加速的真实感渲染系统研究与实现[D];大连理工大学;2010年
8	张煜君;基于GPU的真实感实时渲染技术研究与实现[D];电子科技大学;2011年
9	孙亚妮;基于GPU的正交多幕光线散射补偿算法研究[D];长春理工大学;2010年
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中国重要报纸全文数据库

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1	记者严天秀;昆明新机场全球首安“GPU”[N];昆明日报;2010年
2	本报记者宋家雨;GPU还是CPU? 高性能计算的一个问题![N];网络世界;2010年
3	;GPU市场Q2创八年最大增幅[N];计算机世界;2009年
4	本报记者霍光;GPU计算逐渐大规模商用[N];中国计算机报;2009年
5	游讯;图形处理器GPU[N];人民邮电;2011年
6	记者刘欢;全国首个GPU计算应用测试中心在京成立[N];北京日报;2011年
7	电脑报朱文利;GPU助力，高性能计算机“异构化”[N];电脑报;2009年
8	李大庆;首套分布式GPU超级计算系统启用[N];中国技术市场报;2010年
9	本报记者霍光;CPU集成GPU挑战主板设计[N];中国计算机报;2010年
10	刘颖;PCI-E3.0帮GPU开发“副业”[N];电脑报;2010年

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