收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

基于GPU并行化计算的宏基因组第二代测序模拟系统

宣黎明  
【摘要】:宏基因组学能够在未知领域揭露出大量的不能培养的微生物。由于其极其广泛的应用领域,高保真的宏基因组模拟系统在帮助工具开发和制定宏基因组项目上都有很大的需求。然而,目前存在的系统都只能模拟一些过于简化的宏基因组。 在此,我们提出一个新的宏基因组模拟系统:NeSSM (Next-generation Sequencing Simulator for Metagenomics).通过结合目前完整的基因组信息和一些初步的宏基因组测序信息,该系统可以产生一个接近于实际情况的模拟宏基因组。为了加快该系统的运行时间,在此我们运用了显卡计算(GPU并行化计算),通过并行化运算有效的缩短了程序运行所需的时间。通过这个系统,一个特定项目的最佳的宏基因组分析策略可以根据用户提供的测序平台、目标宏基因组的复杂度和该宏基因组的目标产生。目前,NeSSM支持sanger.454和Illumina的测序平台。NeSSM可以帮助开发和提高一些相关宏基因组学的应用工具的性能。 软件下载地址:http://cbb.sjtu.edu.cn/~ccwei/pub/software/NeSSM.php


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 刘衍春;马玲;刘毅;吴敏慧;郑凌;;1个新的CisAB型点突变724G/T[J];中国输血杂志;2010年S1期
2 佴静;朱雪薇;刘忠泉;;结核分枝杆菌复苏因子D的克隆及测序分析[J];中国现代医学杂志;2008年16期
3 刘赴平;刘景春;莫晓燕;;饰胶蛋白聚糖核心片段Leu155-Val260 cDNA克隆与表达[J];中山大学学报(医学科学版);2006年S2期
4 张子飞;陈威华;覃重军;;高温链霉菌质粒pTSC2的测序分析和滚环复制方式的鉴定[J];微生物学报;2010年01期
5 张强;唐青;李浩;王环宇;梁国栋;;我国四株狂犬病毒M和P基因序列分析和所编码蛋白的分析[J];病毒学报;2007年02期
6 龚捷;陈汶滨;贾月乐;陈智;;GPU技术实现钻井模拟器中的电影级光照[J];黑龙江科技信息;2007年21期
7 路盼盼;李建辉;张亚平;;新疆泥火山细菌多样性的PCR-DGGE条带克隆测序分析[J];江苏农业科学;2011年02期
8 王碧薇;;基于GPU的光线跟踪算法的分析[J];科技资讯;2007年23期
9 倪炜;;GPU通用计算研究[J];黑龙江科技信息;2009年16期
10 侯毅;沈彦男;王睿索;余宗超;;基于GPU的数字影像的正射纠正技术的研究[J];现代测绘;2009年03期
11 张海军;陈圣波;张旭晴;王亚楠;;基于GPU的遥感图像快速去噪处理[J];城市勘测;2010年02期
12 刘奇琳;黄跃;唐建明;甘其刚;;波动方程叠前深度偏移的GPU技术[J];物探化探计算技术;2010年04期
13 王静宇;吴伟立;姜君;邓海君;白春杰;陈唯军;;麻疹病毒CC47疫苗测序分析及与其他A基因型病毒株比较[J];黑龙江大学自然科学学报;2010年03期
14 陈乐;;一种包络面的GPU渲染方法[J];科技资讯;2010年30期
15 郑宝林;赵建峰;;基于GPU的地形渲染技术的研究与实现[J];民营科技;2011年03期
16 任随周;郭俊;邓穗儿;岑英华;孙永革;孙国萍;;石油降解菌的分离鉴定及石油污染土壤的细菌多样性[J];生态学报;2005年12期
17 孟胜利;徐葛林;吴杰;王定明;严家新;杨晓明;;中国12株狂犬病街毒株G基因序列测定与分析[J];中国人兽共患病学报;2009年06期
18 宋振亚;刘海行;雷晓燕;赵伟;;GPU在海洋环流模式POP中的应用[J];计算机应用与软件;2010年10期
19 陶苏丹;和艳敏;应燕玲;洪小珍;许先国;朱发明;吕杭军;严力行;;ABO血型新等位基因O61的分子生物学研究[J];中国实验血液学杂志;2010年05期
20 詹总谦;卢亮;;基于GPU并行处理技术的影像畸变差修正[J];测绘信息与工程;2011年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 王一博;常旭;刘伊克;;时域多尺度波形反演方法的GPU实现[A];中国地球物理学会第二十七届年会论文集[C];2011年
2 尹凤玲;刘天启;郑亮;张怀;石耀霖;;三维有限元地震波数值模拟的GPU加速[A];中国地球物理2010——中国地球物理学会第二十六届年会、中国地震学会第十三次学术大会论文集[C];2010年
3 郑亮;Taras Gerya;张怀;David A.Yuen;石耀霖;;GPU的内存与线程机制及其在地球动力学计算中的算例[A];中国地球物理2010——中国地球物理学会第二十六届年会、中国地震学会第十三次学术大会论文集[C];2010年
4 王健;许明;陈飞国;葛蔚;李静海;;单相流动直接数值模拟在GPU上的实现[A];中国颗粒学会第七届学术年会暨海峡两岸颗粒技术研讨会论文集[C];2010年
5 段玉婷;李靖宇;胡天跃;;基于GPU的三维精细积分法正演模拟[A];中国地球物理学会第二十七届年会论文集[C];2011年
6 陈召曦;孟小红;;海量重磁数据三维约束反演GPU加速试验研究[A];中国地球物理学会第二十七届年会论文集[C];2011年
7 熊毅;罗廷荣;刘棋;李华明;南松剑;郭建钢;邓朝阳;兰斌;;广西狂犬病野毒株的N基因的测序与分析[A];第六届全国会员代表大学暨第11次学术研讨会论文集(下)[C];2005年
8 ;GPU加速基于经验模态分解的高动态范围图像色调映射[A];第六届和谐人机环境联合学术会议(HHME2010)、第19届全国多媒体学术会议(NCMT2010)、第6届全国人机交互学术会议(CHCI2010)、第5届全国普适计算学术会议(PCC2010)论文集[C];2010年
9 刘勐;王健平;;利用GPU进行连续爆轰发动机的并行数值模拟[A];第十四届全国激波与激波管学术会议论文集(下册)[C];2010年
10 石颖;刘洪;;基于GPU的表面多次波预测技术[A];中国科学院地质与地球物理研究所第十届(2010年度)学术年会论文集(中)[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 刘源;全基因组外显子测序发现逆向性痤疮的致病基因NCSTN[D];安徽医科大学;2012年
2 陈钢;众核GPU体系结构相关技术研究[D];复旦大学;2011年
3 毕庆贞;面向五轴高效铣削加工的刀具可行空间GPU计算与刀具方向整体优化[D];上海交通大学;2009年
4 毛华庆;基于GPU优化的三维实时渲染技术的研究[D];武汉大学;2010年
5 李仕;航空异速像移模糊实时恢复算法研究与GPU平台实现[D];中国科学院研究生院(长春光学精密机械与物理研究所);2010年
6 张楠;基于相位差异的地基望远镜图像恢复算法与GPU高速实现[D];中国科学院研究生院(长春光学精密机械与物理研究所);2012年
7 葛子厚;基于GPU动态误差度量的大规模地形绘制方法[D];吉林大学;2012年
8 王达;虚拟战场中一种基于GPU的大规模动态地形仿真研究[D];华中科技大学;2012年
9 白洪涛;基于GPU的高性能并行算法研究[D];吉林大学;2010年
10 徐佳;高通量基因筛选技术的应用及优化[D];山东大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 宣黎明;基于GPU并行化计算的宏基因组第二代测序模拟系统[D];华东理工大学;2012年
2 刘丹;基于GPU的分子动力学模拟方法研究[D];武汉理工大学;2010年
3 陈枫;基于GPU技术的叠前时间偏移及其在玛湖地区的应用[D];中国地质大学(北京);2011年
4 覃方涛;基于GPU的车牌定位关键技术并行研究[D];重庆大学;2010年
5 魏卓群;GPU并行免疫算法在冷轧生产调度中的应用[D];大连理工大学;2010年
6 金鹭;基于GPU的表面形貌测量系统的研究[D];浙江大学;2011年
7 谭洪颂;基于GPU加速的真实感渲染系统研究与实现[D];大连理工大学;2010年
8 张煜君;基于GPU的真实感实时渲染技术研究与实现[D];电子科技大学;2011年
9 孙亚妮;基于GPU的正交多幕光线散射补偿算法研究[D];长春理工大学;2010年
10 明星;基于GPU的医学图像三维重建算法及其应用[D];华中科技大学;2009年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 记者 严天秀;昆明新机场全球首安“GPU”[N];昆明日报;2010年
2 本报记者 宋家雨;GPU还是CPU? 高性能计算的一个问题![N];网络世界;2010年
3 ;GPU市场Q2创八年最大增幅[N];计算机世界;2009年
4 本报记者 霍光;GPU计算逐渐大规模商用[N];中国计算机报;2009年
5 游讯;图形处理器GPU[N];人民邮电;2011年
6 记者 刘欢;全国首个GPU计算应用测试中心在京成立[N];北京日报;2011年
7 电脑报 朱文利;GPU助力,高性能计算机“异构化”[N];电脑报;2009年
8 李大庆;首套分布式GPU超级计算系统启用[N];中国技术市场报;2010年
9 本报记者 霍光;CPU集成GPU挑战主板设计[N];中国计算机报;2010年
10 刘颖;PCI-E3.0帮GPU开发“副业”[N];电脑报;2010年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978