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《苏州大学》 2003年
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胶质瘤恶性进展相关新基因研究

孙继勇  
【摘要】: 找出胶质瘤的致病基因,进行针对性的防治是彻底治愈这种顽疾的根本途径。利用基因芯片技术和生物信息学手段分析基因在系统水平的调控机制,是当前功能基因组学的重要研究手段,它明显优于过去的单一基因研究模式,可以在整体的、基因组的水平对基因的表达调控网络机制,进行系统、全面地分析,最后找出在这个功能调控网络中的关键基因。本文利用生物信息学技术对我们建立的胶质瘤恶性进展相关基因表达谱和胶质瘤诱导分化相关基因表达谱作系统的聚类分析,并对候选基因作了初步的数据库检索和RT-PCR分析验证,最后挑选具有潜在应用价值的Tob基因在国内首次做基因克隆、表达载体构建和基因转染研究,初步证实Tob基因是一新发现的胶质瘤细胞增殖抑制基因,值得进一步全面研究其功能和进行实验性治疗研究。 第一部分 生物信息学筛选胶质瘤恶性进展相关新基因 目的:本研究首先利用生物信息学技术对已经建立的胶质瘤恶性进展和诱导分化2个胶质瘤相关基因表达谱作系统的聚类分析,并对候选基因作广泛的生物信息学数据库检索,目的在于筛选与肿瘤恶性进展相关的新基因,为进一步克隆其全长、研究其功能提供依据。方法:首先对基因表达谱做聚类分析,在数据分析时我们取双点之间的变异系数<0.33的数据进行分析,以便尽量减少实验误差。又取2组比值差异均在2倍以上、双点之间变异系数<0.33的基因,据此从2个基因表达谱数据中分别筛选出368和115个基因做聚类分析。分别从2个表达谱中得到17和11条基因,进一步做生物信息学数据库的检索,去分析它们对应的结构和功能。结果:从恶性进展表达谱中得到17条可能是在胶质瘤中有重要调控作用的基因,生物信息学分析可把它们分成两大类基因。第一类是从WHOⅡ级、WHO Ⅲ级、WHO Ⅳ级胶质瘤中表达逐步升高,有11条;另一大类则相反,是表达逐步递减的,有6条。从诱导分化表达谱中对差异2倍以上的115个基因作聚类分析,得到6大类不同表达模式的基因类别;进一步生物信息学分 胶质瘤恶性进展相关新基因研究 中文摘要 析表明,其中有n条基因的功能信息、与诱导分化关系密切,可能是这一过程的 关键基因。结论:生物信息学是分析基因表达谱的有力工具,可以很好的从表达 谱数据提取出与胶质瘤恶性进展和诱导分化相关的关键基因,本文利用这一先进 工具筛选出了28条可能是胶质瘤恶性进展过程中的关键基因供进一步研究。 第二部分半定量RT一pCR验证胶质瘤相关新基因的表达 利用基因芯片和生物信息、学手段从大量的基因中筛选肿瘤发生发展过程中 重要的新调控基因,是目前肿瘤功能基因组研究的一个重要研究方向。但是小样 本量的检测有时会出现一些假阳性和假阴性结果,因此很有必要抽取部分样本和 基因进行验证。本文利用半定量R于PCR检测了上文中筛选出来的28条基因中 的7条基因在胶质瘤组织中的表达情况,目的:一方面验证以前的基因芯片数据 的可靠性;另一方面通过对基因表达水平的半定量,进行横向的对比,希望能够 找出这些基因在不同级别胶质瘤中的表达规律,为进一步的功能研究提供依据。 方法:按照7条基因的GenBax水登录号,检索GenBank得到这些基因的全长cDNA 序列,然后设计相应的PCR引物,针对22例恶性胶质瘤病人的肿瘤组织作检测, 22例胶质瘤按照WHO分级其中I级3例,11级8例,m级7例,IV级4例, 最后利用SmartView电泳图像分析软件对各个基因在不同组织中的表达进行半 定量。结果:这些基因在这些肿瘤中的表达差异是有规律性的,和以前的基因 芯片结果基本一致。如X54304(肌球蛋白轻链)、AI264216(胆碱转运因子2) 都是随着恶性程度的进展而表达升高,而NM_0198%(DNA多聚酶plZ亚基)、 NM 0 1 5962(CGI一35蛋白)、AB037886(NESH蛋白)、D38305(TOb蛋白)、 M87507(半肤天冬酶1,CasPasel)都是随着恶性程度的进展而表达降低。结论: 我们对于基因芯片和生物信息学技术筛选到的7条基因作半定量RT-PCR分析, 证实我们使用的基因芯片是可靠的;同时显示这些基因在胶质瘤的恶性进展过程 中都发生了规律性的改变,信息学检索提示其中有些基因可能是肿瘤恶变的重要 调控因子。 第三部分新基因丁ob转染胶质瘤细胞的研究 按照上面工作的提示,我们选择了其中有应用前景的肿瘤抗增殖蛋白Tob基 因,作相应的基因克隆和表达载体构建,然后进一步作体外的基因转染等功能研 胶质瘤恶性进展相关新基因研究 中文摘要 究。目的:将这一基因在体外成功分离和克隆培养,并构建到表达载体中,以便 将来更好更方便地研究它的功能和调控机制,同时初步分析了它转染人类胶质瘤 细胞系SHG一44细胞后这种细胞从宏观到微观的改变,研究Tob基因在这一代表 性胶质瘤细胞系中的功能和作用,为下一步进行试验性治疗提供依据。方法:按 照Tob基因的GenBank登录号D38305,检索GenBank得到这个基因的cDNA序 列全长,依据蛋白质编码区的序列设计PCR引物,并在两端分别加上Kpnl和 Xbal酶切位点。从正常发育的3一5月龄的胎脑组织提取总RNA作Rl飞PCR。然 后利用相应内切酶和T4 DNA连接酶将上?
【学位授予单位】:苏州大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2003
【分类号】:R730.2

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 孙继勇,黄强,王爱东,董军,邵耐远,兰青;胶质瘤恶性进展相关基因的生物信息学分析[J];癌症;2003年03期
2 孙立军,张全斌,黄强;三株分化程度不同的胶质瘤细胞的建立[J];实用肿瘤杂志;2002年03期
3 孙立军,黄强,王爱东,李晓楠,兰青,杜子威;应用差异显示技术克隆胶质瘤细胞诱导分化相关基因[J];中华神经外科杂志;2003年02期
4 孙继勇,黄强,王爱东,孙立军,董军,兰青;胶质瘤诱导分化相关基因的生物信息学分析[J];中华实验外科杂志;2003年04期
5 夏家辉,何云贵,曾志红,唐冬生,戴和平,潘乾,龙志高,廖晓东;人神经性耳聋多肽因子样基因克隆和表达分析[J];中华医学杂志;2000年05期
6 孙立军,黄强,王爱东,兰青,杜子威,胡赓熙;建立胶质瘤细胞诱导分化相关基因谱[J];中华肿瘤杂志;2002年03期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 孙继勇,黄强,王爱东,董军,邵耐远,兰青;胶质瘤恶性进展相关基因的生物信息学分析[J];癌症;2003年03期
2 黄强,孙立军,董军,李晓楠,王爱东,兰青;人脑胶质瘤细胞株体外诱导分化相关基因的初步研究[J];癌症;2003年07期
3 黄强;;胶质瘤研究中的若干问题[J];中国神经肿瘤杂志;2003年01期
4 孙继勇;黄强;董军;王爱东;兰青;;半定量RT-PCR检测胶质瘤细胞分化相关新基因的表达[J];中国神经肿瘤杂志;2003年01期
5 王飞;黄强;董军;王爱东;兰青;;胶质瘤恶性进展相关基因表达谱中发育与分化基因的分析[J];中国神经肿瘤杂志;2003年03期
6 黄强,王爱东,张全斌,董军,兰青;胶质瘤起源细胞与分子病因研究[J];中华神经医学杂志;2005年03期
7 彭桂福,马文丽,宋艳斌,彭翼飞,石嵘,毛向明,郑文岭;DNA芯片技术筛选K562肿瘤细胞特异性基因[J];第一军医大学学报;2004年05期
8 孙洁,祁克宗;动物防御素的功能及其应用[J];动物医学进展;2005年09期
9 孔维佳;耳聋相关分子生物学研究[J];中国耳鼻咽喉头颈外科;2004年01期
10 李敏;陈建二;王建新;;基于最短路径的蛋白质相互作用网络拓扑分析[J];高技术通讯;2009年01期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 黄强;;神经干细胞和脑肿瘤干细胞相关性研究[A];第四届中国肿瘤学术大会暨第五届海峡两岸肿瘤学术会议教育集[C];2006年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 刘红;乳腺癌细胞株化疗药物处理前后基因表达谱的比较研究[D];天津医科大学;2003年
2 钟东;DNA序列的对称性与真核基因调控元件模块的分析[D];中国人民解放军第一军医大学;2003年
3 郑伟;CDA-Ⅱ诱导分化乳腺癌细胞的实验研究[D];中国人民解放军军医进修学院;2004年
4 李春丽;人β防御素3和植物甜蛋白des-pGlu1-Brazzein基因的重组表达研究[D];浙江大学;2005年
5 杨冰;胶质瘤相关新基因的研究[D];复旦大学;2005年
6 廖伟;人气道上皮细胞抗菌肽hBD-2诱导表达的信号途径及影响[D];第三军医大学;2006年
7 王延峰;DNA计算中的编码理论与方法研究[D];华中科技大学;2007年
8 邓尚龙;石斑鱼抗菌肽Hepcidin基因的克隆、表达与抗菌活性研究[D];吉林农业大学;2008年
9 张勋才;自组装DNA计算模型的研究及应用[D];华中科技大学;2009年
10 李敏;蛋白质网络中复合物和功能模块挖掘算法研究[D];中南大学;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张琳;酵母和大肠杆菌基因表达谱与蛋白质相互作用的相关性分析[D];山东理工大学;2011年
2 刘彬彬;大规模蛋白质相互作用网络复合物挖掘算法研究[D];中南大学;2011年
3 程光;苦参碱对脑胶质瘤细胞系BT-325、C6细胞增殖抑制作用的研究[D];中国人民解放军第四军医大学;2003年
4 王爱东;胶质瘤恶性进展相关基因表达谱中凋亡相关基因的初步研究[D];苏州大学;2003年
5 彭桂福;基因组芯片制备及其在筛选肿瘤相关基因中的应用研究[D];第一军医大学;2004年
6 葛汝村;大鼠骨髓基质细胞诱导分化中相关基因表达谱的微阵列分析[D];山东大学;2005年
7 程序曲;人脑胶质瘤细胞发生发展相关基因RNAi的体外实验研究[D];苏州大学;2005年
8 王金鹏;人脑胶质瘤干细胞初步研究[D];苏州大学;2005年
9 王重韧;丙戊酸钠及联合化疗药诱导分化治疗人脑胶质瘤实验研究[D];苏州大学;2005年
10 张萍;人脑星型细胞瘤cDNA文库的构建及人脑脂肪酸结合蛋白基因FABP7的克隆[D];兰州大学;2006年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前9条
1 吴建强,李晓楠,黄强,周丽英,杜子威;环己亚甲基二乙酰胺对人胶质瘤细胞c-myc和N-ras表达的调控效应[J];癌症;1997年04期
2 董宁征,杨吉成,刘卫军,顾振纶;一叶秋碱对不同细胞增值的影响及其体内抗肿瘤作用[J];临床肿瘤学杂志;1998年01期
3 李伟生,黄强,董军,兰青,孙志方;苯丁酸钠诱导分化治疗可移植性人脑胶质瘤实验研究[J];中华神经外科疾病研究杂志;2002年02期
4 孙立军,张全斌,黄强;三株分化程度不同的胶质瘤细胞的建立[J];实用肿瘤杂志;2002年03期
5 孙立军,黄强;苯丁酸钠抗肿瘤的广谱诱导分化作用[J];中国新药与临床杂志;2001年06期
6 杜子威;徐庚达;王尧;刘振延;黄强;郭玉华;陈桂林;李斌;谈琪云;奚为乎;;人脑恶性胶质瘤体外细胞系SHG-44的建立及其特征[J];医学研究通讯;1984年12期
7 孙立军,黄强,兰青,周丽英,王爱东;胶质瘤细胞诱导分化后的凋亡现象[J];中国肿瘤;2001年05期
8 孙立军,黄强,王爱东,兰青,杜子威,胡赓熙;建立胶质瘤细胞诱导分化相关基因谱[J];中华肿瘤杂志;2002年03期
9 张荣,周良辅,周范民,王晨,王宇倩,顾建新;TNF-α/Vp16系统对胶质瘤基因治疗的实验研究[J];中国微侵袭神经外科杂志;2000年02期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王飞,李世亭,潘庆刚,黄强,兰青;发育分化基因在胶质瘤恶性进展过程中的作用[J];肿瘤防治研究;2004年11期
2 黄强,董军,王爱东,邵耐远,孙继勇,李晓楠,兰青,胡赓熙;建立人脑胶质瘤恶性进展相关基因表达谱[J];中华肿瘤杂志;2003年05期
3 李书权;TGF-β_1能控制人胶质瘤细胞生长、迁移和侵袭[J];国外医学.肿瘤学分册;1995年03期
4 陈谦学;郑虎;刘刚;吴立权;王军民;;Skp2、PTEN和p27在胶质瘤中的表达及其意义[J];中华实验外科杂志;2006年07期
5 肖惠生;熊光仲;路俊仙;;蛋白质组在胶质瘤中的应用研究进展[J];肿瘤学杂志;2009年02期
6 胡苹;娄晋宁;马雄君;罗杰;李纯;;血管内皮生长因子在神经胶质瘤中的表达特点和恶性进展的关系[J];中日友好医院学报;2006年03期
7 李永真;贺国洋;;人脑胶质瘤中MMP-9的表达及意义[J];科技信息;2010年23期
8 王军友;杨学军;王国开;;不同病理级别胶质瘤中EphB4和ephrinB2的表达[J];中国神经精神疾病杂志;2008年06期
9 王飞;黄强;董军;王爱东;兰青;;胶质瘤恶性进展相关基因表达谱中发育与分化基因的分析[J];中国神经肿瘤杂志;2003年03期
10 卢培刚,朱树干,刘玉光;DNA拓扑异构酶II在人脑胶质瘤中的表达及临床意义[J];中国神经精神疾病杂志;2002年05期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 徐宏;曾义;韩杨云;;基因MDM2、VIM在胶质瘤恶性进展中的作用研究[A];中华医学会神经外科学分会第九次学术会议论文汇编[C];2010年
2 岳晓;韩磊;张安玲;杨旸;王广秀;贾志凡;浦佩玉;康春生;;胶质瘤中β-catenin/Tcf4转录调控miR-21的机制与生物学功能研究[A];中华医学会神经外科学分会第九次学术会议论文汇编[C];2010年
3 董万利;张艳荣;胡锦;金由辛;;RNA干扰抑制胶质瘤U251细胞系EphB4基因表达及对细胞生长的影响[A];第十一届全国神经病学学术会议论文汇编[C];2008年
4 杨玉山;;胶质瘤免疫组化检查对患者个体化治疗的意义[A];中国医师协会神经外科医师分会第四届全国代表大会论文汇编[C];2009年
5 黄强;;胶质瘤干细胞分化过程中的若干问题探讨[A];中华医学会神经外科学分会第九次学术会议论文汇编[C];2010年
6 洪柳;李青;陈广生;张丰;聂蕾;张丽英;林圣彩;;RGS16与p53在人胶质瘤中的表达及相关性研究[A];中华医学会病理学分会2005年学术年会论文汇编[C];2005年
7 娄江涛;胡成进;;KLK6在胶质瘤中的表达及生物学意义[A];中华医学会第九次全国检验医学学术会议暨中国医院协会临床检验管理专业委员会第六届全国临床检验实验室管理学术会议论文汇编[C];2011年
8 陈忠平;;胶质瘤血管生成拟态的分子靶点探讨[A];中华医学会神经外科学分会第九次学术会议论文汇编[C];2010年
9 刘文科;;创伤与大鼠C6胶质瘤肿瘤干细胞致瘤相关性的实验研究[A];中华医学会神经外科学分会第九次学术会议论文汇编[C];2010年
10 徐宏;韩杨云;孙中书;李新军;;与胶质瘤代谢通路相关的候选基因筛选[A];中华医学会神经外科学分会第九次学术会议论文汇编[C];2010年
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1 湖南省肿瘤医院 何正文博士;胶质瘤是“癌”不是“瘤”[N];大众卫生报;2002年
2 记者匡远深;早期判定胶质瘤放疗效果有新法[N];健康报;2009年
3 本报记者 李恩青;生物信息学:促动BT与IT双赢[N];中国高新技术产业导报;2001年
4 刘义;生物信息学产业浮出水面[N];中国高新技术产业导报;2000年
5 仇逸;上海发现胶质瘤中转录因子异常现象[N];中国医药报;2001年
6 蒋明;武大二院新法治疗胶质瘤[N];中国医药报;2002年
7 英潮;生物信息学演绎“变脸”[N];中药报;2002年
8 记者 匡远深;胶质瘤最易侵袭部位为岛叶[N];健康报;2009年
9 匡远深;胶质瘤组织中四种蛋白与化疗耐药相关[N];中国医药报;2008年
10 中科院院士 强伯勤;生物信息学蕴有巨大效益[N];光明日报;2002年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 孙继勇;胶质瘤恶性进展相关新基因研究[D];苏州大学;2003年
2 别黎;跨平台整合微阵列数据筛选与胶质瘤级别相关基因的实验研究[D];吉林大学;2011年
3 朱莉;高b值磁共振弥散加权成像在胶质瘤中的应用研究[D];复旦大学;2011年
4 邹启桂;功能磁共振成像对幕上胶质瘤术前分级临床应用价值初探及优化指标选择[D];华中科技大学;2011年
5 张家墅;术中磁共振与多模态导航在语言区胶质瘤手术及脑穿刺活检中的应用[D];中国人民解放军军医进修学院;2012年
6 刘建;蛋白质指纹图谱在脑胶质瘤中的临床应用研究[D];浙江大学;2005年
7 蒋雪峰;人脑胶质瘤CD105表达和胶质瘤干细胞在血管生成中的作用及机制初探[D];第三军医大学;2011年
8 康春生;人脑胶质瘤AKT2基因表达及反义和显性负调节AKT2抑制胶质瘤增殖和侵袭的实验研究[D];天津医科大学;2003年
9 王虎;人脑胶质瘤PTEN基因表达和突变及PTEN基因转导抑制胶质瘤增殖和侵袭的实验研究[D];天津医科大学;2004年
10 谭兆华;成人脑胶质瘤术后治疗的系统评价[D];中南大学;2013年
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1 邵耐远;胶质瘤恶性进展相关基因表达谱的建立和初步研究[D];苏州大学;2002年
2 赵鹏;人脑胶质瘤恶性进展基因表达谱中葡萄糖代谢相关基因分析[D];苏州大学;2004年
3 王爱东;胶质瘤恶性进展相关基因表达谱中凋亡相关基因的初步研究[D];苏州大学;2003年
4 郑虎;Skp2和p27在人脑胶质瘤中的表达及其意义[D];武汉大学;2005年
5 陈寒春;胶质瘤组织中DNA修复相关基因表达研究[D];苏州大学;2003年
6 许进;人脑胶质瘤中uPA的表达及临床意义[D];吉林大学;2005年
7 李志清;脑胶质瘤的多体素磁共振波谱研究[D];中国医科大学;2002年
8 王莉;SV40、JCV和BKV与人胶质瘤病因的相关性研究[D];郑州大学;2003年
9 连葆强;高表达HSP70鼠脑胶质瘤瘤苗的体内抗瘤作用研究[D];福建医科大学;2003年
10 陆军松;胶质瘤、脑膜瘤患者IGF-1、IGFBP-3测定的意义[D];苏州大学;2004年
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