收藏本站
《南京理工大学》 2017年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

基于序列的RNA甲基化修饰位点预测研究

李广庆  
【摘要】:RNA的转录后修饰在生命体中普遍存在,并且在许多生物过程中扮演了重要的角色,而RNA的甲基化修饰则是RNA转录后修饰中一个重要的分支。RNA甲基化是指在RNA的某些核苷酸分子上发生甲基化修饰的现象,常见的包括N6-甲基腺苷、N1-甲基腺苷等。近年来的研究表明,RNA甲基化修饰可以影响RNA的转录、代谢、剪接和稳定性;能与相关的蛋白质结合,从而调控基因的表达。并且,RNA甲基化修饰与肿瘤、肥胖症等疾病也有所关联。因此,从RNA序列中精确地识别出RNA甲基化修饰位点是一项重要的任务。传统的基于物理化学实验来识别RNA甲基化位点的方法成本高、耗时长且规模较小。近年来出现的高通量测序方法能进行高效的、大规模的RNA甲基化位点识别,但其本质仍然是基于生物化学实验的方法。因此,设计一种基于机器学习理论的RNA甲基化修饰位点预测方法,是十分必要的。本文对基于序列的RNA甲基化修饰位点预测问题进行了深入研究,主要工作如下:(1)研究了 RNA的基本性质,并提出了一种新的RNA序列的特征提取方法。位置特异性偏好思想在蛋白质修饰位点预测问题中得到了成功的应用。受此启发,本文将位置特异性偏好思想应用于RNA序列,提出了位置特异性核苷酸/二核苷酸偏好特征,用于RNA序列的特征提取。该思想利用统计方法,分别计算每种核苷酸在正负样本集合的序列中每个位置的出现频率,并且利用正负样本集合之间的差异进行特征编码。实验结果表明,该特征提取方法能进一步地提升N6-甲基腺苷位点预测的精度。(2)对基于序列的N6-甲基腺苷位点预测问题进行了研究,并提出了名为TargetM6A的预测方法。TargetM6A方法利用所提出的位置特异性核苷酸/二核苷酸偏好特征,并结合传统的核苷酸组成成分特征,来对RNA序列进行特征提取;对提取出的特征使用增量特征选择方法进行特征筛选,选出更有判别力的特征成分子集;最终使用支持向量机算法训练预测模型。实验结果表明,相对于现有的基于序列的N6-甲基腺苷位点预测方法,本文提出的TargetM6A方法在基准数据集上取得了更好的预测结果。(3)对基于序列的N1-甲基腺苷位点预测问题进行了研究,并提出了名为TargetM1A的预测方法。针对最近新发布的N1-甲基腺苷实验数据,进行了数据的处理和采样,构建了 3个基于物种和6个基于组织细胞的N1-甲基腺苷位点的数据集。TargetM1A方法提取了数种基于RNA序列的特征,并使用极限随机树算法作为分类器。TargetM1A方法在基于物种和基于组织细胞的预测模型的交叉验证实验中都取得了不错的性能;它对于现有的基于实验来研究N1-甲基腺苷位点的方法来说,是一个有益的补充工具。(4)对于所提出的TargetM6A和TargetM1A方法都提供了在线的预测服务,供其他研究人员免费地使用。
【学位授予单位】:南京理工大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2017
【分类号】:Q811.4

免费申请
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 刘静;A Novel Vector for Abundant Expression of Antisense RNA, Triplex forming RNA and Ribozyme in vivo[J];High Technology Letters;2000年04期
2 鲁慧英;Detection of hepatitis C virus RNA sequences in cholangiocarcinomas in Chinese and American patients[J];Chinese Medical Journal;2000年12期
3 梁小兵 ,万国江 ,黄荣贵;Distribution and Variation of Ribonucleic Acid (RNA) and Protein and Its Hydrolysis Products in Lake Sediments[J];Chinese Journal of Geochemistry;2002年02期
4 Verheyden B ,徐其武;口服脊髓灰质炎疫苗核壳和RNA的稳定性[J];国外医学.预防.诊断.治疗用生物制品分册;2002年01期
5 CMBE译文组;探索小RNA的功能[J];现代临床医学生物工程学杂志;2004年03期
6 沈维干;RNA interference and its current application in mammals[J];Chinese Medical Journal;2004年07期
7 孙娣;汪洋;张丽娟;闫玉清;;一种简捷提取植物总RNA的方法[J];黑龙江医药;2005年06期
8 南海波;;小麦总RNA的提取[J];渤海大学学报(自然科学版);2006年01期
9 王冬来;;RNA干扰的成功与困惑[J];中国生物化学与分子生物学报;2008年06期
10 杨静;;试验性的小RNA药物可能引发失明[J];中国生物化学与分子生物学报;2009年05期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 金由辛;;面向21世纪的RNA研究[A];面向21世纪的科技进步与社会经济发展(下册)[C];1999年
2 ;第四届RNA全国研讨会大会报告日程安排[A];第四届全国RNA进展研讨会论文集[C];2005年
3 ;Function of Transfer RNA Modifications in Plant Development[A];植物分子生物学与现代农业——全国植物生物学研讨会论文摘要集[C];2010年
4 王峰;张秋平;陈金湘;;棉花总RNA的快速提取方法[A];中国棉花学会2011年年会论文汇编[C];2011年
5 关力;陈本楙;楊云虹;郭培芝;魏重琴;邱苏吾;苗健;;关于动物組織中RNA測定方法的研究[A];中国生理科学会学术会议论文摘要汇编(生物化学)[C];1964年
6 夏海滨;;小RNA在免疫学领域中的应用研究进展[A];中国免疫学会第五届全国代表大会暨学术会议论文摘要[C];2006年
7 ;The stability of hepatitis C virus RNA in various handling and storage conditions[A];中国输血协会第四届输血大会论文集[C];2006年
8 郭德银;;RNA干扰在病毒研究和控制中的应用[A];2006中国微生物学会第九次全国会员代表大会暨学术年会论文摘要集[C];2006年
9 甘仪梅;杨业华;王学奎;曹燕;杨特武;;棉花总RNA快速提取[A];中国棉花学会2007年年会论文汇编[C];2007年
10 ;Identification and characterization of novel interactive partner proteins for PCBP1 that is a RNA-binding protein[A];中国优生优育协会第四届全国学术论文报告会暨基因科学高峰论坛论文专辑[C];2008年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 记者 冯卫东;研究人员发现可破坏肿瘤抑制基因的小RNA[N];科技日报;2009年
2 记者 储笑抒 通讯员 盛伟;人体微小RNA有望提前发出癌症预警[N];南京日报;2011年
3 泸州医学院副教授、科普作家 周志远;“大头儿子”与环状RNA[N];第一财经日报;2014年
4 麦迪信;小分子RNA可能有大作用[N];医药经济报;2003年
5 董映璧;美发现基因调控可回应“RNA世界”[N];科技日报;2006年
6 张忠霞;特制RNA轻推一下,就能“唤醒”基因[N];新华每日电讯;2007年
7 聂翠蓉;RNA:纵是配角也精彩[N];科技日报;2009年
8 冯卫东;RNA干扰机制首次在人体中获得证实[N];科技日报;2010年
9 冯卫东 王小龙;英在地球早期环境模拟条件下合成类RNA[N];科技日报;2009年
10 记者 常丽君;新技术让研究进入单细胞内RNA的世界[N];科技日报;2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王赵玮;昆虫RNA病毒复制及昆虫抗病毒天然免疫机制研究[D];武汉大学;2014年
2 包纯;一类新非编码RNA的发现以及产生和功能的初探[D];华中师范大学;2015年
3 李语丽;基于MeRIP-seq的水稻RNA m6A甲基化修饰的研究[D];中国科学院北京基因组研究所;2015年
4 熊瑜琳;miR-122靶位基因STAT3调控长链非编码 RNA Lethe促进HCV复制的机制研究[D];第三军医大学;2015年
5 范春节;高通量测序鉴定毛竹小RNA及其功能分析[D];中国林业科学研究院;2012年
6 王加强;小鼠着床前胚胎特异ERV相关长非编码RNA的定向筛选及功能研究[D];东北农业大学;2015年
7 王业伟;非编码RNA SPIU的结构和功能研究和p19INK4D在APL发病中的作用[D];上海交通大学;2013年
8 邹艳芬;子痫前期中非编码RNA对滋养细胞功能的调控及机制探索[D];南京医科大学;2015年
9 朱乔;miR-10b在人肝细胞肝癌发生中的作用及其机制的初步探索[D];第四军医大学;2015年
10 蒋俊锋;长链非编码RNA BACE1-AS促进Aβ聚集及其调节BACE1和SERF1a的ceRNA机制研究[D];第二军医大学;2015年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陆聪儿;条纹斑竹鲨再生肝脏中差异RNA的研究[D];浙江理工大学;2015年
2 张晓辉;小鼠几种长链非编码RNA基因功能的初步研究[D];昆明理工大学;2015年
3 全弘扬;长链非编码RNA在细胞内质网应激反应中的相关作用及机制研究[D];北京协和医学院;2015年
4 胡亮;DDX19A识别PRRSV基因组RNA并激活NLRP3炎症小体[D];中国农业科学院;2015年
5 张帅兵;应用RNA干扰技术对旋毛虫Nudix水解酶基因功能的研究[D];郑州大学;2015年
6 郑芳芳;肺癌RNA-Seq数据中RNA编辑事件的识别算法和系统分析[D];苏州大学;2015年
7 陈瑞东;长链非编码RNA MEG3在胰腺癌发生发展中作用的实验研究[D];苏州大学;2015年
8 刘骏武;线虫和水稻中环状RNA的预测及分析[D];华中农业大学;2015年
9 李猷;利用RNA干扰技术提高番茄抗TMV侵染能力的研究[D];牡丹江师范学院;2015年
10 吴术盛;SVCV感染EPC细胞microRNA表达谱的初步研究[D];华中农业大学;2015年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026