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《南京林业大学》 2005年
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杨树抗黑斑病相关基因表达谱分析

张新叶  
【摘要】:表达序列标签(EST)和基因芯片(gene chip)技术是功能基因组学中常用的高通量研究方法。本研究同时运用这两种高通量技术,从基因表达整体水平研究杨树在黑斑病菌致病过程中的抗病机制,可为杨树抗黑斑病育种提供理论依据。  本研究对2 个杨树叶片cDNA 文库随机挑取克隆进行5’端测序,共获得有效EST 序列20023 条,并递交至GenBank 数据库,登录号从CX167465 到CX187487。序列经拼接后,获得10816 个UniGene,其中3734 个Contig,7082 个Singletons。8853 个具有同源性匹配序列的基因中,按照GO 的分子功能、生物过程和细胞组分三个不同分类角度分类,被赋予功能的基因数累计达21100 个。经对所有具有功能的基因研究发现,有两类基因的含量较高,一类是杨树叶片组织特异性相关的基因,另一类是杨树叶片受外界胁迫表达的抗逆相关基因。  在本实验从3734 个Contigs 中得到94 个碱基替代型侯选SNP,39 个插入缺失型侯选SNP。利用SSR Finder 软件,从10816 条一致性序列中发现713 个候选SSR 标记,类型达191 种。  EST 序列是制备cDNA 芯片的良好基因资源,本实验根据EST 序列的注释结果,挑取3000 个克隆进行了cDNA 芯片制备,并利用此cDNA 芯片,对黑斑病菌诱导不同时间的杨树叶片进行了基因表达谱分析。结果表明差异表达的基因主要为参与蛋白合成、细胞防卫反应及信号传导等基因。 
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