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《南京林业大学》 2009年
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桉树EST-SSR标记开发及其遗传图谱构建

王宇  
【摘要】: 从基因库中下载桉属EST序列15606条,经序列拼接,发现重叠群和单一EST序列共1568个含有简单重复序列(SSR),平均每2.9kb含有一个SSR,以二核苷酸重复分布最为广泛。共设计了eSSR引物891对,利用尾叶桉×细叶桉作图群体的P1尾叶桉进行PCR条件优化,其中683对引物PCR特异性较好。 对扩增产物小于500bp的引物,用P1和/或父本P2细叶桉测序,获得含SSR的标记共185个,其中AG/CT重复约占43.01%,CCG/CGG约占12.37%,基本与SSR在桉属EST中的分布一致。有13条测序成功但无SSR。测序结果中发现存在SSR重复单元和次数的变异。 将源EST与测序结果比对,33条测序序列中有内含子。比对结果中,同源性80%以上的有127条,60%以下的仅12条。同源性较高,因此开发的标记可信度较高,可进一步利用。 185个引物中,有53个在作图群体的132个子代中有分离,结合前期作图的EST-CAPS标记(Cleaved amplified polymorphic sequence,切割扩增多态性序列),构建了桉树EST标记遗传图谱。尾叶桉图谱含eSSR标记18个,图距总长636cM;细叶桉图谱含eSSR标记27个,总长1231.6cM;整合图谱含eSSR标记33个,总长1560.2cM。 经比较,eSSR标记最终在尾叶桉和细叶桉的同源连锁群中有9个同源标记,存在共线性的仅有4个。eSSR标记在两个树种图谱上的排序与整合图谱基本一致,未发生重排,同源标记的功能有待于进一步研究确定。
【学位授予单位】:南京林业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2009
【分类号】:S792.39

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【引证文献】
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2 张福敏;响叶杨×银白杨遗传图谱加密与相关QTL定位[D];南京林业大学;2011年
3 陈文霞;马尾松遗传连锁图谱构建[D];南京林业大学;2010年
【参考文献】
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1 张博;杨树比较作图及重要性状QTLs定位[D];南京林业大学;2005年
【共引文献】
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7 刘文;陈学森;梁青;吴燕;;桃远缘杂种的获得及杂种胚抢救技术体系的建立[A];中国园艺学会第十届会员代表大会暨学术讨论会论文集[C];2005年
8 马瑞娟;俞明亮;沈志军;;桃微卫星标记研究进展[A];中国园艺学会第七届青年学术讨论会论文集[C];2006年
9 黄武刚;程丽莉;王艳梅;;欧榛微卫星用于中国榛属植物遗传研究的初步评价[A];第五届全国干果生产、科研进展学术研讨会论文集[C];2007年
10 姚利华;蔡丹英;郑小艳;滕元文;;从苹果属EST数据库中开发EST-SSR标记[A];2008园艺学进展(第八辑)——中国园艺学会第八届青年学术讨论会暨现代园艺论坛论文集[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 贺骥;淡色库蚊核糖体蛋白L22基因(RPL22)克隆及其与溴氰菊酯抗性关系的研究[D];南京医科大学;2009年
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中国硕士学位论文全文数据库 前10条
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3 朱明涛;分子标记辅助番茄自交系改良及其配合力的测定[D];华中农业大学;2010年
4 杨珍珍;桉树在合肥地区的引种栽培与抗寒性研究[D];安徽农业大学;2010年
5 李萌;玉米耐低磷产量因子的QTL分析[D];山东农业大学;2010年
6 王庆专;小麦骨干亲本碧蚂4号及其姊妹系遗传差异分析[D];山东农业大学;2010年
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9 王新新;~(60)Coγ射线辐照毛竹种子的生物学诱变效应[D];安徽农业大学;2010年
10 王亚男;与棕色棉纤维颜色性状紧密连锁的分子标记研究[D];安徽农业大学;2010年
【同被引文献】
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2 张德强,张志毅,宋婉,杨凯;毛白杨遗传作图最适分离群体的选择[J];北京林业大学学报;2003年04期
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4 陈罡;邢兆凯;潘文利;关明东;魏忠平;叶景丰;马冬菁;高军;;辽宁地区主栽杨树品种的SRAP标记遗传多样性分析[J];东北林业大学学报;2010年10期
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
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3 张博;杨树比较作图及重要性状QTLs定位[D];南京林业大学;2005年
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7 王源秀;响叶杨×银白杨遗传图谱构建及杨属图谱比较研究[D];南京林业大学;2008年
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10 何旭东;桉树杂种优势及其分子标记辅助选择研究[D];南京林业大学;2010年
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【二级引证文献】
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【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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7 秦鸿德;郭旺珍;张天真;;陆地棉栽培品种间分子标记遗传图谱的构建及重要农艺性状QTL的定位[A];江苏省遗传学会植物分子育种学术研讨会论文摘要汇编[C];2007年
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2 记者 李天舒;人类外显子区域精细遗传图谱绘出[N];健康报;2010年
3 本报记者 刘肖勇 钮海东 通讯员 李洁尉;“合法破坏”行为亟需制止[N];广东科技报;2010年
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7 记者 陈张;速生丰产林:临桂农民致富的“绿色银行”[N];桂林日报;2006年
8 记者 万竹子通讯员 张浩;柳南区换个思维添绿色[N];柳州日报;2008年
9 魏盼生赵令蔚;为绿色家园挥锄添绿[N];汕头日报;2008年
10 记者 魏盼生;筑起400公里“绿墙”[N];汕头日报;2010年
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8 何旭东;桉树杂种优势及其分子标记辅助选择研究[D];南京林业大学;2010年
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10 宛煜嵩;大豆遗传图谱的构建及若干农艺性状的QTL定位分析[D];中国农业科学院;2002年
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7 张照远;桉树EST-CAPS标记的开发及其用于遗传图谱构建的研究[D];福建农林大学;2006年
8 李博;甜菜分子标记遗传图谱的初步构建[D];黑龙江大学;2012年
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