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《南京农业大学》 2004年
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基于棉花微卫星序列的SNP变异和系统进化

任启军  
【摘要】:棉花是世界上重要的纤维和油料作物。棉花的分子生物学研究和系统演化历史历来受人们重视。微卫星属于第二代分子标记,具有基于PCR、共显性、多态性高、信息量大和分布广等特点。目前,微卫星已经用于棉花的分子遗传图谱构建,重要农艺性状QTL的筛选以及品种多样性分析和纯度鉴定等研究。但是至今仍没有对棉花微卫星变异的特点及进化作系统的研究,本研究利用二倍体野生种、陆地棉品种和品系以及四倍体野生种系为材料,对棉花微卫星变异特点及其进化进行了系统研究,并对黄河流域和长江流域的陆地棉推广品种及优质棉品系进行了SNP分析。主要研究结果如下: 1、基因组SSR位点多态性频率是EST-SSR位点的2.24倍,但两者在供试材料中扩增产物电泳带型类型基本相同。EST-SSR位点具有丰富的重复基元类型,扩增产物以三元重复为主,84%的扩增产物含有完整的重复基元;基因组SSR位点重复基元类型较少,扩增产物以二元重复最多,40.4%的扩增产物含有完整的重复基元。基因组微卫星往往比EST微卫星具有更多的重复次数,EST-SSR位点微卫星发生变异的扩增产物有6个,而基因组却有55个,是EST-SSR位点的9倍。不论微卫星重复次数还是重复基元的变异,基因组SSR位点都比EST-SSR位点具有较高的变异倾向。优质棉品系海7124,不论在EST还是在基因组SSR住点,扩增产物的重复序列都比其它品系倾向于缩短。与其它8个品种相比,在基因组SSR位点,中棉所12扩增产物重复序列倾向于缩短。在4个野生种系和野生种中,达尔文氏棉扩增产物的重复序列倾向于缩短。EST-SSR位点比基因组SSR位点更容易发生同源异型,原因是EST微卫星侧翼序列具有较高的碱基替换频率。EST-SSR位点聚类的系统树分布与基因组SSR位点的结果基本相同。EST和基因组SSR位点的单扩增产物位点侧翼序列分子聚类,不能确定扩增产物的可能二倍体来源,而双扩增产物位点都可以确定扩增产物可能二倍体来源,结果证明了双扩增产物位点根据电泳带型确定四倍体棉种扩增产物的可能二倍体来源是可行的。在EST-SSR位点,四倍体棉种的D亚组分化较大,而在基因组SSR位点,四倍体棉种的A亚组分化较大。 2、以TM-1序列为对照,5个长江流域推广品种中,泗棉3号和苏棉12SNP频率为0.0027,渝棉1号和泗棉2号SNP频率为0.0029,岱字棉15的SNP频率为0.0037;4个黄河流域推广品种中,徐州142SNP频率为0.0035,中棉所12SNP 中文摘要 频率为0.0048,鲁棉1号和中棉所19 SNP频率为0.0037;4个优质棉品系中, Maxxa的SNP频率0,0053,海7124和7235的SNP频率分别为0.0042和0,004。 不论长江流域和还是黄河流域推广品种的EST-SSR侧翼序列与基因组SSR侧冀 序列SNP比较结果都表明,EST-SSR侧翼序列SNP频率比基因组SSR侧翼序列 的SNP频率高。 3、26个二倍体棉种在4个EST一SsR位点的多态性频率为48%,单个位点检测到 的分子量种类数最多的为15,最少的为8 .39%的扩增产物含有完整的重复基元, 59%的扩增产物微卫星区发生了插入缺失和替换.和四倍体棉种相比,二倍体棉 种微卫星区具有更大的变异幅度.由于同源异型产生的单一序列数为41个,占 序列种类数的460)。4个位点不同染色体组的分子聚类结果与Fryxell的分类结果 基本结果吻合,D组内以拟似棉与其它棉种亲缘关系最远,C组内奈尔逊氏棉、 和澳洲棉亲缘关系很近.A组的材料在4个位点不能完全聚类。 关键词:微卫星;单核普酸多态性;进化
【学位授予单位】:南京农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2004
【分类号】:S562

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【引证文献】
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 朱华玉;利用棉纤维发育相关基因研究不同棉种的起源与进化[D];南京农业大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 房嫌嫌;陆地棉半野生种系与栽培陆地棉遗传多样性及亲缘关系研究[D];浙江大学;2011年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 任立华;陆地棉7个置换系的遗传评价及第16染色体上重要农艺性状的QTL鉴定[D];南京农业大学;2001年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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9 鞠玉栋,李金泉;水稻微卫星标记的发展与应用[J];安徽农业科学;2005年10期
10 曹明龙;张青;刘传光;;水稻微卫星标记及其在遗传育种中的应用[J];安徽农业科学;2006年20期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 曾瑞珍;张泽民;张桂权;;利用微卫星标记鉴定水稻Wx座位上的复等位基因[A];作物科学研究理论与实践——'2000作物科学学术研讨会文集[C];2001年
2 彭海;汪旭东;吴先军;周开达;张静;;杂交早代稳定的材料与普通水稻杂交的早代稳定性分析[A];农业科技创新与生产现代化学术研讨会论文集[C];2001年
3 戚华雄;李进波;张建华;夏明元;万丙良;;水稻直链淀粉含量分子标记辅助育种[A];2003年全国作物遗传育种学术研讨会论文集[C];2003年
4 魏昕;潘光堂;;墨白964群体5轮混合选择遗传变异的分子生物学研究[A];2004全国玉米种质扩增、改良、创新与分子育种学术会议论文集[C];2004年
5 张仁和;薛吉全;毛建昌;马国胜;杨引福;;DNA分子标记与玉米种质研究[A];2004全国玉米种质扩增、改良、创新与分子育种学术会议论文集[C];2004年
6 赵久然;王凤格;郭景伦;;中国玉米品种标准DNA指纹库构建研究进展[A];2004’中国作物学会学术年会文集[C];2004年
7 齐永文;张洪亮;张冬玲;王美兴;孙俊立;魏兴华;裘宗恩;汤圣祥;曹永生;王象坤;李自超;;中国水稻选育品种微卫星和形态遗传多样性分析[A];中国作物学会2005年学术年会论文集[C];2005年
8 刘永建;黄玉碧;潘光堂;荣廷昭;;CIMMYT玉米“Pob.43-C11”改良群体的遗传多样性(英文)[A];2005年全国作物遗传育种学术研讨会暨中国作物学会分子育种分会成立大会论文集(一)[C];2005年
9 刘传光;江奕君;毛兴学;高云;刘军;林青山;李晓芳;;水稻与玉米远缘杂交改良籼稻温敏两用核不育系的SSR分析[A];2005年全国作物遗传育种学术研讨会暨中国作物学会分子育种分会成立大会论文集(一)[C];2005年
10 张启军;叶少平;虞德容;李平;吕川根;邹江石;;六张水稻遗传连锁图谱的比较分析[A];2005年全国作物遗传育种学术研讨会暨中国作物学会分子育种分会成立大会论文集(二)[C];2005年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 刘永刚;基于微卫星DNA标记的马铃薯桃蚜不同种群遗传分化研究[D];甘肃农业大学;2010年
2 于海洋;牙鲆微卫星标记的筛选和美洲牡蛎抗病相关基因SNP的初步分析[D];中国海洋大学;2010年
3 林荔辉;应用分子和常规技术通过籼粳交选育亲籼型水稻雄性不育系[D];福建农林大学;2010年
4 童旭宏;抗草甘膦棉花突变体R1098的选育及其抗性机理研究[D];浙江大学;2011年
5 文亚峰;人心果品种资源亲缘关系及其授粉亲和性的研究[D];中南林业科技大学;2006年
6 闫小玲;基于cpDNA单倍型和SSR分析的银杏群体遗传结构和谱系地理学研究[D];浙江大学;2010年
7 叶华;大黄鱼SSR遗传连锁图谱的构建及生长相关性状的QTL定位[D];湖南农业大学;2010年
8 李慧娥;中国野生华东葡萄抗白粉病株系白河-35-1转录因子基因(WRKY)表达与功能研究[D];西北农林科技大学;2010年
9 谢松林;百合(Lilium)远缘杂交与抗立枯病育种技术研究[D];西北农林科技大学;2010年
10 黄婧;黑麦草45S rDNA脆性位点的发现及其机制的初步探讨[D];武汉大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 杨丹;湖北省油菜菌核病病菌多样性研究[D];华中农业大学;2010年
2 李良;湖北省油茶优良单株遗传多样性及品质初步分析[D];华中农业大学;2010年
3 彭英;水稻脯氨酸累积相关基因多样性及与苗期耐盐性关系[D];华中农业大学;2010年
4 董巍;分子标记辅助选择改良光温敏核不育系的稻瘟病抗性和稻瘟病抗性基因的初步定位[D];华中农业大学;2010年
5 晁园;利用重组自交系群体定位水稻品质相关性状QTL[D];华中农业大学;2010年
6 闫恒超;棉花纤维发育伸长期和次生壁加厚期数字表达谱分析[D];华中农业大学;2010年
7 杨晓芳;海岛棉染色体组特异重复序列的筛选及亚克隆分析[D];华中农业大学;2010年
8 高伟;四倍体棉种的遗传多样性分析[D];华中农业大学;2010年
9 韩芳;甘蓝型油菜A3染色体遗传连锁图谱的构建[D];华中农业大学;2010年
10 黄文辉;猪7号染色体q1.1-1.4区域脂肪性状QTL的遗传分析[D];华中农业大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 刘勤红,王芙蓉,张军,杨静,李汝忠,王宗文;利用SSR标记鉴定鲁棉研15号杂交种纯度的研究[J];山东农业科学;2003年02期
2 朱美霞,刘海清,张月永;应用RAPD-PCR分析棉花A基因组的起源与进化[J];安徽农业科学;2004年06期
3 朱美霞;李英芝;王建书;侯英梅;孟艳玲;;利用SSR方法鉴定棉花品种纯度[J];安徽农业科学;2005年11期
4 张小明;刘丽君;唐晓飞;杨喆;高明杰;张雷;蒲国峰;范海金;;中俄大豆种质遗传多样性分析[J];大豆科学;2008年01期
5 赖童飞;杜雄明;;棉纤维分化起始的分子生物学研究进展[J];西北植物学报;2008年02期
6 路娟;吴俊;张绍铃;吴华清;张妤艳;;基于苹果EST-SSR的梨种质资源遗传多样性分析[J];西北植物学报;2010年04期
7 汪成成;崔文山;董健;王骞春;姜韬;冯健;张璐;;新型分子标记SRAP及其在植物中的应用[J];防护林科技;2010年04期
8 段云裳;成浩;房婉萍;;ISSR分子标记技术的原理及其在茶树上的应用[J];福建茶叶;2008年02期
9 柳李旺,朱协飞,郭旺珍,张天真;分子标记辅助选择聚合棉花Rf_1育性恢复基因和抗虫Bt基因[J];分子植物育种;2003年01期
10 别墅,王坤波,孔繁玲,周有耀,邹美娟,王春英;棉花基因组重复序列研究进展[J];分子植物育种;2003年03期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 袁有禄;棉花优质纤维特性的遗传及分子标记研究[D];南京农业大学;2000年
2 韩志国;棉纤维发育相关EST-SSR的特征、功能及其定位[D];南京农业大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 楚鹰;纤维发育相关基因的SNP研究与棉花蔗糖合酶基因片段的克隆及表达分析[D];南京农业大学;2004年
2 琚铭;棉纤维相关基因时空表达与纤维品质关联分析及β-1,4-葡糖苷酶基因的转基因功能验证[D];南京农业大学;2008年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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4 许琪,吴冠芸;毛细管电泳与核酸分析[J];国外医学(分子生物学分册);2000年02期
5 杨昭庆,洪坤学;单核苷酸多态性的研究进展[J];国外医学.遗传学分册;2000年01期
6 左开井,孙济中,张献龙,聂以春,刘金兰,冯纯大;利用RFLP、SSR和RAPD标记构建陆地棉分子标记连锁图(英文)[J];华中农业大学学报;2000年03期
7 周宝良,陈松,沈新莲,黄骏麟;棉属(Gossypiumspp.)种子SOD酶的凝胶电泳图谱与种间关系[J];江苏农业学报;1995年01期
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10 龚继明,何平,钱前,沈利爽,朱立煌,陈受宜;水稻耐盐性QTL的定位[J];科学通报;1998年17期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 郝君;孙效文;孟雪松;;红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析[J];上海水产大学学报;2006年01期
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4 吴黎明,彭文君;微卫星多态性与蜜蜂遗传育种[J];蜜蜂杂志;2005年01期
5 鲁双庆,刘少军,刘红玉,刘臻,刘筠;黄鳝微卫星引物筛选及其在保护遗传学上的应用[J];水产学报;2005年05期
6 赵美琼;宋燕;范静华;纪韵祚;罗琼;朱有勇;李成云;;玉米EST序列中微卫星的频率和分布[J];云南农业大学学报;2008年05期
7 胡建斌;刘颖;王兰菊;李建吾;;甜瓜EST序列中微卫星的分布特征[J];植物生理学通讯;2009年03期
8 夏军红,郑劲松,王丁;鲸类微卫星引物对长江江豚的适用性研究[J];水生生物学报;2004年06期
9 徐黎;杨前勇;;应用微卫星DNA技术对罗威纳犬种群资源的分析[J];中国工作犬业;2006年10期
10 张君毅;陈瑞凤;;蝴蝶兰EST-SSRs分析[J];植物生理学通讯;2010年06期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
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3 苏玉虹;李尘远;朱宝芹;熊远著;;用微卫星标记分析猪的遗传多态性[A];中国实验动物学会第六届学术年会论文集[C];2004年
4 丁少雄;郭丰;王军;王德祥;;我国东南沿海斜带石斑鱼种群遗传结构的微卫星标记[A];中国海洋湖沼学会鱼类学分会、中国动物学会鱼类学分会2004年学术研讨会摘要汇编[C];2004年
5 谢潮添;陈昌生;纪德华;徐燕;;坛紫菜EST-SSR分子标记的开发及应用[A];2008年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2008年
6 满玉萍;张蕾;王彦昌;李作洲;姜正旺;孙晓荣;刘长江;;软枣猕猴桃EST-SSR的开发与初步应用研究[A];中国园艺学会猕猴桃分会第四届研讨会论文摘要集[C];2010年
7 苏玉虹;熊远著;张勤;夏宣炎;蒋思文;邓昌彦;郑嵘;雷明刚;杨泽明;;猪1、3号染色体微卫星位点多态性及遗传连锁图谱的构建[A];中国畜牧兽医学会2003年学术年会论文集[C];2003年
8 李瑞生;李晓娟;鲍龙涛;;常用实验动物微卫星DNA标记遗传监测分析[A];第九届中国实验动物科学年会(2010新疆)论文集[C];2010年
9 李琪;;皱纹盘鲍微卫星研究进展[A];贝类学会第七次会员代表大会暨第十一次学术讨论会摘要[C];2003年
10 柳明;喻达辉;黄桂菊;;大珠母贝微卫星DNA标记的筛选分离与分析[A];中国动物学会、中国海洋湖沼学会贝类学会分会第十四次学会研讨会论文摘要汇编[C];2009年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 工文;美国宇航局 从微卫星上释放纳卫星验证载荷能力[N];中国航天报;2010年
2 高军光;核苷酸国产化取得重要进展[N];中国化工报;2007年
3 黎墨;高纯度单核苷酸新工艺通过鉴定[N];医药经济报;2007年
4 ;基因组学为您“量身订药”[N];健康报;2005年
5 记者 姜岩 谢培 林小春;生命科学的又一次进军[N];新华每日电讯;2001年
6 记者 张建松;中华民族基因组 SNP 系统目录即将构建[N];新华每日电讯;2000年
7 记者 毛磊;目标:快速识别致病基因[N];新华每日电讯;2002年
8 林中文 陈安生 雪飞 映红 陈文家 李为;为生命而呼唤[N];福建科技报;2000年
9 孙东民;人类基因组单体型图计划进展顺利[N];人民日报;2004年
10 ;血管内皮型一氧化氮合酶基因Glu298Asp多态性与老年心肌梗死的关系[N];中国医药报;2003年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 左波;猪3、4和7号染色体QTL定位及六个候选基因的分离、鉴定[D];华中农业大学;2004年
2 黄华;6p21.3区域鼻咽癌相关基因及其单核苷酸多态性[D];第一军医大学;2002年
3 张维莉;应用微卫星DNA和单核苷酸多态性对常染色体显性多囊肾病进行遗传异质性研究及基因诊断[D];第二军医大学;2004年
4 何英;7个鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性的筛查及其与鼻咽癌易感性的关联分析[D];中国人民解放军第一军医大学;2003年
5 孔秋生;基于公共序列数据库的Cucumis属EST-SSR标记的鉴定、开发和利用[D];华中农业大学;2006年
6 曲鲁江;中国地方鸡种分子遗传多样性研究[D];中国农业大学;2004年
7 邹方东;林麝(Moschus berezovskii)细胞遗传学及分子标记微卫星的研究[D];四川大学;2005年
8 商海涛;实验用小型猪细胞色素P450家族新基因克隆及其CYP3A29基因多态研究[D];第三军医大学;2007年
9 郭英君;人类染色体6q23-26精神分裂症相关基因的定位研究[D];吉林大学;2004年
10 郭文久;微卫星在基因组上的分布与功能及其计算方法初步研究[D];四川农业大学;2004年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 任启军;基于棉花微卫星序列的SNP变异和系统进化[D];南京农业大学;2004年
2 李建国;四个驴品种微卫星位点的遗传分析[D];山西农业大学;2004年
3 赵琳;核因子kappa B基因多态性与中国人2型糖尿病的相关研究[D];第二军医大学;2005年
4 万红玲;肉羊品种血液蛋白(酶)及微卫星DNA遗传多态性的研究[D];甘肃农业大学;2003年
5 闫志峰;Beagle 犬微卫星DNA多态性研究[D];扬州大学;2004年
6 胡景慧;新品系绒山羊血液蛋白多态性与微卫星DNA标记辅助选择的研究[D];辽宁师范大学;2005年
7 唐远菊;SSR标记和SCAR标记对片形吸虫的分类鉴别研究[D];西南大学;2008年
8 陈红菊;利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性[D];山东农业大学;2002年
9 李平川;水稻微卫星标记的开发及分析[D];四川农业大学;2003年
10 贾超;苏太猪肉质性状与15号染色体微卫星标记相关性研究[D];南京农业大学;2004年
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