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《南京农业大学》 2005年
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应用分子生物学技术解析不同处理状况下土壤微生物群落结构的变化

赵勇  
【摘要】:土壤是微生物的大本营,蕴藏着丰富的微生物资源。土壤微生物在生物地球化学循环(biogeochemical cycles,BGC)过程中扮演着非常重要的角色,对地表生态系统乃至全球都存在重要的影响。土壤微生物除了自身存在着演替与变化之外,人类的活动,如土壤改良,也直接或间接地影响着土壤微生物的多样性。但由于理论与方法的限制,土壤微生物一直被认为是研究中的黑匣子(black box)。如何打开这个黑匣子,充分开发利用这丰富的土壤微生物资源,为人类、为社会造福,是摆在广大微生物学家面前的一个重要课题。传统的,针对土壤微生物的研究,大都是基于培养分离的方法。然而,近年来的许多研究表明,土壤中只有不到1%的微生物是可以在实验室条件下培养的,绝大部分的微生物在目前条件下还未能培养(uncultured)。突破传统的培养方法,发展不依赖于培养的微生物分子生态学方法,从根本上克服了传统培养方法的局限性,把人们的研究视野拓展到极其丰富的未培养微生物的世界。这一研究方法和理念在二十世纪八十年代中期被Pace及其同事提出来后,经过一段时期的发展,到二十世纪九十年代,即被广泛地应用到土壤微生物学的研究领域,为土壤微生物学这门古老而传统的学科注入了新的活力,并因此而逐渐形成了一个新的研究方向——土壤微生物分子生态,目前它的发展正方兴未艾。其基本理论基础就是,直接从土壤样品中提取微生物DNA,以基因(组)的多样性反映物种多样性,从而可以比较全面客观地展现土壤中微生物组成和多样性。 一、土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取 作为土壤微生物分子生态学方法的基础,最重要的一步就是从土壤样品中尽量毫无偏差地提取出高质量的、具有代表性的微生物总基因组DNA。本研究发展了一种土壤DNA提取方法,能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。根据DNA产量和纯度两个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Lab method),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-RFLP及PCR-TGGE技
【学位授予单位】:南京农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:S154.3

【引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 吴红萍;郑服丛;;不同环境中土壤微生物总DNA的提取与纯化[J];广西农业科学;2008年01期
中国博士学位论文全文数据库 前3条
1 肖升木;分子生态学技术在环境微生物群落与功能基因中的应用研究[D];东华大学;2010年
2 田亚玲;银杏和茶树复合经营系统生理生态效应研究[D];南京林业大学;2012年
3 于镇华;垦殖与自然恢复黑土微生物群落结构及生态功能的季节变化[D];中国科学院研究生院(东北地理与农业生态研究所);2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 王昊;南繁条件下转基因棉花对根际土壤微生物及棉田虫害影响的初步研究[D];海南大学;2011年
2 汤世博;不同保护性耕作措施对土壤真菌种群的影响[D];甘肃农业大学;2011年
3 曹建芳;硅酸盐矿物分解细菌的定向筛选及其活化土壤硅的研究[D];南京农业大学;2010年
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7 范运梁;盐生植物对黄河三角洲微生物多样性的影响[D];山东师范大学;2010年
8 张鑫;转Pi9基因水稻农艺性状分析及其对微生物群落的影响[D];湖南农业大学;2012年
9 朱敏;转crylAb/c基因抗虫水稻对土壤酶活性和根际土壤微生物的影响研究[D];华中农业大学;2012年
10 王伟娜;有机无机复混肥与化学缓释肥对氮素的缓释作用比较研究[D];南京农业大学;2012年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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10 潘迎捷,汪昭月,冯志勇,倪新江,李人圭;香菇杂种优势表达的生理途径[J];食用菌学报;1994年01期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 鲁红侠,耿明;低分子有机酸对土壤氟吸附的影响[J];安徽教育学院学报;2005年03期
2 吴利;余育和;冯伟松;;PCR-DGGE技术在环境微型生物群落研究中的应用[J];合肥师范学院学报;2010年06期
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6 孟庆华;李根英;王吉光;王刚;张延亮;;山东褐土高产农田的供磷特性[J];山东农业科学;2005年06期
7 陈建美;蔡葵;赵征宇;柳伟英;;地膜覆盖对青花菜吸肥特性的影响[J];山东农业科学;2005年06期
8 葛晓轩;孟庆华;李根英;;泰安、威海棕壤高产农田的供磷特性[J];山东农业科学;2006年05期
9 江丽华;刘兆辉;张文君;陈清;郑福丽;王梅;林海涛;;高产条件下大葱干物质积累和养分吸收规律的研究[J];山东农业科学;2007年01期
10 吴焕涛;魏珉;杨凤娟;王秀峰;;轮作和休茬对日光温室黄瓜连作土壤的改良效果[J];山东农业科学;2008年05期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 胡春艳;陶乐明;刘枫;赵俊兰;;安徽沿江地区水稻施钾效应研究[A];土肥水资源高效利用与农业面源污染防控技术研讨会论文集[C];2011年
2 马海燕;徐瑾;孙霞;朱翠英;郑成淑;;非洲菊连作对土壤理化性状与生物性状的影响[A];中国观赏园艺研究进展2011[C];2011年
3 高永超;迟建国;邱维忠;王加宁;张强;;分子生物学技术在污染土壤修复中的应用[A];2011中国环境科学学会学术年会论文集(第二卷)[C];2011年
4 吕成群;黄宝灵;张明慧;秦武明;李志先;韦立秀;;桉树×相思树混交与纯林土壤微生物区系比较[A];微生物实用技术生态环境应用学术研讨会论文集[C];2008年
5 马驿;陈杖榴;;恩诺沙星对土壤微生物群落代谢功能多样性的影响[A];微生物实用技术生态环境应用学术研讨会论文集[C];2008年
6 余建平;吕月萍;刘佳莉;刘建国;郭长虹;;GFP叶绿体转化烟草茎叶降解对土壤微生物及土壤酶活性的影响[A];2010植物免疫机制研究及其调控研讨会论文集[C];2010年
7 赵松义;高春阳;胡日生;朱列书;;烤烟农艺性状的杂种优势表现[A];中国作物学会2007年全国作物遗传育种学术研讨会论文集[C];2007年
8 吴谡琦;刘瑞玉;董金海;王可玲;;中国近海真鲷种群间的基因流及其分化[A];生命科学与生物技术:中国科协第三届青年学术年会论文集[C];1998年
9 淮宗安;李惠萍;张晓梅;;黄土高原生物措施治理水土流失效益分析[A];第十届中国科协年会论文集(二)[C];2008年
10 蔡利华;奉文贵;贡万辉;;农化分析中容量分析计算方法的剖析[A];第十届中国科协年会论文集(三)[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 苗增民;兔舍环境真菌气溶胶及其向环境的传播[D];山东农业大学;2010年
2 王春阳;秀丽隐杆线虫益生菌动物模型的建立及应用研究[D];山东农业大学;2009年
3 屈会娟;砂姜黑土区小麦玉米轮作秸秆全量还田对冬小麦的生理生态效应[D];安徽农业大学;2010年
4 沈学善;砂姜黑土区小麦玉米一年两熟秸秆全量还田对夏玉米生育及产量影响研究[D];安徽农业大学;2010年
5 李振东;东祁连山高寒草地优势植物内生细菌多样性研究[D];甘肃农业大学;2010年
6 张俊忠;东祁连山高寒草地土壤真菌多样性研究[D];甘肃农业大学;2010年
7 杨江山;保护性耕作对旱区小麦—菘蓝轮作土壤生态及作物生理特性的影响[D];甘肃农业大学;2010年
8 谢伟;深海热液口微生物群落环境适应性及其基因资源的研究[D];华中科技大学;2010年
9 陈祯;基于近红外光谱分析的土壤水分信息的提取与处理[D];华中科技大学;2010年
10 郑光辉;江苏部分地区土壤属性高光谱定量估算研究[D];南京大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 姚俊平;低剂量替米考星对离体恒化器模型中人肠道菌群的影响[D];华中农业大学;2010年
2 邓雅丽;土壤中铁铝氧化物对Bt毒素吸附的影响[D];华中农业大学;2010年
3 潘慧;杏鲍菇优良杂交子的初步选育[D];华中农业大学;2010年
4 李素霞;蔬菜—土壤系统镉与硝酸盐复合污染效应研究[D];华中农业大学;2010年
5 郭亮;干扰—沉积物再悬浮对浮游细菌群落结构和多样性的影响[D];华中农业大学;2010年
6 薛妍;肠道菌对苏云金芽胞杆菌棉铃虫杀虫活性的作用[D];华中农业大学;2010年
7 杨盖宇;近等基因系群体的Ghd7和Qph1上位性分析[D];华中农业大学;2010年
8 刘兰杰;一株热带假丝酵母利用木糖生长及其产酒精特性的研究[D];华中农业大学;2010年
9 信文娟;不同磷水平下菌根真菌与解磷菌、根瘤菌对紫云英生长影响及其相互作用[D];华中农业大学;2009年
10 江雪飞;除草剂阿特拉津和氯磺隆对土壤微生物多样性和活性的影响[D];华中农业大学;2009年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 董晓霞,郭洪海,孔令安;滨海盐渍地种植紫花苜蓿对土壤盐分特性和肥力的影响[J];山东农业科学;2001年01期
2 田福平;陈子萱;苗小林;常根柱;张礼军;白斌;;土壤和植物的硅素营养研究[J];山东农业科学;2007年01期
3 王延好,张肇鲲;保护性耕作在加拿大的研究及现状[J];安徽农学通报;2004年02期
4 李录久,杨哲峰,李文高,徐志斌,胡永年,苗春苗,肖凤体;秸秆直接还田对当季作物产量效应[J];安徽农业科学;2000年04期
5 王振忠,董百舒,吴敬民;太湖稻麦地区秸秆还田增产及培肥效果[J];安徽农业科学;2002年02期
6 王耀生;张玉龙;黄毅;王宇菲;刘洋;魏忠平;;渗灌对保护地土壤脲酶和过氧化氢酶活性的影响[J];安徽农业科学;2006年01期
7 郭锐;汪景宽;李双异;;长期地膜覆盖及不同施肥处理对棕壤水溶性有机碳的影响[J];安徽农业科学;2007年09期
8 刘均霞;陆引罡;远红伟;崔保伟;;小麦—绿肥间作对资源的高效利用[J];安徽农业科学;2007年10期
9 蔡湘文;张学洪;;施用不同肥料对蔬菜栽培经济效益的影响[J];安徽农业科学;2008年22期
10 刘圳;白昌军;虞道耿;;牧草间作对桉树人工林下土壤酶活性的影响[J];安徽农业科学;2009年12期
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 云雷;晋西黄土区果农间作系统种间关系研究[D];北京林业大学;2011年
2 高明;稻田长期垄作免耕下土壤肥力及环境效应的研究[D];西南农业大学;2001年
3 刘鸣达;水稻土供硅能力评价方法及水稻硅素肥料效应的研究[D];沈阳农业大学;2002年
4 柴强;化感作用对复合群体根区土壤微生物及酶的影响研究[D];甘肃农业大学;2003年
5 张于光;三江源国家自然保护区土壤微生物的分子多样性研究[D];湖南农业大学;2005年
6 雷娟利;蔬菜土壤生态系统微生物分子生态学研究[D];浙江大学;2006年
7 陈长青;红壤区农林复合系统分析与评价[D];南京农业大学;2005年
8 尹华群;在铜矿矿坑水微生物群落结构与功能研究中基因芯片技术的发展和应用[D];中南大学;2007年
9 徐华勤;稻草覆盖与三叶草间作茶园土壤微生物类群多样性及其活性研究[D];湖南农业大学;2007年
10 杨朝晖;基于分子生态学技术的环境微生物群落结构与功能的研究[D];湖南大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 井大炜;控释BB肥对西瓜生长发育及其对土壤环境影响的研究[D];山东农业大学;2009年
2 刘健;微生物肥料作用机理的初步研究[D];中国农业科学院;2000年
3 鲁萍;东北羊草草原主要植物群落土壤酶活性的研究[D];东北师范大学;2002年
4 强学彩;秸秆还田量的农田生态效应研究[D];中国农业大学;2003年
5 刘国伟;长期施用生物有机肥对土壤理化性质影响的研究[D];中国农业大学;2004年
6 樊奔;土壤宏基因组文库构建与土壤微生物群落结构指示方法的初步建立[D];南京农业大学;2003年
7 费颖新;间作树木对茶园生态环境及茶叶品质影响的研究[D];南京林业大学;2004年
8 杨丹;几种工矿废渣在水稻土中硅素肥料效应的研究[D];沈阳农业大学;2004年
9 焦晓丹;利用RAPD技术研究设施不同种植年限土壤微生物多样性[D];东北农业大学;2004年
10 刘恩科;长期定位不同施肥制度土壤功能衰退与修复研究[D];山东农业大学;2004年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 韦丽娇;李明;卢敬铭;张劲;宋德庆;王金丽;;蔗叶机械化粉碎还田负面效应分析与控制[J];安徽农业科学;2011年09期
2 韦超英;杨滨银;方新湘;娄恺;晁群芳;;适用变性梯度凝胶电泳分析的石油污染土壤微生物DNA模板制备的研究[J];安徽农业科学;2011年16期
3 王淑芳;马桂珍;钱媛媛;陈月;;采用实时荧光定量PCR技术比较提取土壤真菌DNA方法的差异[J];安徽农业科学;2011年33期
4 郝梁丞;赵嘉平;陶晡;冉隆贤;;土壤及潜伏期桉树组织内青枯菌的PCR检测[J];河北农业大学学报;2010年02期
5 袁秀洁;李会平;黄大庄;黄秋娴;苏筱雨;侯晓杰;;桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA的提取及PCR反应体系优化[J];蚕业科学;2009年02期
6 汪茜;胡春锦;柯仿钢;黄思良;黎起秦;;柑橘炭疽病生物防治研究进展[J];广西农业科学;2010年04期
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10 韦丽娇;李明;卢敬铭;张劲;宋德庆;王金丽;;蔗叶机械化粉碎还田负面效应试验分析与控制(英文)[J];Agricultural Science & Technology;2011年02期
中国重要会议论文全文数据库 前2条
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2 吴从稳;陈小兵;金海珠;孙运朋;颜坤;张立华;;秸秆还田在盐渍土改良中的研究进展与前景分析[A];农业环境与生态安全——第五届全国农业环境科学学术研讨会论文集[C];2013年
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 吴向华;苏北海滨盐土对3种耐盐植物种植的响应研究及其微生物资源化利用探索[D];南京大学;2012年
2 田亚玲;银杏和茶树复合经营系统生理生态效应研究[D];南京林业大学;2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 刘尧;玉米秸秆腐解复合菌系CSS-1的构建、菌群组成及腐解特性研究[D];山东农业大学;2010年
2 李新社;选育皮状丝孢酵母发酵玉米秸秆积累油脂的研究[D];湖南农业大学;2010年
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4 郝梁丞;桉树青枯病菌的检测[D];河北农业大学;2010年
5 吴杰;汉源干热河谷铅锌矿区土壤酶活性与铅锌污染程度关系的研究[D];四川农业大学;2010年
6 刘俊男;秸秆反应堆中淡紫拟青霉与根结线虫、尖孢镰刀菌互作的研究[D];东北农业大学;2012年
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8 李汉文;海南黄帝椒的微生物分析及生物加工技术研究[D];江南大学;2012年
9 纪婧琦;种植不同能源植物对盐碱地微生物的影响[D];山东师范大学;2013年
10 徐鹏;转基因棉花对棉田土壤微生物群落结构影响的研究[D];南京农业大学;2012年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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7 边四辈,卢旺,王加启,李德义;提高秸秆营养价值的研究进展[J];国外畜牧科技;1999年05期
8 罗永藩;;我国少耕与免耕技术推广应用情况与发展前景[J];耕作与栽培;1991年02期
9 徐玉泉,张维,陈明,林敏,李浚明,方宣钧;一株苯酚降解菌的分离和鉴定[J];环境科学学报;2000年04期
10 蒋佐升;作物育种中三种聚类方法的比较分析[J];湖南农学院学报;1988年01期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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10 杨永华;姚健;王勐骋;;RAPD标记与碳底物利用型式联合应用进行农用化学品污染对土壤微生物群落多样性影响的研究[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
中国重要报纸全文数据库 前9条
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2 记者晏燕;我国科学家为稀土农用提供重要依据[N];科技日报;2003年
3 余宏章;大棚种菜 严防“四害”[N];农民日报;2001年
4 本报记者 张懿;“转基因水稻的环境风险很低”[N];文汇报;2010年
5 小李;怎样消除土壤的连作障害[N];山西科技报;2002年
6 本报记者 黄建文 本报通讯员 李福光 黄标;农业转型推进器[N];广西日报;2004年
7 张铁峰;如何生产富含SOD的高钙功能苹果[N];农民日报;2011年
8 本报特约记者 周世康;“一根草”的立法调研[N];新华日报;2009年
9 钟越;大棚蔬菜注意防“四害”[N];农资导报;2009年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 林贵兵;丹参栽培土壤适宜性微生物群落结构研究[D];成都中医药大学;2010年
2 于兴军;紫茎泽兰入侵生态学研究[D];武汉大学;2005年
3 裴雪霞;典型种植制度下长期施肥对土壤微生物群落多样性的影响[D];中国农业科学院;2010年
4 祁建军;地黄种质遗传关系及根际土壤微生物多样性研究[D];中国协和医科大学;2007年
5 周新刚;连作黄瓜土壤生态环境特征及对黄瓜生长的影响[D];东北农业大学;2011年
6 于镇华;垦殖与自然恢复黑土微生物群落结构及生态功能的季节变化[D];中国科学院研究生院(东北地理与农业生态研究所);2012年
7 靳振江;耕作和长期施肥对稻田土壤微生物群落结构及活性的影响[D];南京农业大学;2013年
8 钱奎梅;煤炭矿区复垦土壤的菌根修复技术研究[D];中国矿业大学;2012年
9 李想;有机无机肥磷配施的协同效应与机理研究[D];南京农业大学;2012年
10 陶军;蚯蚓活动对农田土壤生物种群数量和群落结构的影响[D];南京农业大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张盈;杀菌剂氟吡菌酰胺对土壤微生物群落多样性的影响[D];湖南农业大学;2013年
2 李桥;基于高通量测序技术下土壤微生物群落结构的研究[D];山东师范大学;2014年
3 徐赢华;灌木林火对土壤微生物群落的影响[D];石河子大学;2010年
4 樊振华;小陇山国家级自然保护区油松、华山松土壤微生物群落特征研究[D];西北师范大学;2010年
5 谢红薇;熏蒸剂对土壤微生物群落的影响[D];中国农业科学院;2012年
6 马旭;熏蒸剂对土壤微生物群落多样性的影响及其方法学研究[D];成都理工大学;2010年
7 单鹤翔;长期秸秆与化肥配施条件下土壤微生物群落多样性研究[D];中国农业科学院;2012年
8 范瑞英;典型黑土区林地土壤微生物群落特征研究[D];东北林业大学;2013年
9 王静;不同株龄苹果树土壤微生物群落特征研究[D];陕西师范大学;2012年
10 王苑;气候变化背景下土壤微生物群落对干旱和大气CO_2倍增的响应[D];东华大学;2014年
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