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《南京师范大学》 2006年
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基于SANDX-2序列变异和SLA-DQB第2外显子的PCR-SSCP分析中国大陆地区野猪种群遗传多样性

霍爱玲  
【摘要】:野猪(Sus Scrofa)是家猪的祖先,主要分布于亚洲、欧洲及非洲的大部分地区。本文首先对单拷贝核DNA标记(single copy nuclear DNA,scnDNA)在种群遗传学研究中的应用进行综述,然后分别基于SANDX-2序列变异和SLA-DQB第2外显子的PCR-SSCP带型,初步分析中国大陆地区野猪种群的遗传多样性,并对影响SLA-DQB进行SSCP分型的实验因素进行了优化。具体内容如下: 1、研究测定了89个中国野猪和1个家猪未知功能核基因SANDX-2位点的序列。序列比对后长510bp左右,发现有2处4种类型碱基缺失,30个位点发生碱基替换,共定义了19种单元型。在野猪中共发现18种单元型,其中7种只在某一地方种群中发现,11种为地方种群间共享单元型。用邻接法基于核苷酸Kimura 2-parameter模型构建系统发生树中,19种单元型被明显分为2大支,但各枝得到的自展值均较低,且各亚种中出现的单元型散布在不同的进化枝中。结果表明SANDX-2位点的单元型在中国野猪中未形成明显的地理分布格局。若不考虑碱基的插入/缺失,用TCS构建19种单元型网络表明,单元型HAP2可能为一古老单元型,其他为衍生单元型。 2、研究优化了PCR-SSCP分型条件后,采用PCR-SSCP方法对中国野猪5个地方种群的41个个体的SLA-DQB外显子2进行分型。PCR-SSCP分型后共获得8个等位基因,发现15种标记带型,分别为AA、AB、BB、AC、AE、AH、BD、BF、BG、BH、DD、DG、DH、GG、EE。在鄂伦春地方种群中有6种带型,分别为AB,AE,AA,AC,EE和BB;红星地方种群中有4种带型,分别为AB,DH,BH和BB;古县地方种群中有3种带型,分别为AB,BB和AA;宝鸡地方种群有7种带型,分别为BB,BD,BF,BG,DG,GG和DD;金寨地方种群有3种带型,分别为AB,BH和AH。在8个等位基因中,等位基因B广泛分布在各个地理种群中。在中国野猪中,SLA-DQB外显子2等位基因的平均期望杂合度为0.6127,在各地方种群的平均期望杂合度在0.4444~0.7031之间。Hardy-Weinberg平衡分析表明SLA-DQB外显子2等位基因在野猪的5个地方种群中均未达平衡,这可能同该位点受平衡选择有关。地方种群间系统发生分析表明,鄂伦春种群和金寨种群彼此间的关系较近,红星种群、古县种群和宝鸡种群间的关系较近。
【学位授予单位】:南京师范大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2006
【分类号】:Q953

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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 李崇奇,常青,陈建琴,张保卫,朱立峰,周开亚;东北亚地区野猪种群mtDNA遗传结构及系统地理发生[J];动物学报;2005年04期
2 赵凯,张周平,杨公社,周继平,魏雅萍,仇桂芳;用RAPD标记研究7个猪种间的亲缘关系[J];黑龙江畜牧兽医;2000年07期
3 孙有平,夏祖灼,甘杰;太湖猪银染核仁组成区的研究[J];南京农业大学学报;1993年01期
4 陈建琴,常青,周开亚,掌子凯,曹霄;家猪核DNA多态标记的克隆与序列分析[J];南京师大学报(自然科学版);2002年04期
5 丁兰,张思仲,周宏远,邱为民,肖翠英;有和无甘油的聚丙烯酰胺胶在检测突变时的差别[J];四川大学学报(自然科学版);2000年S1期
6 刘德武,杨关福,李加琪,陈文广;用RAPD标记分析6个品种猪的群体遗传结构[J];畜牧兽医学报;2002年01期
7 黄路生,高军,林树茂,罗明,李玉谷;21个野生、培育及地方猪种免疫及生化遗传标记基因位点的遗传分化研究[J];遗传学报;1999年04期
8 常青,周开亚,王义权,掌子凯,曹霄;太湖猪遗传多样性和系统发生关系的RAPD分析[J];遗传学报;1999年05期
9 谈永松,周波,王林云;五指山、二花脸和皮特兰猪的SLA-DRB基因外显子2PCR-RFLP及PCR-SSCP多态性分析[J];遗传学报;2005年02期
10 杨光,陈旭衍,任文华,严洁;MHC及其在种群遗传学和保护遗传学中的应用[J];遗传;2002年06期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 李华;中国猪种SLA-DQB基因外显子2的遗传多样性及进化机制研究[D];四川农业大学;2002年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 巴山;杨宝田;;序列分析在林蛙系统学研究中的进展[J];安徽农学通报(上半月刊);2010年05期
2 苟本富;;5种蔷薇遗传多态性的AFLP分析[J];安徽农业科学;2008年17期
3 都占林;;野猪血浆白蛋白多态性的研究[J];安徽农业科学;2008年33期
4 黄绍辉;方炎明;;牛血清白蛋白对连香树PCR反应体系的优化[J];安徽农业科学;2010年26期
5 胡月红;张曼;王亦舒;晏鹏;吴孝兵;;澳洲淡水鳄线粒体基因组全序列的测定及结构分析[J];安徽师范大学学报(自然科学版);2011年04期
6 常青,张保卫,金宏,朱立峰,周开亚;从12S rRNA基因序列推测鹭科13种鸟类的系统发生关系[J];动物学报;2003年02期
7 严洁,杨光,周开亚,魏辅文;白鱀豚MHC基因类DQB1座位第二外元的序列变异分析[J];动物学报;2003年04期
8 廖继承;肖振龙;董媛;张知彬;刘发;李金钢;;甘肃仓鼠的分类地位[J];动物学报;2007年01期
9 张保卫;张晨岭;陈建琴;丁栋;李崇奇;周开亚;常青;;基于微卫星标记的中国大陆地区野猪种群结构分析与亚种分化[J];动物学报;2008年05期
10 刘珊,杨光;鲸类保护遗传学研究进展[J];动物学杂志;2002年05期
中国重要会议论文全文数据库 前3条
1 屠云洁;苏一军;张学余;李国辉;;鸡MHC B-G座位克隆与生物信息学分析[A];安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集[C];2011年
2 李洪涛;顾为望;;西藏小型猪细胞色素b的分子遗传学研究[A];第九届中国实验动物科学年会(2010新疆)论文集[C];2010年
3 李恩;吴孝兵;晏鹏;史燕;;中国石龙子MHC Ⅱ类B基因第二外元的克隆及序列分析[A];中国动物学会两栖爬行动物学分会2005年学术研讨会暨会员代表大会论文集[C];2005年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 成述儒;藏绵羊DQA1、DQA2和DRB3基因多态性与单倍型连锁分析[D];甘肃农业大学;2010年
2 肖永双;西北太平洋五种海洋鱼类的分子系统地理学研究[D];中国海洋大学;2010年
3 任二军;蓝狐自咬症及遗传学基础研究[D];中国农业科学院;2011年
4 程光平;巴马繐唇鲃生物学及遗传学研究[D];中国海洋大学;2011年
5 李涛;稻蝗属遗传多样性及其生态适应[D];山西大学;2011年
6 杨晓军;藏系绵羊遗传多样性及其品种(系)分化的研究[D];甘肃农业大学;2001年
7 白素英;豹猫(Felis bengalensis)的遗传多样性及系统发育研究[D];东北林业大学;2001年
8 李华;中国猪种SLA-DQB基因外显子2的遗传多样性及进化机制研究[D];四川农业大学;2002年
9 杨光友;鸭对体吸虫形态、生物学、致病性及分子遗传学研究[D];四川农业大学;2003年
10 王继文;中国主要家鹅品种分子系统进化研究[D];四川农业大学;2003年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 马国强;棘头梅童鱼和黑鳃梅童鱼的形态学、遗传学研究[D];中国海洋大学;2010年
2 李昂;中、日白姑鱼的形态学和遗传学研究[D];中国海洋大学;2010年
3 虞健;麂属两种动物Mhc-DRB基因多态性及其进化机制[D];安徽师范大学;2010年
4 凤阁;泽鳄(Crocodylus palustris)和菲律宾鳄(Crocodylus mindorensis)线粒体基因组全序列及鳄目的系统发生关系研究[D];安徽师范大学;2010年
5 周佳怡;中国沿海石斑鱼亚科的DNA条形码研究[D];暨南大学;2011年
6 王雯雯;鱼类肠道可定植乳酸杆菌分子生态的研究[D];中国农业科学院;2011年
7 温青娜;哈萨克羊和中国美利奴羊DRB1基因SSCP多态性与细粒棘球蚴病遗传抗性的关联分析[D];石河子大学;2010年
8 代艳丽;越冬白头鹤种群遗传多样性的初步研究[D];安徽大学;2011年
9 张勇;基于线粒体COI基因和微卫星标记对细鳞鲴种群遗传结构的研究[D];上海海洋大学;2011年
10 郑将臣;基于线粒体和核基因标记研究龟鳖目部分种类的系统发育关系[D];上海海洋大学;2011年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王静,李明,魏辅文,刘定震,蒙世杰,冯祚建;分子系统地理学及其应用[J];动物分类学报;2001年04期
2 张镇洪;邹宝库;张利凯;;辽阳安平化石哺乳动物群的发现[J];古脊椎动物与古人类;1980年02期
3 王令红;林玉芬;长绍武;袁家荣;;湖南省西北部新发现的哺乳动物化石及其意义[J];古脊椎动物与古人类;1982年04期
4 徐晓风;;辽宁安平中更新世动物群中的Dicerorhinus kirchbergensis(Jger,1839)[J];古脊椎动物学报;1986年03期
5 徐钦琦;;中更新世以来兽类地理分布的变化及其天文气候学的解释[J];古脊椎动物学报;1992年03期
6 彭中镇,赵书红,李奎,龚炎长,杨兴柱;猪数量性状基因及其标记研究进展[J];国外畜牧科技;1999年01期
7 黄天华,李璞,张贵寅;人类核仁形成区(NOR)选择性银染技术的应用[J];国外医学.遗传学分册;1982年02期
8 黄健;HLA超型与表位肽超基序及其理论与现实意义[J];国外医学(免疫学分册);2001年06期
9 陈明朗,陈效华,杜念兴,夏祖灼;用同种免疫方法测定猪品种差异的研究[J];南京农业大学学报;1986年03期
10 吴译夫,夏祖灼,李齐贤;猪血清蛋白质多态型及其遗传学研究[J];南京农业大学学报;1988年03期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 孙红英,王光跃,张代臻,周开亚;中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹两地理亚种的线粒体DNA序列变异[J];动物学报;2005年05期
2 刘鹤;李乐;马强;万冬梅;张树清;祝业平;;野猪研究进展[J];四川动物;2011年02期
3 赵高锋;陈宏;雷初朝;张春雷;张丽;蓝贤勇;房兴堂;康湘涛;;秦川牛GHR基因SNPs及其与生长性状关系的研究[J];遗传;2007年03期
4 刘慧;许尧;赵黎黎;杨秀芹;刘娣;;猪AMPD1基因的克隆与变异位点分析[J];遗传;2008年02期
5 王树艳;李鑫;李娟;沈前程;朱兴全;黄维义;;广西片形吸虫中间宿主—小土窝螺线粒体rrnL基因遗传多态性研究[J];中国畜牧兽医;2011年01期
6 杨德盛;;沙漠中的野猪[J];大自然;1996年05期
7 张明;李刚;赵诗武;;野猪“新郎”与“刑警”趣闻[J];绿色大世界;2002年04期
8 刘先平;李珍英;;黑麂的呼唤[J];绿色视野;2007年01期
9 ;天马行空[J];大科技(百科探索);2007年07期
10 常青,周开亚,掌子凯,曹霄;野猪和几种家猪亲缘关系的RAPD分析[J];应用与环境生物学报;1999年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 袁录霞;张青林;罗正荣;;罗田甜柿单株遗传差异的ISSR和IRAP分析[A];中国园艺学会2010年学术年会论文摘要集[C];2010年
2 赵卫国;潘一乐;;凤尾桑及其芽变品系间遗传变异的ISSR分析[A];全国桑树种质资源及育种和蚕桑综合利用学术研讨会论文集[C];2005年
3 赵卫国;苗雪霞;黄勇平;潘一乐;;桑树无性系遗传变异的ISSR初步分析[A];中国蚕学会第七届二次理事会暨学术年会论文集[C];2005年
4 王有为;何敬胜;黄博;班小泉;陈玲;范建伟;梁鹏;;凹叶厚朴野生与栽培居群的遗传结构及遗传多样性[A];第九届全国中药和天然药物学术研讨会大会报告及论文集[C];2007年
5 王蒂;王清;戴朝曦;司怀军;;马铃薯单倍体试管苗长期继代培养的遗传变异[A];中国作物学会马铃薯专业委员会1999年年会论文集[C];1999年
6 裘索;周仁超;施苏华;;卵叶海桑的遗传多样性研究[A];中国植物学会七十五周年年会论文摘要汇编(1933-2008)[C];2008年
7 庞海洋;鲍晓伟;张应国;张文东;张富强;李作生;;猪繁殖与呼吸综合征研究进展[A];中国畜牧兽医学会动物传染病学分会第三届猪病防控学术研讨会论文集[C];2008年
8 莫家兴;黄寿先;韦海花;李俊真;刘芳;张浩磊;李秋荔;张睿婧;;大叶栎半同胞家系生长性状遗传变异研究[A];第二届中国林业学术大会——S2 功能基因组时代的林木遗传与改良论文集[C];2009年
9 陈付英;牛晖;王居强;雷初朝;蓝贤勇;陈宏;;黄牛MEF2A基因的遗传变异及其与生长性状相关性[A];第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2010年
10 庆宁;吕凤义;赵俊;;不同水系中间黄颡鱼的遗传变异与生物地理[A];中国海洋湖沼动物学会鱼类学分会第七届会员代表大会暨朱元鼎教授诞辰110周年庆学术研讨会学术论文摘要集[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 ;野猪的饲养及开发价值[N];中国畜牧兽医报;2009年
2 记者 张仲明 通讯员 文洁 卫清;靖江农民养野猪致富[N];泰州日报;2009年
3 ;一头野猪跑出火车的速度 中国特养第一人8年赚3亿[N];山东科技报;2011年
4 记者 刘洋 通讯员 刘梦;我州规定有计划猎捕野猪[N];恩施日报;2011年
5 本报记者 张力澎;“野猪林”中识野猪[N];新农村商报;2011年
6 本报记者 陈更生;农民与野猪的对抗[N];河南日报;2008年
7 记者 王拥 妙鸿;我市计划今冬明春猎杀千头野猪[N];安康日报;2009年
8 ;选择种野猪 肥瘦要适当[N];吉林农村报;2009年
9 ;种野猪的选择和管理[N];中国畜牧兽医报;2009年
10 梁琦;特种野猪的优势及效益分析[N];吉林农村报;2009年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 杨秀芹;家猪、野猪CAPN家族4个基因的克隆、表达模式和多态性研究[D];东北农业大学;2007年
2 张永德;朱鹮人工饲养群体6个基因SSCP检测及遗传变异研究[D];西北农林科技大学;2007年
3 刘早霞;视网膜母细胞瘤Rb1基因突变的检测及血清中差异性标志蛋白的筛选[D];吉林大学;2004年
4 李守勇;不同产地冬枣品质特性及其遗传变异研究[D];北京林业大学;2004年
5 杨宝田;东北区狍遗传多样性及性别基因鉴定研究[D];东北林业大学;2005年
6 付春华;原生质体融合创造柑橘新材料及其遗传分析[D];华中农业大学;2004年
7 王全喜;蒙古马MSTN基因克隆及序列分析和部分品种多态性研究[D];内蒙古农业大学;2005年
8 贾存灵;小尾寒羊多胎性状主要候选基因及繁殖相关基因表达量研究[D];中国农业大学;2005年
9 张含国;红皮云杉遗传多样性的研究[D];东北林业大学;2000年
10 杨锐;中国沿海几种常见紫菜的遗传变异与种质鉴定[D];青岛海洋大学;2001年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 霍爱玲;基于SANDX-2序列变异和SLA-DQB第2外显子的PCR-SSCP分析中国大陆地区野猪种群遗传多样性[D];南京师范大学;2006年
2 刘慧;野猪家猪AMPD1基因的克隆、表达和遗传变异的研究[D];东北农业大学;2008年
3 符达;玉米赤霉酮对SD大鼠卵巢p53基因第八外显子突变的研究[D];湖南农业大学;2005年
4 杨静;PTEN基因突变及蛋白表达与子宫内膜癌的相关性研究[D];中南大学;2007年
5 王超;北京荷斯坦牛乳成分的微卫星标记分析[D];四川农业大学;2004年
6 魏彩虹;导入杜洛克血液对甘肃黑猪肉质、脂肪组织及染色体特征影响的研究[D];甘肃农业大学;2004年
7 陈兴勇;皖西白鹅催乳素基因(PRL)编码区序列克隆及多态性分析的研究[D];安徽农业大学;2005年
8 孙鑫;pIFN-γ基因多态性分析及其与猪部分免疫指标的关系[D];山西农业大学;2005年
9 张会芳;烤烟叶片淀粉含量的遗传变异及农艺措施调控研究[D];河南农业大学;2005年
10 胡晓媛;光皮桦优树子代遗传变异及开花结实特性的研究[D];福建农林大学;2006年
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