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《南京师范大学》 2006年
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基于SANDX-2序列变异和SLA-DQB第2外显子的PCR-SSCP分析中国大陆地区野猪种群遗传多样性

霍爱玲  
【摘要】:野猪(Sus Scrofa)是家猪的祖先,主要分布于亚洲、欧洲及非洲的大部分地区。本文首先对单拷贝核DNA标记(single copy nuclear DNA,scnDNA)在种群遗传学研究中的应用进行综述,然后分别基于SANDX-2序列变异和SLA-DQB第2外显子的PCR-SSCP带型,初步分析中国大陆地区野猪种群的遗传多样性,并对影响SLA-DQB进行SSCP分型的实验因素进行了优化。具体内容如下: 1、研究测定了89个中国野猪和1个家猪未知功能核基因SANDX-2位点的序列。序列比对后长510bp左右,发现有2处4种类型碱基缺失,30个位点发生碱基替换,共定义了19种单元型。在野猪中共发现18种单元型,其中7种只在某一地方种群中发现,11种为地方种群间共享单元型。用邻接法基于核苷酸Kimura 2-parameter模型构建系统发生树中,19种单元型被明显分为2大支,但各枝得到的自展值均较低,且各亚种中出现的单元型散布在不同的进化枝中。结果表明SANDX-2位点的单元型在中国野猪中未形成明显的地理分布格局。若不考虑碱基的插入/缺失,用TCS构建19种单元型网络表明,单元型HAP2可能为一古老单元型,其他为衍生单元型。 2、研究优化了PCR-SSCP分型条件后,采用PCR-SSCP方法对中国野猪5个地方种群的41个个体的SLA-DQB外显子2进行分型。PCR-SSCP分型后共获得8个等位基因,发现15种标记带型,分别为AA、AB、BB、AC、AE、AH、BD、BF、BG、BH、DD、DG、DH、GG、EE。在鄂伦春地方种群中有6种带型,分别为AB,AE,AA,AC,EE和BB;红星地方种群中有4种带型,分别为AB,DH,BH和BB;古县地方种群中有3种带型,分别为AB,BB和AA;宝鸡地方种群有7种带型,分别为BB,BD,BF,BG,DG,GG和DD;金寨地方种群有3种带型,分别为AB,BH和AH。在8个等位基因中,等位基因B广泛分布在各个地理种群中。在中国野猪中,SLA-DQB外显子2等位基因的平均期望杂合度为0.6127,在各地方种群的平均期望杂合度在0.4444~0.7031之间。Hardy-Weinberg平衡分析表明SLA-DQB外显子2等位基因在野猪的5个地方种群中均未达平衡,这可能同该位点受平衡选择有关。地方种群间系统发生分析表明,鄂伦春种群和金寨种群彼此间的关系较近,红星种群、古县种群和宝鸡种群间的关系较近。
【学位授予单位】:南京师范大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2006
【分类号】:Q953

【参考文献】
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