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《浙江大学》 2013年
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基于四交群体的遗传图谱构建方法研究

余世洲  
【摘要】:构建遗传图谱的第一步就是选择合适的遗传群体,目前经常使用的是两自交系亲本的衍生群体。为获得可靠的遗传图谱,研究者往往尽可能选择遗传差异较大的亲本,而育种实践中,育种者却经常选用遗传差异较小的植株相互交配,来进行品种改良。因此利用两自交系亲本的衍生群体构建的遗传图谱用于育种实践会由于遗传背景发生改变,导致基于该图谱的MAS效果降低。另外在实践中发现,对遗传多态性差的物种,可以用于构图的分子标记数目较少,而对异交物种来说,其自交系很难或者不能获得,所以构建这些物种的遗传图谱效果不是十分理想。本研究针对这些问题提出了基于四交群体的遗传图谱构建方法,并通过计算机模拟验证了该方法的有效性和可靠性,在此基础上编写了基于该方法的计算机程序。本研究构建图谱的主要步骤和结论如下: 1)标记间距离的估测:对共显性标记来说,在四交群体中,每个基因位点上分离比可能是1:1、1:2:1或者1:1:1:1等。对任意分离类型的两个标记进行组合分析,利用最大似然法,对两个标记问的距离及对应LOD值进行估测,得到所有标记的距离矩阵。 2)构建连锁群:基于上述分析得到的距离矩阵,将每个标记都看成一个单独的连锁群,标记间距离作为连锁群的距离系数。首先找出距离系数最小的两个连锁群,当此距离系数小于设定的限值时,将两个连锁群合并,并利用不同的聚类策略估测出新连锁群和其余连锁群的距离系数,得到新的距离矩阵。重复上述步骤,直至连锁群的距离系数大于或等于设定的限值。 3)连锁群上标记的排序:对含有标记数目大于等于3的连锁群,首先确定其中任意三个标记组合的顺序关系,然后选择其中一个组合作为起始,根据上述得到的标记间彼此顺序,将其余标记依次加到该组合中,并用LOD值之和估测其有效性。 该研究方法通过蒙特卡洛的模拟验证,证实了其可行性和有效性。
【关键词】:四交群体 遗传图谱 连锁分析 蒙特卡洛模拟 聚类分析
【学位授予单位】:浙江大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2013
【分类号】:S330
【目录】:
  • 致谢6-9
  • 縮写清单9-10
  • 摘要10-11
  • Abstract11-13
  • 1 引言13-15
  • 2 文献综述15-32
  • 2.1 亲本选配15-16
  • 2.2 作图群体16-19
  • 2.3 遗传标记19-22
  • 2.4 统计方法和工具22-29
  • 2.4.1 遗传连锁分析的方法22-28
  • 2.4.2 构建遗传图谱的软件28-29
  • 2.5 选题依据和意义29-32
  • 2.5.1 选题依据29-30
  • 2.5.2 研究意义30-32
  • 3 基于四交群体的遗传图谱构建方法32-63
  • 3.1 方法的研究路线32-33
  • 3.2 位点的分离检验33-36
  • 3.3 图谱构建步骤36-56
  • 3.3.1 两点分析方法36-37
  • 3.3.2 标记分离类型37-39
  • 3.3.3 重组率估测39-56
  • 3.4 连锁群构建56-61
  • 3.5 位点的排序61-63
  • 4 方法的结果验证63-69
  • 4.1 蒙特卡洛模拟验证63
  • 4.2 两位点间距离估测的验证63-65
  • 4.3 多位点图谱构建的蒙特卡洛模拟65-69
  • 4.3.1 具有四个等位基因的蒙特卡洛模拟65-66
  • 4.3.2 BC群体数据的模拟验证66-69
  • 5 讨论69-71
  • 5.1 研究意义69-70
  • 5.2 探讨之处70-71
  • 参考文献71-76
  • 个人简历76-77

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