收藏本站
《浙江大学》 2016年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

苦苣菜黄网病毒基因组末端顺式作用元件突变分析

陈晓岚  
【摘要】:不分节段负链RNA病毒基因组3’和5’末端非编码区分别为leader和trailer序列,leader和trailer部分碱基可互补配对形成锅柄状二级结构,该区域包含病毒基因组复制和mRNA转录起始所必需的顺式作用元件。随着动物负义RNA病毒的反向遗传学体系的建立,研究人员对动物负义RNA病毒的末端顺式作用元件进行了一系列的研究,发现了病毒转录与复制的关键调控序列,也揭示了相关的二级结构在病毒转录与复制中的作用。然而由于缺乏可用的反向遗传学体系,人们对侵染植物的负义RNA病毒的末端顺式作用元件的功能所知甚少。苦苣菜黄网病毒(Sonchus yellow net virus, SYNV)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae),细胞核弹状病毒属(Nucleorhabdovirus),是侵染植物的不分段的负义RNA病毒,其leader与trailer序列也能部分互补配对,形成茎环状二级结构。本研究利用实验室前期构建的表达eGFP和DsRed报告基因的SYNV微型复制子(Minireplicon, MR)系统,对SYNV基因组末端leader和trailer的部分序列进行了一系列的缺失、置换、颠换等突变分析,初步探索了其在病毒mRNA转录中的作用。首先,通过快速扩增cDNA末端(Rapid Amplification of cDNA Ends, RACE)分析,明确了SYNV微型复制子末端leader和trailer的序列与NCBI数据库中SYNV病毒的末端序列一致。结构预测发现leader和trailer前30 nt形成的二级结构中,1-17 nt配对程度高,形成茎(stem)结构,leader上第18-21 nt、第28 nt分别形成四碱基凸起(bulge 1)和单碱基凸起(bulge2)。1.茎(stem)的突变分析对1-17 nt预测形成的stem进行缺失突变分析发现,leader缺失末端3nt、6nt或10 nt, SYNV-MR报告基因转录水平都显著降低,且其下降的程度与缺失的碱基数目直接相关;相似地,trailer缺失3nt、5 nt、10 nt后报告基因转录水平显著降低,且下降程度一致。进一步在trailer区打开stem结构配对,随着打开碱基对的增加,SYNV-MR报告基因转录水平依次下降;但将stem结构中leader和trailer区序列进行不同程度的互换,SYNV-MR报告基因几乎不表达。这些结果能够说明leader 3'末端序列包含病毒转录的启动子序列,trailer可能通过与leader互补配对参与病毒的转录过程。2. bulgel的突变分析针对四碱基凸起bulge 1的UUUA做了一系列的突变分析,发现缺失UUUA, SYNV-MR报告基因不表达;在trailer上增加AAAU使之互补后,SYNV-MR报告基因表达水平下降近一半,这说明bulgel凸起结构和凸起上的碱基序列对病毒转录起重要作用。接着变换4个碱基序列发现,碱基都为A/U时,不影响病毒转录。而碱基都为C/G时,病毒转录水平严重下降。有趣的是,保持中间2个碱基为GG或CC,两边2个碱基为A/U,病毒转录也几乎不受影响。而保持3个碱基顺序不变,一次只将首尾一个碱基变为G/C,发现只有突变体UUUG转录水平较野生型UUUA有所下降。同时发现,4个碱基中G/C比例高或G/C位于两边,都会下调报告基因mRNA的转录水平。3. bulge2的突变分析对leader上第28位碱基U (bulge2)进行突变分析发现,该碱基在病毒转录过程中起重要作用。将其缺失后,SYNV-MR报告基因只有微弱的表达;将其调换到相应的trailer区,报告基因几乎不表达。而在trailer区增加碱基A使其互补配对后,SYNV-MR转录水平也会下调。将U进行置换发现,U变为A或G是对病毒转录无影响,而变为C时病毒转录水平下调近50%。这表明,bulge2的U对病毒转录很重要,碱基C下调病毒转录水平,同时这个凸出的环可能有利于病毒RNA聚合酶的识别。综上所述,SYNV leader和trailer前10 nt在病毒mRNA转录过程中发挥重要作用,trailer可能通过与leader互补配对参与病毒mRNA转录过程;二者所形成的环状凸起bulge,可能有利于病毒RNA聚合酶的识别。
【学位授予单位】:浙江大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2016
【分类号】:S432.41

【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 卢爱刚;王瑛;;延安市近60年气温与降水趋势突变分析[J];干旱区资源与环境;2012年01期
2 黄嘉佑;第三讲 气候状态变化趋势与突变分析[J];气象;1995年07期
3 张宇发;贵州气温近五十年变化趋势与突变分析[J];贵州气象;1998年05期
4 李丽云;张锦华;陆伟;;1960~2011年番禺气温的变化特征及突变分析[J];广东气象;2012年03期
5 蔡霞;蔡琳;李春华;吴占华;;晋北地区降水量时空变化及突变分析[J];干旱地区农业研究;2012年02期
6 张明捷;冯杉;姚胜;;濮阳日照变化趋势特征和突变分析[J];安徽农学通报(上半月刊);2011年15期
7 张志杰;黄丽娜;韩仙桃;刘杨;;1959—2011年呼和浩特气温变化及突变分析[J];内蒙古气象;2013年04期
8 张艳梅;陈波;肖植友;;六盘水市气温变化特征及突变分析[J];贵州气象;2007年05期
9 霍正文;陈文;凡炳文;;近54年定西市降水趋势及突变分析[J];水文;2012年03期
10 朱华;卢成芳;刘影;;南昌市1961-2007年气温变化趋势及突变分析[J];江西科学;2013年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 康西言;杨彬云;;河北省沿海地区风速的变化趋势和突变分析[A];中国气象学会2006年年会“气候变化及其机理和模拟”分会场论文集[C];2006年
2 邢雪莎;刘双;黎芳;麻宏伟;罗阳;;Cornelia de Lange综合征致病基因突变分析[A];中国遗传学会第九次全国会员代表大会暨学术研讨会论文摘要汇编(2009-2013)[C];2013年
3 都娟;王硕;赵晓艳;肖丽丽;马倩;黄建萍;;儿童Alport综合征COL4A5基因4种新突变分析[A];中华医学会第十七次全国儿科学术大会论文汇编(下册)[C];2012年
4 莫小梅;;德庆县1960~2010年温度变化特征及突变分析[A];广东省气象学会2012年学术年会论文摘要文集[C];2012年
5 张卉;唐黎;姚志荣;;Hutchinson-Gilford综合征2例与突变分析[A];中华医学会第十五次全国皮肤性病学术会议论文集[C];2009年
6 吴霞;查贲;;丽水53-04年气温变化规律、突变分析及趋势预测[A];第二届浙江中西部科技论坛论文集第二卷(气象分卷)[C];2005年
7 张广兴;赵玲;孙淑芳;;新疆1961-2000年高空温度变化的若干事实及突变分析[A];中国气象学会2008年年会气候变化分会场论文集[C];2008年
8 王康;焉传祝;王国相;张永庆;金淼;顾卫红;;KSS/PEO的线粒体DNA突变分析[A];第十一届全国神经病学学术会议论文汇编[C];2008年
9 袁明奎;;近56年来滁州市冬季气温特征与突变分析[A];中国气象学会2008年年会气候变化分会场论文集[C];2008年
10 韩威威;吴允钦;王俊岭;江泓;贾丹丹;孙占芳;全意;夏昆;唐北沙;;中国大陆PD与ET患者中FMR1基因前突变分析[A];中华医学会第十三次全国神经病学学术会议论文汇编[C];2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前6条
1 陈晓岚;苦苣菜黄网病毒基因组末端顺式作用元件突变分析[D];浙江大学;2016年
2 王雅琴;新的良性家族性婴儿惊厥候选基因的突变分析[D];中南大学;2007年
3 李小波;新的良性家族性婴儿惊厥候选基因的突变分析(Ⅳ)[D];中南大学;2008年
4 向入平;新的良性家族性婴儿惊厥候选基因的突变分析[D];中南大学;2009年
5 陈娟;新的遗传性痉挛性截瘫亚型候选基因突变分析[D];中南大学;2008年
6 王玉周;新的SCA亚型候选基因的突变分析[D];中南大学;2008年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026