收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

水稻F_2群体SSRs连锁分析及分子标记作图模型研究

谭军  
【摘要】: 微卫星(Microsatellite)也称为简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSRs), 是一种多态性丰富的共显性标记。利用水稻来自粳籼亚种亲本的DH群体,已定 位了312个SSRs标记。为了利用水稻F_2群体进行微卫星(SSRs)标记数据作图并评 估偏分离的情况,构建了以粳稻浙农大11S为母本,粳稻Ux38和Ux42为父本的 亚种内F_2群体cw2和cw3。从水稻12条染色体随机选取89对SSRs引物进行多 态性筛选,结果有32对在父母本间都呈现多态性。cw2和cw3两个F_2群体SSRs 标记的分离有明显差异,前者存在严重的偏分离,不适合作图;后者分离正常, 适合作图。应用cw3 F_2群体对第6染色体Wx基因附近的5个SSRs标记作图,得 到的连锁群覆盖51.7cM,并与Temnykh等和沈利爽等的DH群体SSRs标记图谱 作了比较。 三点自交法适用于F_2群体显性标记数据连锁分析,为了与经典的两点最大似 然(ML)法相比较,列出了两点自交ML法和三点自交法估算显性标记遗传距离的 具体步骤和算法。将水稻F_2群体RFLP数据转变为显性标记数据后,连锁关系的 估算结果表明:两种方法所得到的连锁图谱与用MAPMAKER软件计算共显性标 记得到的图谱排序相同、标记间距离相近。当标记数据存在较大程度偏分离时, 由三点自交法构建的图谱中,标记间图距有增大的趋势,并从作图精确性的角度 分析了其原因。作者认为,将共显性标记转变为显性标记进行两次两点自交ML 法估算,可以简化数值计算过程。 遗传标记偏分离是很普遍的现象,采用经典作图方法处理偏分离数据会产生 较大的误差,纳入合子与配子选择因子的ML方程组可以使重组值的估计更准确。 以MAPMAKER中提供的老鼠F_2群体中333个体12个RFLP标记中的5个连锁 标记为原始数据,用传统χ~2检测和连续χ~2检测两种方法处理共显性分子标记数据, 比较它们对偏分离情况分析的能力,发现连续χ~2检测比传统的χ~2检测更加准确有 效。然后选用相应配子或合子选择条件的方程组,采用Newton-Raphson迭代法估 算标记间的遗传距离,并与经典的最大似然估算结果作了比较。由这个范例可知, 在构建分子标记遗传图谱时,如果两个相邻标记均存在较大的偏分离,最好采用 偏差更小的纳入偏分离因子的最大似然估计方法。 在以上连锁图谱构建的研究中,发现有时即使采用了纳入合子与配子选择因 子的MLE,标记能区分的各基因型估计值还是不能很好的接近观察值,暗示偏分 离标记数据中还存在未估计到的偏分离因子。在假设标记的偏分离是由任何可能 的因素所造成的条件下,在每种基因型的预期频率前加上不同的选择强度参数, 得到能估算偏分离遗传标记重组值的通用MLE方法。与经典的不考虑偏分离以及 只考虑配子与合子选择的最大似然估计方法比较,作图精度都有了不同程度的提 高。给出了根据通用 MLE进行DH群体和 F。群体各种分子标记作图的 MLE模型。 综上所述,本文探讨了水稻亚种内F。群体SSRS标记作图的可行性,为SSRS 在水稻F。群体中的应用提供了参考;研究了分子标记连锁图谱构建的两种新方法: 从配子频率角度计算显性标记间重组值的三点自交法和纳入合子与配子选择的 MLE法,完成了从理论模型到实践的过程,提供了连锁图谱构建的新工具;最后 提出了能估计未知偏分离因子的通用MLE方程,并证明了其较好的实用性,为建 立由重组估计值映射真实值的作图新策略奠定了基础。


知网文化
【相似文献】
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 番兴明;谭静;陈洪梅;黄云霄;段智利;杨荣芬;徐春霞;;利用配合力和SSR标记对热带和温带玉米自交系进行杂种优势群划分[A];2004全国玉米种质扩增、改良、创新与分子育种学术会议论文集[C];2004年
2 ;玉米相对饱和遗传连锁图谱构建与一种新的AFLPs共显性分析方法探讨[A];中国遗传学会植物遗传与基因组学专业委员会2005年学术研讨会论文摘要集[C];2005年
3 ;Molecular Diversity,Genomic Constitution and QTL Mapping of Fiber Quality by Mapped SSRs in Introgression Lines Derived from Gossypium hirsutum L.x G.darwinii Watt[A];第十二届全国植物基因组学大会论文集[C];2011年
4 杨林;;肺结核患者心理社会因素研究[A];2004年中国防痨协会临床基础专业委员会学术会议论文集[C];2004年
5 张连洪;刘俊峰;张国珍;魏士平;彭友良;;稻瘟病菌无毒基因AVR-Pik~m区域物理图谱的构建[A];中国植物病理学会2004年学术年会论文集[C];2004年
6 李成云;李进斌;周晓罡;张绍松;董爱荣;许明辉;;稻瘟病菌阅读框架中微卫星序列的分布及所在基因功能(英文)[A];中国遗传学会七届一次青年研讨会暨上海高校模式生物E——研究院第一届模式生物学术研讨会论文汇编[C];2005年
7 李成云;李进斌;周晓罡;张绍松;许明辉;;玉米黑粉病菌基因组中的微卫星序列的组成和分布[A];中国植物病理学会2004年学术年会论文集[C];2004年
8 周亚萍;励佩君;;社会支持对社区精神分裂症患者预后的影响[A];中国心理卫生协会第四届学术大会论文汇编[C];2003年
9 李伟;陈怀谷;冯彦霞;王宁;;小麦全蚀病菌禾谷顶囊壳基因组中的简单重复序列分析[A];植保科技创新与病虫防控专业化——中国植物保护学会2011年学术年会论文集[C];2011年
10 许学明;汤义平;;酒依赖患者复饮的心理社会因素研究[A];2011年浙江省心理卫生协会第九届学术年会论文汇编[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前6条
1 谭军;水稻F_2群体SSRs连锁分析及分子标记作图模型研究[D];浙江大学;2001年
2 卫尊征;小叶杨遗传资源评价及重要性状的SSRs关联分析[D];北京林业大学;2010年
3 高丽锋;表达序列标签(ESTs)中开发的SSRs和SNPs标记及其应用[D];中国农业科学院;2003年
4 冯英;水稻DH群体的构建与微卫星标记分析[D];浙江大学;2002年
5 张洪亮;稻种资源核心种质研究及其信息处理系统骨架的建立[D];中国农业大学;2004年
6 刘宇;2型糖尿病伴抑郁症状患者中西医结合社区干预效果研究[D];中南大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 石龙;基于SSRS的集成式数据查询系统设计与实现[D];北京邮电大学;2011年
2 徐杰;幼儿社会技能量表家长版的初步修订和使用[D];东北师范大学;2007年
3 朱丰;实验红鲫C1HD系SSRs与SNPs标记的研究[D];南华大学;2010年
4 张涛;香稻的遗传多样性及遗传距离与杂种优势的相关性研究[D];四川农业大学;2004年
5 冯芳君;SSR和InDel标记在水稻籼粳亚种分化与杂种纯度鉴定中的应用[D];华中农业大学;2006年
6 何婉婷;汕头市龙湖区社区精神卫生服务现状调查[D];汕头大学;2011年
7 彭军;甲型流感病毒HA基因的简单重复序列分布的信息分析[D];湖南大学;2010年
8 谢健;焦虑症的临床现象学、心理社会因素和血浆NE、皮质醇及IL-2的综合相关研究[D];苏州大学;2002年
9 邰永琳;贫困大学生心理健康与危机干预研究[D];河海大学;2005年
10 李璟;青岛市男性酒依赖患者社会、家庭、心理状况的研究[D];苏州大学;2010年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978