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《浙江大学》 2004年
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计算智能在生物信息学中的应用研究

彭司华  
【摘要】: 计算智能技术近年来在模式识别、人工智能、机器学习、知识发现、数据挖掘等许多领域得到了广泛应用。随着人类基因组计划的实施,以及更多生物基因组测序计划的完成,计算智能开始在计算生物学和生物信息学中得到广泛的应用。本文主要在算法创新和计算智能技术在生物信息学上的实际应用两方面做了以下工作: 1.根据真核生物内含子在剪切位点前后存在保守碱基的特征,用支持向量机技术构建分类器模型,有效地在基因组序列中识别剪接位点,3′位点识别的准确度87.96%,在5′位点识别的准确度达85.41%。 2.为有效地分析水稻3′-UTR序列剪切位点上下游序列中的信息结构,提出了一个新的分析框架,即DNA序列的滑动窗口信息熵模型。通过计算碱基概率分布的信息熵,揭示了水稻3′-UTR序列的信息结构。 3.提出了基于支持向量机技术的滑动窗口机器学习模型。用该模型得出的结果证实了滑动窗口信息熵模型得出的结果的正确性。 4.把遗传算法和LVQ神经网络结合进行高维空间的特征选择,以解决两类别的样本分类问题,并利用白血病和大肠癌基因芯片数据进行了实例计算,分别达到了100%和91.27%的准确度。 5.把遗传算法和支持向量机技术结合,并采用滤波策略,用来进行高维空间的特征选择,以解决多类别样本的分类问题。对多类别癌症基因芯片表达谱数据(NCI 60数据和GCM数据)进行了计算,分别达到了86.55%和91.23%的分类准确度。
【学位授予单位】:浙江大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2004
【分类号】:TP29

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【引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 赵静静;F/10及G/11木聚糖酶家族的数学建模与分析[D];江南大学;2010年
2 李阳;图形表示在DNA基因序列识别算法中的应用[D];湖南大学;2010年
3 毛源泽;生物基因序列中重复序列的研究[D];广西大学;2012年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 莫宏伟,金鸿章,王科俊;基于生物体系的计算智能研究[J];信息技术;2002年02期
2 李燕;王秀峰;;DNA分子计算模型[J];计算机科学;2003年08期
3 肖人彬,王磊;人工免疫系统:原理、模型、分析及展望[J];计算机学报;2002年12期
4 梁艳春;计算智能与力学反问题中的若干问题[J];力学进展;2000年03期
5 杨齐衡,李林;酵母双杂交技术及其在蛋白质组研究中的应用[J];生物化学与生物物理学报;1999年03期
6 陈忠斌,于乐成,王升启;RNA干扰作用(RNAi)研究进展[J];中国生物化学与分子生物学报;2002年05期
7 孙键,徐军,凌伦奖,沈如群,陈润生;用神经网络法预测mRNA的剪接位点[J];生物物理学报;1993年01期
8 孟大志,曹海萍;DNA计算与生物数学[J];生物物理学报;2002年02期
9 赵丽琴,肖军海,李松;分子对接在基于结构药物设计中的应用[J];生物物理学报;2002年03期
10 陈润生;生物信息学[J];生物物理学报;1999年01期
【共引文献】
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1 吴宝金,茅慧华,李厚达;ENU诱变在功能基因组研究中的应用[J];癌变.畸变.突变;2004年01期
2 郭苗莉,朱江波,陈蓉芳,张天宝;应用基因表达谱芯片研究MNNG诱致小鼠胚胎畸形肢体基因表达的变化[J];癌变.畸变.突变;2005年02期
3 吴大宏,赵人达;基于遗传算法与神经网络的桥梁结构健康监测系统研究初探[J];四川建筑科学研究;2002年03期
4 淡丹辉,何广汉;智能桥梁结构的智能计算方案及其初步实现[J];四川建筑科学研究;2002年04期
5 黄险峰;;按隔声要求的组合墙体各构件面积反演[J];四川建筑科学研究;2008年03期
6 彭坤;谢建华;操波;;负荷控制系统在池州供电公司需求侧管理中的应用[J];安徽电气工程职业技术学院学报;2010年01期
7 张安勤;数据挖掘与进化算法[J];安徽教育学院学报;2002年03期
8 王朝霞;生物信息学:一门前沿交叉学科[J];安徽教育学院学报;2002年06期
9 鱼静,戴宗友;一种基于免疫原理的入侵检测系统模型[J];安徽电子信息职业技术学院学报;2004年Z1期
10 尹峰,邓小鹏,许四毛;生物免疫机理在计算机安全领域的应用与发展[J];安徽电子信息职业技术学院学报;2004年Z1期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 杨益;方潜生;汪力君;;基于Handel-C的数字芯片的设计方法研究与实现[A];2005年“数字安徽”博士科技论坛论文集[C];2005年
2 胡杨林;蒋洁琼;王明煌;曾勤;邱岳峰;邹俊;陈红丽;FDS team;;聚变裂变混合堆长寿命锕系废料嬗变处理的中子学优化分析[A];安徽新能源技术创新与产业发展博士科技论坛论文集[C];2010年
3 周绮凤;林成德;罗林开;彭洪;;一种基于黎曼度量的训练样本类不平衡SVM分类方法研究[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
4 王红霞;田国会;李晓磊;卜范骞;;基于地标信息融合的家庭环境机器人组合导航[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
5 顾小军;杨世锡;钱苏翔;;基于支持向量机的旋转机械多类故障识别研究[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
6 曹爱增;陈月婷;魏军;李金屏;;一种基于EDAs和聚类分析的杂合进化算法[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
7 孙燕;孙峥;黄鹍;;基于模拟退火机制的隔离小生境混合遗传算法[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
8 孙燕;孙峥;;利用正交遗传算法优化交通检测点分布[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
9 郭玉堂;刘路路;;基于佳点集遗传算法的边缘检测[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
10 刘向;邹逢兴;张湘平;高政;;面向节能的混合流水车间调度方法的研究[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 韩英鹏;多环境、多遗传背景下不同发育时期大豆籽粒重的QTL分析[D];哈尔滨师范大学;2010年
2 王勇;细基格孢属、匍柄霉属及其近似属的形态学与分子系统学研究[D];山东农业大学;2010年
3 王冰;降解丝素放线菌的分离鉴定、发酵条件优化及其降解机制研究[D];山东农业大学;2009年
4 于化龙;基于DNA微阵列数据的癌症分类技术研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
5 孙晓华;基于聚类的文本机会发现关键问题研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
6 梁洪;基于内容的医学图像检索及语义建模关键技术研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
7 殷志伟;基于统计学习理论的分类方法研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
8 孔凡芝;引线键合视觉检测关键技术研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
9 李晚龙;六自由度Stewart平台分散智能控制研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
10 李桃迎;交通领域中的聚类分析方法研究[D];大连海事大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 李智;梨抗黑星病类似基因Hcrp和启动子克隆与类受体蛋白分析[D];华中农业大学;2010年
2 魏礼玲;MYB转录因子家族相关EST干涉载体构建及遗传转化的研究[D];华中农业大学;2010年
3 杨堃;鹅CYP7A1基因克隆、表达调节及表达规律的研究[D];华中农业大学;2010年
4 李红;苏云金芽胞杆菌YBT1520杀虫晶体突变株的蛋白质组学分析[D];华中农业大学;2010年
5 陈卫卫;耐高温水稻资源高温诱导表达蛋白鉴定与分析[D];华中农业大学;2010年
6 蒋慧;改进的遗传算法在电力系统无功优化中的应用[D];安徽工程大学;2010年
7 陈建忠;潘三矿C13-1煤层掘进工作面敏感指标及临界值研究[D];河南理工大学;2010年
8 赫英毅;毫米波段基于TE_(21)模差网络设计[D];中国工程物理研究院;2009年
9 万成;动态环境下的元胞遗传算法研究[D];南昌航空大学;2010年
10 李坤;参数参与进化的自适应遗传算法研究[D];南昌航空大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 雷静,阮晓钢;DNA序列与剪接位点的关联性分析[J];北京工业大学学报;2004年03期
2 朱平;关于循环子半群的结构与数量问题及拟环的特征与结构[J];纯粹数学与应用数学;2002年03期
3 别墅,王坤波,孔繁玲,周有耀,邹美娟,王春英;棉花基因组重复序列研究进展[J];分子植物育种;2003年03期
4 崔凡,刘维达;HIV-1转录调控机制的研究进展[J];国外医学(皮肤性病学分册);2003年02期
5 聂胜洁;短串联重复序列的研究及应用[J];国外医学.遗传学分册;2002年05期
6 倪斌,李麓芸;mRNA选择性剪接与人类疾病[J];国外医学.遗传学分册;2005年01期
7 刘瑶;苏靖;杨春玲;肖军海;王莉莉;杨晓虹;李松;;抗艾滋病药物研究的新靶点[J];国际药学研究杂志;2008年01期
8 韦芳萍,陈光旨,戚继;生物信息学与重复序列分析[J];广西农业生物科学;2002年01期
9 邢贞琦,刘均洪;生物信息学新进展[J];湖北化工;2003年03期
10 高雷;戚继;孙健冬;郝柏林;;原核生物系统发生学与分类学的一致性:组份矢量树与原核生物分类系统的详尽比较[J];中国科学(C辑:生命科学);2007年04期
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 贺平安;DNA序列及蛋白质序列的分析与比较[D];大连理工大学;2003年
2 陈玲玲;原核与真核生物蛋白质编码区识别及基因组分析[D];天津大学;2004年
3 廖波;计算分子生物学中若干问题研究[D];大连理工大学;2004年
4 刘亮伟;木聚糖酶蛋白质序列分析、分子进化和分子模拟[D];江南大学;2005年
5 白凤兰;生物序列的图形表示及其应用[D];大连理工大学;2006年
6 李春;生物大分子的数学描述及其应用[D];大连理工大学;2006年
7 汪旭升;基于生物信息学方法分析基因家族及非编码序列的研究[D];浙江大学;2006年
8 张振慧;蛋白质分类问题的特征提取算法研究[D];国防科学技术大学;2006年
9 梁桂兆;生物序列表征体系构建及结构与功能关系研究[D];重庆大学;2007年
10 袁春欣;核酸序列的图形表示理论及应用[D];大连理工大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前6条
1 张勇;关于真核基因受体位点识别问题的研究[D];北京工业大学;2004年
2 张惜珍;DNA序列3D图形表示及进化树算法研究[D];湖南大学;2007年
3 杨莉;DNA序列4D表示及基因识别算法研究[D];湖南大学;2007年
4 刘利;真核生物中翻译起始位点与剪接位点的识别[D];内蒙古大学;2007年
5 薛依铭;基于机器学习方法的基因剪接位点识别研究[D];江南大学;2007年
6 黄倩;脊椎动物基因组的超级保守序列及剪接位点分析[D];天津大学;2008年
【二级引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 张堃;基于粒度下的蛋白质序列的分析[D];江南大学;2011年
2 李金良;基于序列组分与位点特征的基因功能位点识别[D];湖南农业大学;2012年
3 颜军;基于图形表示的蛋白质编码区识别方法研究[D];湖南大学;2011年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 董聪;广义遗传算法[J];大自然探索;1998年01期
2 梁化楼,戴贵亮;人工神经网络与遗传算法的结合:进展及展望[J];电子学报;1995年10期
3 陈国良,韩文廷;人工神经网络理论研究进展[J];电子学报;1996年02期
4 马光文,王黎;遗传算法在桁架结构优化设计中的应用[J];工程力学;1998年02期
5 程惠涛,黄文虎,姜兴渭,王日新;基于神经网络模型的故障预报技术的研究与应用[J];哈尔滨工业大学学报;1998年04期
6 梁艳春,王在申;人工神经网络BP算法密集型数据的预处理[J];吉林大学自然科学学报;1995年03期
7 董聪;郭晓华;;广义遗传算法的逻辑结构及全局收敛性的证明[J];计算机科学;1998年05期
8 刘克胜,曹先彬,郑浩然,王煦法;基于免疫算法的TSP问题求解[J];计算机工程;2000年01期
9 曹先彬,郑振 ,刘克胜,王煦法;免疫进化策略及其在二次布局求解中的应用[J];计算机工程;2000年03期
10 徐宜桂,史铁林,杨叔子,周轶尘;BP神经网络及其在结构动力分析中的应用研究[J];计算力学学报;1998年02期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 邹淑雪;黄艳新;李艳文;周春光;;一种基于支持向量机的蛋白质结构域边界预测方法[J];吉林大学学报(理学版);2008年05期
2 孙秋凤;;microRNA计算识别中的模式识别技术[J];计算机技术与发展;2010年06期
3 韩利;祁云嵩;王俊;;基于粗糙集的支持向量机微阵列数据分类方法[J];科学技术与工程;2009年01期
4 莫宏伟,金鸿章,王科俊;基于生物体系的计算智能研究[J];信息技术;2002年02期
5 潘金灯,郭腾冲,涂序彦北京科技大学;生物信息学中的智能模型[J];计算机工程与应用;2003年28期
6 张晓龙,杨艳霞;机器学习在生物信息学中的应用[J];武汉科技大学学报(自然科学版);2005年02期
7 李锦源;汪宏喜;黄晓慰;;一种基于SVM和LVQ神经网络的入侵检测方法[J];硅谷;2010年21期
8 纪兆华;赵洁茹;于静红;;基于模式识别技术的基因谱表达数据分析初探[J];科技资讯;2010年36期
9 王江晴;计算智能技术的分析与研究[J];中南民族学院学报(自然科学版);2001年04期
10 张红兵,赵杰煜,罗雪山;计算智能在多源信息融合中的应用研究[J];计算机应用研究;2003年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 陈婷婷;郭婷婷;李林;安冬;;基于生物信息学的功能蛋白基因序列分类研究[A];2011年全国通信安全学术会议论文集[C];2011年
2 陆文聪;钮冰;;基于数据挖掘的生物信息学研究进展[A];中国化学会第27届学术年会第15分会场摘要集[C];2010年
3 邹传新;李洪林;;基于序列的蛋白质-DNA相互作用分析与机器学习预测[A];中国化学会第28届学术年会第14分会场摘要集[C];2012年
4 李媛;崔尚金;李建伟;于康震;;分子生态学与生物信息学[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十一次学术研讨会论文集[C];2002年
5 申琦;石伟民;梅桢;;基因芯片数据解析算法研究[A];第十届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2009年
6 宋晓峰;钱志余;姜斌;;支持向量机SMO算法训练过程分析[A];中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集(下册)[C];2007年
7 卢学春;杨波;朱宏丽;姚善谦;;采用生物信息学方法优化依硫磷酸联合方案治疗MDS的应用研究[A];中国科协海峡两岸学术研讨会——2008血液肿瘤论坛会议会编[C];2008年
8 阮林;何颖;邹泽红;傅意玲;陈惠芳;陶爱林;;外源蛋白过敏原性生物信息学评价[A];中华医学会2010年全国变态反应学术会议暨中欧变态反应高峰论坛参会指南/论文汇编[C];2010年
9 冯文龙;赵清杰;;基于遗传算法的DNA多序列比对问题[A];2007年中国智能自动化会议论文集[C];2007年
10 康晓东;;生物信息学及其研究对象[A];2003年全国医学影像技术学术会议论文汇编[C];2003年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 本报记者 李恩青;生物信息学:促动BT与IT双赢[N];中国高新技术产业导报;2001年
2 刘义;生物信息学产业浮出水面[N];中国高新技术产业导报;2000年
3 英潮;生物信息学演绎“变脸”[N];中药报;2002年
4 中科院院士 强伯勤;生物信息学蕴有巨大效益[N];光明日报;2002年
5 白毅;加强生物信息学建设推动人类基因组研究[N];中国医药报;2002年
6 周颖;李梢:生物信息学为证候研究提供新视角[N];中国中医药报;2006年
7 中国科学院院士 张春霆 郝柏林;生物信息学孕育大产业[N];经济日报;2000年
8 刘丽丽;高性能计算为生物信息学加速[N];计算机世界;2007年
9 严飞;生物信息学 新世纪的新科学[N];大众科技报;2002年
10 张亚东;“交点”上的舞蹈[N];计算机世界;2002年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 彭司华;计算智能在生物信息学中的应用研究[D];浙江大学;2004年
2 杜伟;机器学习及数据挖掘在生物信息学中的应用研究[D];吉林大学;2011年
3 刘太岗;机器学习方法在生物信息学中的应用[D];大连理工大学;2010年
4 李庆国;水文水资源系统计算智能评价与预测方法研究[D];大连理工大学;2004年
5 于晓庆;基于支持向量机的生物数据分析方法研究[D];上海师范大学;2012年
6 张敏;生物信息学中多序列比对等算法的研究[D];大连理工大学;2005年
7 曾智勇;猪呼肠孤病毒SC-A株的分离鉴定及全基因组cDNA文库的构建和分子遗传特征分析[D];四川农业大学;2006年
8 肖庆;硬粒小麦硒蛋白的生物信息学研究[D];华中科技大学;2008年
9 张革新;α-淀粉酶性能与结构关系的生物信息学研究[D];江南大学;2005年
10 李艳芸;HLA-DRB1基因编码区SNPs的分析及其与宫颈癌的相关性研究[D];天津医科大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 詹超;支持向量机在基因表达数据分类中的研究[D];武汉理工大学;2006年
2 张海霞;蛋白质二级结构预测方法研究[D];大连理工大学;2004年
3 闵瑞隽;基于支持向量机的在全基因组范围内建立预测调控网络的研究[D];上海师范大学;2009年
4 陆克中;基于机器学习的多聚脯氨酸二型结构预测[D];江南大学;2005年
5 李翔;用决策树方法预测酵母蛋白质复合物[D];上海师范大学;2005年
6 苗东博;基于支持向量机的MR图像颅内组织识别的研究[D];河北工业大学;2011年
7 刘艳伟;支持向量机方法在感潮河段洪峰水位预报中的应用[D];浙江大学;2010年
8 杨镭;支持向量机算法设计及在高分辨雷达目标识别中的应用[D];国防科学技术大学;2010年
9 童振;基于支持向量机的电解液成分预测[D];东北大学;2008年
10 李萍;基于基因表达数据的胃癌特征基因选取研究[D];北京工业大学;2009年
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