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《浙江大学》 2005年
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家蚕(Bombyx mori) triosephosphate isomerase和transformer-2基因的克隆与染色体定位研究

牛宝龙  
【摘要】:生物信息学(Bioinformatics)是近年来在生命科学领域由分子生物学和计算机信息处理技术相结合的一个交叉学科,它的基本出发点是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。 随着家蚕基因组序列的完全解读,家蚕分子生物学数据库信息积累将越来越多,家蚕EST数据库中已有近12万条序列,利用已经获得的大量EST、cDNA克隆和基因组序列等生物信息资源对家蚕基因组中所包含的约2万多个基因的功能进行研究,是家蚕功能基因组研究的主要任务,而建立在生物信息数据库基础之上的电子克隆技术是进行功能基因研究的有效手段。 本文通过对家蚕EST数据库的检索筛选,克隆了家蚕生命活动过程中的两个关键基因,预测了它们的功能;并利用它们各自的生物信息资源对它们的表达调控和染色体定位进行了研究。研究结果如下: 1 家蚕磷酸甘油醛异构酶基因(Bmtpi)的克隆与染色体定位分析 以长翅蝶磷酸甘油醛异构酶(tpi)基因cDNA序列为探针,对家蚕EST数据库进行同源检索筛选,克隆了家蚕磷酸甘油醛异构酶(Bmtpi)基因的cDNA序列,基因全长1,051bp。通过NCBI的ORF finder服务器对所获得的cDNA序列进行开放阅读框架(ORF)分析,结果发现其开放阅读框架位于第95~839位,推测编码248个氨基酸。为了验证所克隆Bmtpi基因cDNA序列的正确性,在其起始密码子区域和终止密码子区域设计特异引物,经RT-PCR克隆、序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。 通过设计特异引物,克隆到全长为2,875bp的家蚕Bmtpi基因组序列(GenBank登记号为AY734490)。通过与cDNA序列进行比对,发现家蚕Bmtpi基因组序列内有5个内含子,且剪切位置均符合“GT-AG法则”,大小分别为580bp、297bp、103bp、1,187bp和333bp;还有6个外显子大小分别为66bp、120bp、112bp、110bp、207bp和319bp,其ORF横跨5个外显子。分析家蚕Bmtpi基因ORF上游700bp基因组DNA序列的启动子区域,结果发现存在1个启动子,位于第267~317位,可能性为0.81,没有发现典型的TATA-box和CAAT-box。 家蚕Bmtpi基因编码248个氨基酸的蛋白质(BmTPI),在蛋白质数据库中进
【学位授予单位】:浙江大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:Q785;S881.2

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【引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 白大章;李桂芳;董慧芹;邱巍;杨小亮;陈芳;马润林;高剑峰;;中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区349I12 BAC克隆插入片段基因组成与结构分析[J];西北农业学报;2011年08期
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 白大章;中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区段349Ⅰ12 BAC克隆基因组成与结构分析[D];石河子大学;2011年
2 王海龙;家蚕限性卵色系Chr.10→W染色体易位片段分析[D];浙江师范大学;2010年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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9 沈以红,程道军,查幸福,夏庆友,向仲怀;家蚕脂肪体组织基因表达谱的研究 Ⅰ.家蚕5龄中期幼虫脂肪体组织基因表达分析[J];蚕业科学;2004年01期
10 颜新培,钟伯雄,曹家树,徐孟奎,沈飞英,姚国华;家蚕催青期胚胎蛋白质图谱的建立[J];蚕业科学;2004年01期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 郭苗莉,朱江波,陈蓉芳,张天宝;应用基因表达谱芯片研究MNNG诱致小鼠胚胎畸形肢体基因表达的变化[J];癌变.畸变.突变;2005年02期
2 安社娟;陈家;陈华洁;常薇;刘莉莉;赵艳丰;陈学敏;;反式二羟环氧苯并(a)芘相关新基因brg的全长克隆[J];癌变.畸变.突变;2006年04期
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5 李晓晓;李蕊;李雅轩;蔡民华;胡英考;;日本百脉根■牛儿基■牛儿基氢化酶的电子克隆及进化分析[J];安徽农业科学;2006年23期
6 孟宪萍;李晓晓;李雅轩;蔡民华;胡英考;;日本百脉根γ-生育酚甲基转移酶基因的电子克隆及进化分析[J];安徽农业科学;2006年24期
7 林青松;刘朝良;;家蚕与柞蚕的基因组RAPD分析[J];安徽农业科学;2007年09期
8 黎欢吉;彭云武;楚渠;胡必利;;DNA分子标记技术在野桑蚕上的研究进展[J];安徽农业科学;2007年18期
9 张树林;何德;朱高浦;刘杰;莫鹏巧;;生物信息学在农业上的应用[J];安徽农业科学;2007年22期
10 王磊;黄德辉;孙家羿;漆学文;李圣;;基因突变在家蚕育种应用上的研究进展[J];安徽农业科学;2007年34期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 管蕊;沈中元;唐旭东;徐莉;朱峰;陶恒平;陈大睿;;感染BmNPV家蚕中肠组织cDNA文库的构建[A];中国蚕学会商品性小蚕饲养规程和蚕病防控学术研讨会论文集[C];2010年
2 庄绪静;曹雅忠;李克斌;尹姣;;同源建模和分子对接方法的应用与发展[A];植保科技创新与病虫防控专业化——中国植物保护学会2011年学术年会论文集[C];2011年
3 栾德琴;常国斌;陈国宏;;隐性白鸡不同时期肌肉组织生长相关基因的表达谱分析[A];安全优质的家禽生产——第十五次全国家禽学术讨论会论文集[C];2011年
4 王岩;张宝玺;张延国;张国裕;王立浩;徐有明;王晓武;;辣椒C基因全长序列的获得及同源序列比较[A];中国园艺学会第十届会员代表大会暨学术讨论会论文集[C];2005年
5 张国裕;康俊根;张延国;程智慧;王晓武;;青花菜花药发育相关基因BoDHAR及其启动子区的克隆与分析[A];中国园艺学会第十届会员代表大会暨学术讨论会论文集[C];2005年
6 冯德芹;郭尧君;;双向电泳在农业和林业中的最新应用[A];第三届科学仪器前沿技术及应用学术研讨会论文集(二)[C];2006年
7 钟伯雄;张金卫;;蛋白质组研究[A];中国蚕学会第三届青年学术研讨会暨浙江省第二届青年学术论坛——蚕桑分论坛论文集(上册)[C];2001年
8 颜海燕;钟伯雄;沈飞英;陆云翀;;家蚕胚胎蛋白质双向电泳样品制备方法探讨[A];中国蚕学会第三届青年学术研讨会暨浙江省第二届青年学术论坛——蚕桑分论坛论文集(上册)[C];2001年
9 牛宝龙;孟智启;翁宏飙;沈卫锋;吕顺霖;;利用EST数据库资源克隆家蚕(Bombyx mori)磷酸甘油醛异构酶基因[A];中国蚕学会第四届青年学术研讨会会议论文集[C];2004年
10 李木旺;侯成香;苗雪霞;徐安英;孙平江;张月华;黄勇平;;用ISSR方法进行家蚕品种间的分子系统学研究[A];中国蚕学会第四届青年学术研讨会会议论文集[C];2004年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 张升祥;家蚕气味结合蛋白基因的研究[D];山东农业大学;2009年
2 贺厚光;双调控溶瘤腺病毒携带超抗原SEA基因治疗前列腺癌基础研究[D];苏州大学;2010年
3 郑小坚;家蚕类胰岛素基因BBX-B8的功能研究[D];苏州大学;2010年
4 郭新军;拟黑多刺蚁肌细胞增强因子2与肌钙蛋白Ⅰ亚基基因的克隆及其在发育中的表达研究[D];陕西师范大学;2010年
5 曾兴权;小麦抗条锈病种质的鉴定及其抗性相关基因的差异表达和克隆[D];西北农林科技大学;2010年
6 顾全;基于集成智能的膜蛋白受体结构与功能研究[D];东华大学;2010年
7 周晖;自由搜索算法及其在传感器网络中的应用[D];东华大学;2010年
8 刘小民;华北大黑鳃金龟中肠cDNA文库的构建及其围食膜靶标蛋白的分离与鉴定[D];河北农业大学;2011年
9 邓党军;家蚕脂肪体特异启动子BmLSP、BmLP3的克隆、鉴定及应用[D];西南大学;2011年
10 郭意;家蚕核苷酸多态性和选择印迹及驯化历史[D];西南大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 朱银城;猪PGM1基因的序列、表达谱及多态性分析[D];华中农业大学;2010年
2 朱冬梅;盐碱胁迫下星星草(Puccinellia tenuiflora)根部转录应答的初步分析[D];哈尔滨师范大学;2010年
3 郑碧;家蚕小热休克蛋白22.6的克隆表达与功能初步分析[D];浙江理工大学;2010年
4 庄文华;家蚕ras oncogene (Bras2)的表达、纯化以及特性分析[D];浙江理工大学;2010年
5 汲生芝;家蚕新基因Bm29的表达分析及亚细胞定位研究[D];浙江理工大学;2010年
6 马良;家蚕BmIBP基因的原核表达及其亚细胞定位研究[D];浙江理工大学;2010年
7 李婷婷;家蚕BmNADHb5的表达分析及其亚细胞定位[D];浙江理工大学;2010年
8 刘靓珏;家蚕RPA43相关基因(BmRPA43 N)的克隆表达及定位分析[D];浙江理工大学;2010年
9 杨光;家蚕BYB基因的表达及其功能分析[D];浙江理工大学;2010年
10 徐红明;小麦抗白粉病相关基因的克隆与分析[D];郑州大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 刘云芳,剡根强,王新峰;家畜MHC的研究进展及其在遗传育种中的应用[J];黄牛杂志;2004年02期
2 禹文海;鲁绍雄;;牛MHC(BoLA)基因的研究进展[J];中国牛业科学;2007年01期
3 魏丽君;石国庆;柳楠;王晓申;代荣;任航行;;家畜MHC及其抗病性研究概况[J];草食家畜;2007年01期
4 祝新荣,何克荣,夏建国,黄健辉;蚕性别控制系列品种性状介绍[J];蚕桑通报;1997年03期
5 孟智启;雄蚕产业化发展战略的思考[J];蚕桑通报;2001年02期
6 何克荣,祝新荣,柳新菊;雄蚕品种的几个茧质性状遗传效应分析[J];蚕桑通报;2002年03期
7 黄君霆;家蚕染色体工程及其应用研究 Ⅰ·Z和W染色体间易位系统的作成[J];蚕业科学;1984年01期
8 夏庆友,周泽扬,鲁成,冯丽春,向仲怀;家蚕RAPD的扩增条件、重复性及遗传模型研究[J];蚕业科学;1996年01期
9 王磊;钟生泉;林健荣;;雄蚕研究的进展[J];广东蚕业;1998年02期
10 陈永玲;王昌富;;MHC-I链相关基因A的生物学特性及与疾病的关联[J];国际检验医学杂志;2006年05期
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 邱巍;杨小亮;岳远瑞;李涛;剧乐乐;高剑峰;;中国美利奴细毛羊MHC Class Ⅱa区段的基因组成分析与表达[J];西北农业学报;2013年01期
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 董合忠,李维江,唐薇,李振怀;2个彩色棉材料的农艺性状和纤维发育特点研究[J];山东农业科学;2002年04期
2 詹显全,陈主初,关勇军,李萃,何春梅,梁宋平,谢锦云,陈平;双向凝胶电泳-飞行时间质谱法分析人肺鳞癌细胞NCI-H520蛋白质组成分[J];癌症;2001年06期
3 洪靖君,詹永乐,陈复生,段家龙;家蚕多倍体发生与染色体观察分析[J];安徽农业大学学报;2001年01期
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5 孙红英,张锡然,苏翠荣,谢小燕,王进,高峰;蜉蝣目昆虫染色体制备方法探讨[J];动物学杂志;1998年02期
6 毕秀兰;王世华;段兆祥;屠容珍;;蚕品种抗氟性及其与主要数量性状的相关[J];蚕桑通报;1988年03期
7 黄君霆;蚕分子育种的研究[J];蚕桑通报;1995年01期
8 刘国振;限制性片段长度多态性(RFLP)及其在作物育种中的应用[J];河北农业大学学报;1990年04期
9 蒋同庆;;从遗传侵蚀谈到家蚕基因库与我国家蚕品种保育问题[J];蚕学通讯;1984年02期
10 曹阳;唐任天;章潜才;唐维六;;家蚕后部丝腺离体线粒体的制备及其电镜制样技术的改良[J];蚕学通讯;1986年04期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 李斌;家蚕分子连锁图谱的构建和低分子量热激蛋白基因的克隆与特异表达[D];西南农业大学;2001年
【相似文献】
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 ;Establishment and Characterization of an Ovarian Cell Line of the Silkworm,Bombyx mori[A];中国蚕学会第六届家蚕和柞蚕遗传育种学术研讨会论文集[C];2009年
2 ;Cloning and Spatiotemporal Expression Analysis of Bombyx Mori elav,an Embryonic Lethal Abnormal Visual Gene[A];中国蚕学会第六届青年学术研讨会论文集(1)[C];2009年
3 ;Cloning and Expression Profile of Deoxyhypusine Snyhtase Gene and Deoxyhypusine Hydroxylase Gene in silkworm,Bombyx mori[A];中国蚕学会第六届青年学术研讨会论文集(1)[C];2009年
4 ;Sequence and phylogenetic analysis of the complete mitogenome of Bombyx mandarina strain Qingzhou[A];中国蚕学会第六届青年学术研讨会论文集(1)[C];2009年
5 ;The roles of BmSRF gene in patterning the wing of silkworm,Bombyx mori[A];中国蚕学会第六届家蚕和柞蚕遗传育种学术研讨会论文集[C];2009年
6 ;Characterization of the Complete Mitochondrial Genome of the Giant Silkworm Moth,Eriogyna pyretorum (Lepidoptera:Saturniidae)[A];中国蚕学会第六届青年学术研讨会论文集(1)[C];2009年
7 ;Analysis of the phylogenetic of nanos genes family and their function in BmE-SWU1 cell line[A];中国蚕学会第六届青年学术研讨会论文集(1)[C];2009年
8 ;RNAi of AbdB Gene in the Silkworm Embryo[A];中国蚕学会第六届青年学术研讨会论文集(1)[C];2009年
9 ;The UDP-glucosyltransferase multigene family in Bombyx mori[A];中国蚕学会第六届青年学术研讨会论文集(1)[C];2009年
10 刘彬斌;刘俊凤;陈义安;;家蚕抗热性分子检测研究[A];中国蚕学会第八届暨国家蚕桑产业技术体系家(柞)蚕遗传育种及良种繁育学术研讨会论文集[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 杨静文;家蚕corazonin受体信号转导机制及生理功能的研究[D];浙江大学;2013年
2 高志宏;几个家蚕丝蛋白合成关键基因的表达调控[D];西南大学;2010年
3 吴萍;家蚕感染质型多角体病毒差异表达基因研究[D];中国农业科学院;2010年
4 侯成香;家蚕感染白僵菌差异表达基因研究[D];江苏科技大学;2012年
5 Bhaskar Roy(若伊);几种动物抗原在家蚕体内表达及shRNA体内外表达提高家蚕对核型多角体病毒抗性的研究[D];浙江大学;2012年
6 夏定国;云斑天牛纤维素酶Ⅱ转基因家蚕的制作及其相关特性研究[D];西南大学;2013年
7 梁湘;家蚕核型多角体病毒分子流行病学调查及宿主特异性研究[D];广西大学;2012年
8 侯赛尼;家蚕耐高温相关热激蛋白的研究[D];浙江大学;2009年
9 李明乾;家蚕传染性软化病病毒翻译起始机制的研究[D];浙江大学;2012年
10 岳万福;基于家蚕杆状病毒表达系统表达外源基因研究[D];浙江大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 韩剑秋;家蚕BmeIF4E基因的克隆、表达及功能分析[D];浙江理工大学;2010年
2 刘召部;利用酵母双杂交技术筛选与BmDNV-Z病毒蛋白互作的家蚕中肠细胞蛋白[D];浙江大学;2011年
3 刘巍;中国家蚕蛾属的系统分类学研究[D];湖南农业大学;2012年
4 刘品彦;家蚕突变种nb定位克隆研究[D];西南大学;2010年
5 陈晓平;家蚕30kD载脂蛋白19G1的表达和功能的初步研究[D];浙江理工大学;2010年
6 李春凤;家蚕Wibg基因的表达与定位分析功能的初步研究[D];浙江理工大学;2010年
7 管蕊;利用酵母双杂交系统筛选与BmNPVPE38和VLF-1相互作用的蛋白[D];江苏科技大学;2012年
8 李婷婷;家蚕BmNADHb5的表达分析及其亚细胞定位[D];浙江理工大学;2010年
9 曾凤辉;家蚕新基因BmEm4的克隆,表达与功能研究[D];浙江理工大学;2010年
10 武慧兰;家蚕translin蛋白的初步研究[D];浙江理工大学;2010年
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