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《浙江大学》 2005年
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SARS冠状病毒的基因组变异与进化研究

商磊  
【摘要】:2003年3月,一种新的冠状病毒(CoV)—SARS冠状病毒被确认为引起SARS(severe acute respiratory syndrome)的病原。在本研究中,我们获取了10株直接来源SARS病人 粪便或咽拭子样本及其细胞传代培养物的SARS-CoV全基因组序列,并会同公共数据 库中的115株SARS-CoV基因组序列进行了系统地比较分析。以GZ02序列为参照,发 现266个在2个以上基因组中同时存在的单核苷酸多态(SNP)位点。这些多态位点在 SARS-CoV基因组中呈偏态分布。同时发现了18种主要的缺失类型和2种主要的插入 类型,定义了2种与发病时期及致死率相关的基因型。S蛋白在发病早期受到最大的正 向选择压力,然后逐步稳定下来。我们应用邻位连接法(neighbor-joining)构建了125株 SARS-CoV的亲缘树。通过来源于同一病人的直接取样样本及其细胞传代培养物的 SARS-CoV基因组序列对比分析发现,在细胞培养过程中SARS-CoV基因组序列几乎 不会产生突变,但取样时间策略将会影响这一过程。推测这种现象有可能是由于细胞传 代培养过程会选择出某种优势株病毒造成的。
【学位授予单位】:浙江大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2005
【分类号】:R373

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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 岳俊杰,汪莉,王月兰,李北平,梁龙,俞炜源,黄培堂;SARS病毒S蛋白三维结构预测[J];生物技术通讯;2003年05期
2 孟夏,胡放,邱祺宏,叶迅,梁旻,陈红专;SARS基因治疗的核苷酸干扰(siRNA)策略[J];中国药理学通报;2003年07期
3 陈蕴佳,高歌,鲍一明,Rodrigo LOPEZ,吴健民,蔡涛,叶志强,顾孝诚,罗静初;SARS冠状病毒全基因组序列初步分析[J];遗传学报;2003年06期
【共引文献】
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1 梁颖茵;张成;陈松林;冯善伟;;3号外显子缺失后dystrophin蛋白空间结构和功能改变[J];南方医科大学学报;2008年06期
2 李新;SARS病毒的基因组研究概述[J];怀化学院学报;2004年05期
3 王瑾,王昆,陈,徐艳萍,周践,周筱青,王睿;重症SARS患者应用甲基强的松龙注射剂时机对疗效和不良反应影响[J];解放军药学学报;2005年01期
4 王昆;王瑾;陈騉;徐艳萍;周践;周筱青;王睿;;甲基强的松龙剂量对重症SARS患者疗效和不良反应影响[J];解放军药学学报;2005年06期
5 王艳,马文丽,郑文岭;SARS冠状病毒的密码子偏爱性分析[J];生命科学研究;2003年03期
6 吴淑珍,张洪勤,包其郁,毕云天,黄慧聪;SARS冠状病毒S蛋白S1片段基因克隆和变异分析[J];温州医学院学报;2005年01期
7 张洪勤,吴淑珍,毕云天,包其郁;SARS冠状病毒Orf3和Orf4的克隆和分析[J];温州医学院学报;2005年01期
8 王睿,周筱青,董军,魏荣,陈騉,周践,曹秀堂,周亚春,王瑾,郭代红,王洁松,朱秀美,梁蓓蓓,徐艳萍,周先志;SARS患者药品不良反应的分析研究[J];中国药理学通报;2004年12期
9 张文广 ,李金泉 ,周欢敏;冠状病毒的新成员——SARS-CoV的基因组特性[J];遗传学报;2003年06期
10 罗阳,姜莉,敖雪,吕志,刘恒丹,徐岩,敖杨,任群,鲁翀,徐惠绵,张学;SARS冠状病毒S蛋白候选细胞受体氨基肽酶N的基因变异研究[J];遗传学报;2003年07期
中国博士学位论文全文数据库 前5条
1 陈廷贵;22周孕龄人胎肝转录组及SARS-CoV(BJ-01)基因组的生物信息学研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2005年
2 肖绚;基于粗粒化元胞自动机在生物序列与动力学的模型研究[D];东华大学;2006年
3 徐东平;SARS冠状病毒的临床检测和基因变异分析研究[D];中国人民解放军军医进修学院;2006年
4 付荣泉;TGF-β_1siRNA对肝星状细胞生物学活性影响的实验研究[D];中南大学;2006年
5 王于杰;SPR生化分析系统在SARS病毒检测中的应用研究[D];中国科学院研究生院(电子学研究所);2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前6条
1 李洋;SARS核衣壳蛋白表达、纯化及单克隆抗体的制备[D];吉林大学;2005年
2 李玉斌;SARS小包膜蛋白表达、纯化及单克隆抗体的制备[D];吉林大学;2006年
3 李新伦;人cubilin蛋白突变体的构建与功能研究[D];第三军医大学;2006年
4 马恩普;皮质类固醇激素性青光眼大鼠眼内AQP1和AQP4表达的实验研究[D];郑州大学;2006年
5 高芳銮;水稻瘤矮病毒P8、Pns10基因的原核表达及生物信息学分析[D];福建农林大学;2006年
6 张广宇;口蹄疫病毒3A蛋白结构预测及功能分析[D];中国农业科学院;2007年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 叶迅,孟夏,董继斌,梁旻,胡放,陈红专;严重急性呼吸道综合征冠状病毒疫苗研究现状[J];生物化学与生物物理进展;2003年03期
2 方宏清,陈惠鹏;冠状病毒S蛋白的结构和功能[J];生物技术通讯;2003年03期
3 张文广 ,李金泉 ,周欢敏;冠状病毒的新成员——SARS-CoV的基因组特性[J];遗传学报;2003年06期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 赵卓,何维明,秦鄂德;SARS冠状病毒与动物冠状病毒的分子生物学研究进展[J];动物医学进展;2005年08期
2 刘家森,陈淑红,刘怀然,孟庆文,庞海,孔宪刚;SARS冠状病毒非结构蛋白Nsp的原核表达[J];中国病毒学;2005年05期
3 谭毅,卓家同,刘巍,杨庆利;广西野生动物SARS冠状病毒的感染状况及其意义[J];中国媒介生物学及控制杂志;2005年03期
4 段招军;黄灿平;瞿小旺;谢志萍;漆正宇;高寒春;彭夫望;刘文培;侯云德;;中国内陆发现HCoV-HKU1感染及N和S蛋白基因序列及进化分析[J];病毒学报;2006年04期
5 陶伟英,张静,朱玉芝,王开利,刘彦成;SARS冠状病毒纤突蛋白的分子生物学研究进展[J];中国兽医科技;2005年06期
6 邹晓菊,岑晓江,卢大儒;CYP1 A1多态性在上海人群中的分布[J];昆明师范高等专科学校学报;2004年04期
7 王英;张莹;史俊南;;牙本质磷蛋白基因突变和序列多态性分析[J];牙体牙髓牙周病学杂志;2006年06期
8 赵卫;龙北国;张文炳;;SARS冠状病毒的起源研究进展[J];微生物学通报;2006年03期
9 戴穹;;中国汉族人群补体C6 A413C单核苷酸多态性的研究[J];泸州医学院学报;2006年05期
10 张程;焦肖霞;成永强;李正平;;支化滚环扩增均相光散射检测单核苷酸多态性[J];分析化学;2011年07期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 武淑兰;李渊;;DNMT3B基因启动子-149位单核苷酸多态性与急性白血病的关系[A];第九届全国实验血液学会议论文摘要汇编[C];2003年
2 郑涓;;SIRT1单核苷酸多态性与中国武汉地区汉族人群超重的相关性研究[A];中华医学会第十次全国内分泌学学术会议论文汇编[C];2011年
3 高英堂;刘娟娟;杜智;王伟丽;刘彤;王毅军;杨斌;;IL-10、ALDH2单核苷酸多态性与肝病的相关性研究[A];天津市生物医学工程学会第29届学术年会暨首届生物医学工程前沿科学研讨会论文集[C];2009年
4 周庆辉;王金花;黄秀峰;林朝文;杨园园;吴联滔;吴玉梅;;MMP14基因单核苷酸多态性在广西百色地区壮族人群中的分布[A];中国解剖学会2011年年会论文文摘汇编[C];2011年
5 刘娟娟;高英堂;杜智;杨斌;经翔;王毅军;王凤梅;刘彤;;IL-10基因启动子区单核苷酸多态性与HBV感染后疾病转归的研究[A];天津市生物医学工程学会第30次学术年会暨生物医学工程前沿科学研讨会论文集[C];2010年
6 郝萍;金艳花;杨康鹃;;KCNJ11基因单核苷酸多态性与胰岛素分泌异常(英文)[A];中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会论文摘要汇编[C];2011年
7 王金花;黄秀峰;周庆辉;林朝文;杨园园;韦叶生;黄昌盛;吴联滔;吴玉梅;何兰凤;;广西百色地区壮族妇女脂联素基因单核苷酸多态性与骨密度的关系研究[A];中国解剖学会2011年年会论文文摘汇编[C];2011年
8 克丙申;张胜兰;邢万佳;黄象艳;周仲玲;徐军;齐发莲;;中国人(山东地区)HLA-DPB1基因单核苷酸多态性的初步研究[A];山东免疫学会、山东微生物学会医学微生物学专业委员会、山东省医学会微生物学和免疫学专业委员会、山东省医药生物技术学会2001年学术年会论文汇编[C];2001年
9 王海振;郝萍;李迪;王伟杰;咸哲民;朴禹;金雄吉;崔正伟;杨康鹃;;KCNJ11基因单核苷酸多态性与2型糖尿病关系的研究[A];中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会论文摘要汇编[C];2011年
10 彭霞;陈海炎;雷明明;张细权;;鸡IGF-Ⅰ基因单核苷酸多态性与生产性能的相关分析[A];第十次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 记者 张荔子;我国启动人类单核苷酸多态性研究[N];健康报;2000年
2 常丽君;人类全基因组变异检测结果首次发布[N];科技日报;2011年
3 王艳明;SARS冠状病毒抗体金标快速诊断试剂盒通过专家鉴定[N];医药经济报;2004年
4 本报记者 周芹 郑瑶;丝路驼铃再度唱响[N];重庆日报;2008年
5 ;我国成功解析SARS冠状病毒蛋白酶三维结构[N];新华每日电讯;2003年
6 罗政;中美合作研究SARS冠状病毒取得进展[N];中国医药报;2004年
7 记者 游雪靖;我国启动人类单核苷酸多态性研究计划[N];科技日报;2000年
8 杨霞 王攀;专家确认果子狸为SARS冠状病毒主要载体[N];医药经济报;2004年
9 吴志军;单核苷酸多态性影响乙肝慢性化[N];健康报;2004年
10 杨霞;中国科学家成功解析SARS冠状病毒进化规律[N];人民日报;2004年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 余自强;抗血小板胶原受体糖蛋白VI单克隆抗体的制备和功能研究[D];苏州大学;2005年
2 史丽;人类CYP2A13基因SNPs及其与喉、咽、鼻恶性肿瘤危险性的相关性研究[D];山东大学;2005年
3 刘丽波;精神分裂症相关基因的遗传学研究[D];吉林大学;2006年
4 汪颖;单体型和基因型问题的优化模型和算法[D];大连理工大学;2007年
5 刘洋;ACSL基因家族与精神分裂症的相关研究[D];吉林大学;2008年
6 富强;胆囊收缩素A受体基因的多态性与偏执型精神分裂症的关系[D];中国协和医科大学;2008年
7 罗培芬;多巴胺D2受体基因多态性与偏执型精神分裂症的关联研究[D];中国协和医科大学;2008年
8 季从亮;鸡肉IMP含量相关候选基因SNP筛查及其用于地方鸡种群体遗传结构分析的研究[D];扬州大学;2005年
9 李会晨;遗传性非息肉病性结直肠癌的分子遗传及临床病理研究[D];第二军医大学;2005年
10 李艳芸;HLA-DRB1基因编码区SNPs的分析及其与宫颈癌的相关性研究[D];天津医科大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 商磊;SARS冠状病毒的基因组变异与进化研究[D];浙江大学;2005年
2 吕纳强;HLA-DQ基因与大动脉炎[D];中国协和医科大学;2007年
3 吴水晶;β防御素1基因启动子区域-688G/C单核苷酸多态性与重症脓毒症发生发展的相关性研究[D];浙江大学;2008年
4 王丹妮;COMT基因遗传多态性与汉族人白癜风易感性关联分析[D];安徽医科大学;2009年
5 张来军;Oligophrenin-1基因单核苷酸多态性与秦巴山区智力及精神发育迟滞的关联分析[D];西北大学;2005年
6 李培凯;5-HT1B受体基因G861C、A-161T位点多态性与基诺族酒依赖相关性研究[D];昆明医学院;2007年
7 余兴华;生长激素受体基因单核苷酸多态性在下颌前突与正常下颌人群中的分布比较[D];重庆医科大学;2007年
8 邢丽丽;MMP9和COX2基因多态性与结直肠癌易感性的关联研究[D];中国医科大学;2008年
9 宋新建;PRKCH基因单核苷酸多态性与脑梗死遗传易患性研究[D];南京医科大学;2008年
10 周伟;单体型组装加权最小字符翻转问题参数化算法研究[D];中南大学;2008年
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