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《浙江大学》 2006年
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两种侵染萝卜的双链RNA病毒研究

陈亮  
【摘要】:从杭州市郊采集若干株叶片有黄边的一品红萝卜植株,利用抽提dsRNA的方法从叶片中获得4条大小在1400-2000bp范围的dsRNA条带。从叶片中提取病毒粒子,在电镜下观察到一种直径在28-30nm之间的球状病毒粒子。对病毒粒子进行核酸提取,结果显示病毒基因组为dsRNA形式,且条带的数目和大小与直接从叶片上提取的条带一致,显示该四条dsRNA均来源于病毒本身。此外,在某些萝卜样品中只发现含有两条较大的dsRNA。 利用经修改的SPAT和RT-PCR方法获得全部dsRNA条带的cDNA。克隆和测序的结果显示两条较大的dsRNA条带分别为1866 bp和1791 bp,被命名为RasR 1和RasR 2(Raphanus Sativus RNA)。软件分析显示RasR 1和RasR 2在正链中都含有一个ORF,编码的蛋白分子量分别为66.9和55.9 kDa。在GenBank数据库中通过BLAST-P程序搜寻序列与之相似的蛋白并以此推测RasR 1和RasR 2的功能。结果显示有26条蛋白的序列与RasR 1编码的蛋白有同源性且这26条蛋白均为Partitiviridae成员所编码的RdRp序列;对RasR 1及相似蛋白序列进行联配分析,结果显示RasR 1编码的蛋白也含有所有Partitiviridae成员RdRp序列所特有的6个保守区。对RasR 2进行搜索发现四条序列相近的蛋白,且均为同科病毒编码的CP序列。以上分析表明RasR 1与RasR 2的功能分别是编码侵染萝卜病毒的RdRp和CP。另外,RasR 1与RasR 2的5'端UTR高度保守,并含有相同的5'末端序列(5'-AGAAAAAUUU-3');另一方面,两条序列的3'末端都含有一段富含A/U的区域,并都以5'-AAAAUAAAACC-3'结尾。 根据5%聚丙烯酰胺凝胶电泳的结果,两条较小的dsRNA条带含量远低于RasR 1与RasR 2。克隆测序结果显示最小的电泳条带RNA 4实际包含两条独立的dsRNA。它们与RNA 3根据分子量的由大到小的顺序被命名为RasR 3、RasR 4和RasR 5。RasR3的长度为1717 bp,正链含有一个ORF,能够编码一个约为55.3 kDa蛋白。BLAST-P搜索结果显示该蛋白也与10条Partitiviridae成员的RdRp序列具有同源性,并含有全部6个保守区。RasR 4与RasR 5的长度分别1521 bp和1486 bp。两条序列的正链都含有一个ORF,编码的蛋白分子量分别为38.2 kDa与38.8 kDa,但在GenBank数据库中未发现与RasR 4和RasR 5或与它们编码的蛋白相似的核苷酸或氨基酸序列,因此这两条序列的功能目前未知。RasR 3、RasR 4和RasR 5的5'UTR高度保守,且含有相同的5'末端(5'-GAUAAUG-3'),但与RasR 1和RasR 2的5'UTR显著不同。
【学位授予单位】:浙江大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2006
【分类号】:S436.31

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