收藏本站
《浙江大学》 2007年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

格子区组设计及其在DNA库筛选中的应用

张如聪  
【摘要】: 在分子生物学里,群试是一个实验设计的基本工具。例如,用来有效的在DNA库中筛选出包含某些特定因子的正的克隆。格子区组设计正是诞生于此,这个概念第一次由Fu,Hang,Jimbo,Mutohand和Shiue提出。每一个r×c的格子区组就是一个r×c的格子。我们把每个格子的每一行和每一列分别看成一次测试,把每一个要测试的克隆放在行和列的交点,这大大减少了实验的次数以及节省了所需的时间。正是因为格子区组在DNA库筛选中的高效率性和方便性,使得越来越多的人对它感兴趣,从而对它进行广泛地研究。 本文主要用组合设计中的方法来研究格子区组。我们主要考虑了三种不同大小的格子区组,即(r,c)∈{(2,5),(3,4),(4,4))。对这三种不同大小的格子区组,我们所做的工作以及得到的结果主要是以下三点。 1.当r=2和c=5时,我们根据r×c的格子区组存在的必要条件,得到D_(2×5)(K_υ)(其中υ表示需要测试的总的点数)存在的必要条件是υ≡1(mod 25)。为了证明这个必要条件也是充分的,我们首先用组合设计中的直接构造中的方法,主要是差方法,找到了为了证明充分性所必需的一些小的格子区组设计。然后我们再用组合设计中的递归构造中的方法,主要是Wilson基本构造方法,并结合这些小的设计证明了充分性。因此,我们得到结论:D_(2×5)(K_υ)存在,当且仅当υ≡1(mod 25)。 2.当r=4和c=4时,我们得到D_(4×4)(K_υ)存在的必要条件是υ≡1(mod 96)。为了证明当υ≡1(mod 96)时,对每一个满足这个条件的v,D_(4×4)(K_υ)都存在,我们也是用和(1)中类似的方法首先借助计算机用回溯算法找到一些必要的小的格子区组设计,然后再用组合设计中的递归方法并结合这些小的设计证明充分性。因此,在这里我们可以得到这样一个结论:D_(4×4)(K_υ)存在,当且仅当υ三1(mod 96)。 3.当r=3和c=4时,我们也是先得到格子区组设计存在的必要条件。这个条件是υ≡1,16,21,36 (mod 60)。由于这个条件比较复杂,我们分情况进行了讨论。对υ≡1,21 (mod 60)的情况,我们也应用与上面类似的方法证明了这个条件是充分的。对v剩下的情况,也就是当υ≡16,36(mod 60)时,我们在论文中给出了证明的构造方法。在这种构造方法中,我们所需要小的辅助设计是D_(3×4)(K_υ),其中υ∈{36,76,30~5,30~6,30~515~1,30~615~1)。在这些值中,除了当υ=30~515~1时,D_(3×4)(K_υ)的存在性还在继续研究外,其他值相应的格子区组设计的存在性都得到了证明。特别对于υ=36和υ=76这两个值,我们构造时用到的方法与我们前面构造小设计时用到的方法不同,前面我们构造小的设计时,都是基于完整的轨道和Abelian群的,但对于这两个值我们是用短轨道和非Abelian群进行构造。这也是本文的一个创新之处。 以上三点就是本论文的主要结果。当然,有些结果还是可以改进的。比如,根据我们所采用的模式和算法,D_(3×4)(K_υ)(其中υ=30~515~1)的存在性还在继续搜索中。或许我们可以试着采用更加微妙的模式和更加高效率的算法来得到这个格子区组的存在性。当然,我们也可以用别的构造方法来证明υ≡16,36 (mod 60)这个必要条件是充分的。最后,为了更好的提高格子区组在DNA库筛选中的效率,我们可以采用更大规模的格子区组,也就是使r和c变大。当然,随着规模的变大,存在性证明的困难性也会增强,这需要我们进一步的研究和探讨。
【学位授予单位】:浙江大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2007
【分类号】:O157.2

免费申请
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 ;The decomposition of K_v into K_2 × K_5's[J];Science in China(Series A:Mathematics);2007年10期
2 严洁;;一些新的型为3~m的3-互补(3,2;1)-frame(英文)[J];苏州大学学报(自然科学版);2008年04期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 严洁;广义双可分解填充和有关的码[D];苏州大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 李阳;2×5格子区组设计的存在性[D];苏州大学;2007年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 杨贵军;;基于正交表的均匀Latin Hypercube设计及其构造(英文)[J];数学季刊;2007年02期
2 ;正交试验设计简介[J];河北大学学报(自然科学版);1976年00期
3 王玉枝,张建方;用正交设计方法求解非线性规划的区间约束最优化问题[J];中国科学院研究生院学报;2003年03期
4 陈雪平;;正交表交互作用列的判定[J];许昌学院学报;2010年05期
5 葛显良;关于正交表L_12(3×2~4)和L_(20)(5×2~8)[J];数学的实践与认识;1977年02期
6 刘海蔚;关于正交表方差分析中平方和的性质[J];西南师范大学学报(自然科学版);1979年01期
7 缪莹;吴佃华;;从卵形构作某些可分组设计[J];纺织高校基础科学学报;1992年02期
8 庞善起;陈利艳;闫荣;;正交表交互作用列的判定方法[J];河南师范大学学报(自然科学版);2007年03期
9 庞善起;王蕊;杜蛟;陈利艳;;正交表矩阵象的不变性及其应用[J];纯粹数学与应用数学;2009年02期
10 刘永政;章志敏;;正交设计中交互列的註记[J];曲阜师范大学学报(自然科学版);1981年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 颜鲁博;白秀忠;;正交试验在工程中的应用[A];计算机技术在工程建设中的应用——第十二届全国工程建设计算机应用学术会议论文集[C];2004年
2 刘碧瑶;沈毅;何凡;;应用正交表分析病人社会特征对住院费用的影响[A];应对突发公共卫生事件论坛论文集[C];2005年
3 王云龙;;如何快速进行棉纺工艺参数优化[A];金昇杯第二届全国棉纺织行业中青年科技工作者论坛论文集[C];2007年
4 李济洪;王瑞波;王蔚林;杨杏丽;高亚慧;李国臣;谷波;;汉语框架语义角色的自动标注研究进展[A];中国计算机语言学研究前沿进展(2007-2009)[C];2009年
5 高中庸;黄位健;周光宝;;微凸体油膜弹性支承效应的刨切实验验证[A];2007年中国机械工程学会年会论文集[C];2007年
6 孙法省;刘民千;;因子平方和的正交对照分解及其应用[A];2007均匀试验设计学术交流会论文集[C];2007年
7 冯有章;朱炳泉;周德才;;大型集装箱船快速性能正交优化设计[A];第五届全国水动力学学术会议暨第十五届全国水动力学研讨会文集[C];2001年
8 沈楚玉;王阳;;应用正交表优化设计高成品率匹配网络和放大器[A];1991年全国微波会议论文集(卷Ⅱ)[C];1991年
9 陆珩;温娟;周岳亮;吕惠宾;金奎娟;杨国桢;;光反射差方法在材料科学中的应用[A];第七届全国光学前沿问题讨论会论文摘要集[C];2007年
10 杨瑜文;;分宣采石场膳食调查[A];中国营养学会第四届全国学术会议论文摘要汇编[C];1984年
中国重要报纸全文数据库 前2条
1 ;田口方法开发高质量产品[N];江苏经济报;2000年
2 陈兰英 陈奇 刘荣华;复方配伍的研究方法[N];中国医药报;2000年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 庞善起;正交表的构造方法及其应用[D];西安电子科技大学;2003年
2 赵永强;图的限制染色及其相关问题的研究[D];河北师范大学;2005年
3 赵孝武;求解正交表问题的拟物拟人方法[D];中国科学院软件研究所;2001年
4 曹海涛;门限方案的组合构造[D];苏州大学;2002年
5 李阳;强度≥3的覆盖阵列及相关的组合构型[D];苏州大学;2010年
6 李善海;设计的染色及其相关问题的研究[D];上海交通大学;2006年
7 王健敏;删位和插位纠错码的组合构造[D];苏州大学;2005年
8 徐允庆;r-自正交拉丁方的谱及其应用[D];北京交通大学;2004年
9 沈军;可分解可分组设计的嵌入[D];上海交通大学;2006年
10 王成敏;Kirkman带洞填充和覆盖[D];苏州大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张如聪;格子区组设计及其在DNA库筛选中的应用[D];浙江大学;2007年
2 沈建锋;最优化网络路由及常重复合码[D];浙江大学;2008年
3 柴艳玲;具有混合长度的完备删位纠错码的组合构造[D];郑州大学;2011年
4 高宁;Kite-可分组设计[D];北京交通大学;2010年
5 张为学;型为μ~rl~t的(3,λ)-可分组设计的存在性[D];北京交通大学;2012年
6 李跃峰;100次混合正交表的最新结果[D];河南师范大学;2011年
7 谢描;近似正交设计[D];清华大学;2004年
8 郭伟东;密码学和生物信息学中两类组合构形研究[D];浙江大学;2008年
9 唐青;一类完全多部图的色—可选性研究[D];河北工业大学;2011年
10 刘萍;Kn(t)的阶为4或5的图对分解[D];苏州大学;2002年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026