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《浙江大学》 2009年
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血清AFP阴性肝癌患者蛋白组学比较研究

高峰  
【摘要】: 前言: 肝癌(HCC)是世界上第五位发病的恶性肿瘤,每年新发的肝癌诊断超过1,000,000例。早期检测是降低肝癌死亡率的关键步骤之一。在这些肝癌患者中,将近40%表现为AFP阴性。对于AFP阴性肝癌患者来说,了解肝癌分子机制和发现新的肝癌相关的生物标志物是迫切需要的。 实验过程: 本研究中,我们采用1D SDS-PAGE联合LC-ESI-MS/MS的非标记shotgun策略对AFP阴性HCC患者的肝癌和癌旁组织进行组织蛋白组学的分析;对癌和癌旁组织培养上清的分泌组学进行分析;对肝癌和健康对照的血浆进行血浆蛋白组学的分析。通过全方位的分析,全面了解AFP阴性肝癌的分子机制,并提供潜在的生物标记物数据源。 对于组织蛋白组学,我们通过1D SDS-PAGE联合nano-UPLC ESI MS/MS(Q-TOF primier),对9例AFP阴性肝癌患者的癌和癌旁组织进行配对的组织蛋白组学研究,这个试验中使用的是PLGS 2.3搜索引擎。 对于组织分泌组学,我们通过癌和癌旁组织无血清培养,再应用1 DSDS-PAGE联合MDLC ESI MS/MS(LTQ-Orbitrap)对4例AFP阴性肝癌患者的癌和癌旁组织的培养上清的分泌组学进行配对的组织分泌组学研究,这个试验中使用SEQUEST搜索在擎。 对于血浆蛋白组学,我们通过免疫吸附进行丰度蛋白的分离,再应用1DSDS-PAGE联合nano-UPLC ESI MS/MS(Q-TOF primier)对3例AFP阴性肝癌患者及3例正常健康对照的血浆进行血浆蛋白组学研究。这个试验中使用X!TANDEM搜索在擎。 结果: 在组织蛋白组学部分,我们共鉴定到3908个蛋白,通过与癌旁比较,其中282个蛋白至少2倍上调表达,127个蛋白至少2倍下调表达。这种差异通过western验证是可信的。 在组织分泌组学部分,我们共鉴定到了1302个蛋白,通过与癌旁比较,其中176个在癌组织的培养上清中至少2倍上调表达,200个在癌组织的培养上清中至少2倍下调表达。这些差异通过western验证是可信的。 在血浆蛋白组学部分,我们共鉴定到了2779个蛋白,通过与正常人比较,其中107个蛋白在癌症患者血浆中高表达,102个表现为低表达。 结论: 我们第一次同时对AFP阴性肝癌患者进行组织蛋白组学、组织分泌蛋白组学和血浆蛋白组学研究,我们建立了一个完整的AFP阴性肝癌患者的蛋白组学数据库,通过不同的策略进行后期的功能和应用方面研究。
【学位授予单位】:浙江大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2009
【分类号】:R735.7

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