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《中国科学技术大学》 2006年
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蛋白质相互作用网络的比较生物学分析及其应用

梁治  
【摘要】:细胞内不同组件之间存在着众多的相互作用,细胞的生命活动正是构筑在这些复杂的相互作用网络之上。后基因组时代的一个主要目标就是重构细胞内复杂的分子相互作用网络,并在此基础上理解生命构造、运作与进化的原理。近年来高通量蛋白质组技术的发展,已经为我们打开了研究蛋白质相互作用网络的大门,同时也对如何分析快速增长的大规模数据提出了挑战。正如序列分析一样,比较生物学的分析方法通常总能提示我们复杂生物学现象背后所隐藏的规律。在这种想法的驱动下,我们提出了一个进行蛋白质相互作用网络比较的计算策略NetAlign。NetAlign的目标是通过整合相互作用拓扑组织和序列相似性两重信息,来求解两个网络间互相匹配的保守网络子结构(CoNS)。我们利用NetAlign对目前最大的7个蛋白质网络(E.coli、H.pylori、S.cerevisiae、C.elegans、D.melanogaster、M.musculus和H.sapiens)进行了21组成对比较。我们的结果显示,蛋白质相互作用网络的比较,不但从网络水平揭示了不同物种间的保守性和分化事件,而且可以从网络的角度来探讨传统的生物学问题。如复合物发现、相互作用预测、蛋白质功能预测与直系同源预测等。为了满足研究者对网络水平上比较生物学工具的需要,我们实现了基于Web界面的NetAlign服务。NetAlign的出现使得大规模的在线网络比对成为可能。另外,为了实现多个蛋白质相互作用网络的比较,我们在NetAlign的基础上实现了mNetAlign数据库。该数据库允许用户在线进行跨多个物种的蛋白质相互作用网络比较分析。
【学位授予单位】:中国科学技术大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2006
【分类号】:Q75

【引证文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 李舟军;陈义明;刘军万;陈火旺;;蛋白质相互作用研究中的计算方法综述[J];计算机研究与发展;2008年12期
2 杜方;宣琦;吴铁军;;基于相似度传播的复杂网络间节点匹配算法[J];信息与控制;2011年03期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 杜方;复杂网络系统间相似性识别及其应用[D];浙江大学;2010年
2 谢江;蛋白质相互作用网络的数值研究[D];上海大学;2008年
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1 夏艳军;蛋白质相互作用数据库系统的构建及其应用[D];湖南农业大学;2010年
【同被引文献】
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1 张桥平,李德仁,龚健雅;地图合并技术[J];测绘通报;2001年07期
2 陈玉敏;龚健雅;史文中;;多尺度道路网的距离匹配算法研究[J];测绘学报;2007年01期
3 甘德强,胡江溢,韩祯祥;2003年国际若干停电事故思考[J];电力系统自动化;2004年03期
4 曹一家,江全元,丁理杰;电力系统大停电的自组织临界现象[J];电网技术;2005年15期
5 孙宇;贾凌云;任军;;蛋白质相互作用的研究方法[J];分析化学;2007年05期
6 王正华;董蕴源;王勇献;;蛋白质相互作用网络的几种聚类方法综述[J];国防科技大学学报;2009年04期
7 张丽苹,霍克克;蛋白质相互作用研究技术进展[J];高技术通讯;2003年11期
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9 唐志敏;网格技术专题介绍[J];计算机研究与发展;2002年08期
10 李舟军;陈义明;刘军万;陈火旺;;蛋白质相互作用研究中的计算方法综述[J];计算机研究与发展;2008年12期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 吴俊;邓宏钟;朱大智;谭跃进;;蛋白质相互作用网络的度秩函数与度分布[A];2006全国复杂网络学术会议论文集[C];2006年
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3 宣琦;基于复杂网络理论的复杂调度问题求解方法研究[D];浙江大学;2008年
4 谢江;蛋白质相互作用网络的数值研究[D];上海大学;2008年
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8 俞峰;复杂动态随机网络最短路径问题研究[D];浙江大学;2009年
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9 杨晓飞;基于多源数据融合的蛋白质—蛋白质相互作用网络构建方法研究[D];中国科学技术大学;2009年
【二级引证文献】
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1 毛国勇;张晓斌;谢江;;基于Web的PSE-Bio交互式可视化[J];计算机工程与应用;2010年31期
2 赵志康;谢江;李松倍;张武;;基于Web Service的蛋白质相互作用网络PSE[J];计算机工程与设计;2009年18期
3 沈庆航;徐加豹;江明锋;钟金城;;系统发育谱法研究牛蛋白质相互作用网络[J];畜牧兽医学报;2011年01期
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1 陈义明;基于分类的蛋白质功能预测技术研究[D];国防科学技术大学;2010年
2 杜秀全;基于智能计算的蛋白质相互作用预测方法研究[D];安徽大学;2010年
3 王占一;Web文本挖掘中若干问题的研究[D];北京邮电大学;2012年
4 谌炎辉;复杂机电产品模块化设计若干关键技术及应用研究[D];西安电子科技大学;2013年
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2 夏艳军;蛋白质相互作用数据库系统的构建及其应用[D];湖南农业大学;2010年
3 李满生;基于本体的蛋白质相互作用信息文本挖掘方法研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2010年
4 武晓明;食管癌EC9706细胞系中核干细胞因子与碱性成纤维因子基因水平相互作用[D];郑州大学;2012年
5 李寅珠;基于蛋白质相互作用网络的代谢pathway预测[D];天津师范大学;2012年
6 嘉泽宁;基于最短路径的关键蛋白质预测方法研究[D];山西大学;2012年
7 田建芳;PPI网络的群智能信息流模型与算法研究[D];陕西师范大学;2012年
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2 夏献民;严定国;胡俊波;王桂华;徐戎;曾繁典;;蛋白质相互作用能作为药物研发的靶点吗[A];药学发展前沿论坛及药理学博士论坛论文集[C];2008年
3 许超;张家海;黄小娟;孙建萍;徐应琪;唐雅君;吴季辉;旌蕴逾;黄秋花;张庆华;;核磁共振波谱研究蛋白质相互作用[A];第十四届全国波谱学学术会议论文摘要集[C];2006年
4 郭延芝;余乐正;李梦龙;;利用蛋白质序列信息预测蛋白质相互作用[A];第九届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2007年
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6 张智红;储军;秦岭松;骆清铭;;活细胞内多对蛋白质间相互作用的同步光学成像研究[A];第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集[C];2009年
7 李令东;田瑞军;唐伟;邹汉法;赵宗保;;携异戊烯链小分子与蛋白质相互作用的研究[A];第六届全国化学生物学学术会议论文摘要集[C];2009年
8 陈吉楠;张红;Amy E.Keating;蒋太交;;多层次整合思路预测参与酵母囊泡转运的coiled coil介导的蛋白质相互作用[A];第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集[C];2009年
9 朱泳璋;李擎天;褚嘉佑;石铁流;郭晓奎;;利用蛋白质相互作用网络系统分析百日咳杆菌相变异[A];2006中国微生物学会第九次全国会员代表大会暨学术年会论文摘要集[C];2006年
10 朱泳璋;李擎天;褚嘉佑;石铁流;郭晓奎;;利用蛋白质相互作用网络系统分析百日咳杆菌相变异[A];上海市预防医学会第二届学术年会论文汇编[C];2006年
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1 甄蓓;我科学家成功绘制人类肝脏蛋白质相互作用网络连锁图[N];科技日报;2011年
2 胡德荣;蛋白质相互作用网络预测新方法被发现[N];健康报;2007年
3 余志平 编译;PCAs给我们带来了什么?[N];中国医药报;2007年
4 毛黎;美开发细胞内蛋白质相互作用标识技术[N];科技日报;2007年
5 白毅;我国计算生物学研究取得重要进展[N];中国医药报;2007年
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8 张杰;散裂中子源是未来科学的新翼[N];科学导报;2006年
9 张佳星;人类为何如此与众不同[N];科技日报;2008年
10 本报记者  白毅;引领重大科学计 划提升自主创新能力[N];中国医药报;2006年
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4 刘月明;人新基因EOLA1生物学特性及相互作用蛋白研究[D];第三军医大学;2004年
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7 冯铁男;基于小波的蛋白质相互作用网络的研究[D];上海大学;2011年
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10 倪青山;蛋白质相互作用与功能预测方法研究[D];国防科学技术大学;2009年
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1 赵振华;重复基因在分子互作网络中的分歧进化及相互作用网络构建[D];西北农林科技大学;2010年
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3 韩步聪;生物分子相互作用动力学参数数据库及动力学网络的构建[D];厦门大学;2008年
4 施泓;铜绿微囊藻Microcystis aeruginosa PCC 7820基因组文库构建、mazEF基因克隆及其功能的初步研究[D];厦门大学;2008年
5 顾春生;细胞核肌动蛋白与p53蛋白相互作用研究[D];东北师范大学;2007年
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7 陆林英;基于序列从头预测法的蛋白质相互作用研究[D];东北师范大学;2008年
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9 代利坚;蛋白质相互作用预测及其假阳性过滤研究[D];中南大学;2009年
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