收藏本站
《安徽师范大学》 2010年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

黄缘盒龟和黄额盒龟线粒体全基因组的测定及闭壳结构龟类的分子系统学研究

张艳云  
【摘要】:龟鳖类是地球上较古老且形态最为特化的一支爬行动物,全世界现生的约有450余种。近二十年来,由于人为的大量捕杀以及宠物贸易的影响,闭壳龟类多数物种的野生种群数量已十分稀少,均在2006年被IUCN列为极其濒危的类型(除了安布闭壳龟是脆弱种群,黄缘盒龟为濒危种群),因此,其保护生物学和系统进化研究十分迫切。至2010年5月,GenBank正式公布出的龟鳖类动物线粒体基因组全序列只有34种,其中具闭壳结构的龟类有5种。为更好地探讨闭壳结构龟类的属间关系,以期为该类动物的保护提供理论依据,本文对具闭壳结构的黄缘盒龟(Cistoclemmys flavomarginata)和黄额盒龟(Cistoclemmys galbinifrons)进行了线粒体基因组全序列的测定。 本研究采用PCR、LA-PCR及测序技术获得了两种龟的线粒体全基因组序列并对其进行了生物信息学分析。黄缘盒龟和黄额盒龟线粒体基因组全长分别为16 721 bp、17 244 bp;均含有22个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及一个非编码控制区(Control region,CR);其基因组结构、基因排列顺序和碱基组成均与典型的脊椎动物相似,显示龟鳖类线粒体基因组在进化上十分保守。与多数龟鳖类mtDNA一致,黄缘盒龟和黄额盒龟ND3基因的第174位点存在一个额外插入的单核苷酸(A)。本文还比较分析了5种具闭壳结构龟类(黄缘盒龟、黄额盒龟、金头闭壳龟Cuora aurocapitata、锯缘龟Pyxidea mouhotii和白腹摄龟Cyclemys atripons)的控制区序列,其长度范围为980 bp-1 722 bp,均含有终止相关序列(TAS)和几个保守序列框(CSB-F和CSB1-3)。此外,在5种闭壳龟类CR区的3’末端,均发现了多种基序类型的可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats, VNTR)或称为微卫星(microsatellites)序列;这些龟类共有7种微卫星基序(2-8 bp),重复4-48次,由A、T、C碱基构成。基序及重复次数的不同造成了控制区长度的差异。比较种间微卫星基序的异同,可以为龟鳖类动物的系统学研究、亲缘关系分析、物种多样性保护和研究等提供重要的参考指标。 选取已登陆GenBank的22种龟鳖动物做内群,2种鳄做外群,基于线粒体12个蛋白编码基因核苷酸序列的合并序列数据,用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建龟鳖类动物的系统发生树,探讨了龟鳖类动物主要分类群的系统发生关系和具闭壳结构龟类的属间关系。结果表明:闭壳龟属、盒龟属(Cistoclemmys)和单种锯缘龟属(Pyxidea)聚成一个单系的闭壳龟群(Cuora group),建议将它们合并为闭壳龟属(Cuora);齿缘龟属(Cyclemys)与眼斑龟属(Sacalia)的亲缘较近,而与闭壳龟属关系较远,揭示闭壳结构的形成不是由一个共同祖先分化而来;乌龟属(Chinemys)和拟水龟属(Mauremys)为并系起源,建议可以合并为一属;平胸龟科(Platysternidae)与龟科(Emydidae)互为姐妹群;淡水龟科(Geoemydidae、Bataguridae)和陆龟科(Testudinidae)亲缘关系较近,二者互为姐妹群,而不是与龟科。
【学位授予单位】:安徽师范大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2010
【分类号】:Q951;Q78

手机知网App
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 吴平,周开亚,杨群;亚洲淡水和陆生龟鳖类12S rRNA基因片段的序列分析和系统发生研究[J];动物学报;1999年03期
2 张颖;聂刘旺;宋娇莲;;缅甸陆龟线粒体全基因组的测序及分析[J];动物学报;2007年01期
3 吴平,周开亚;龟鳖目系统学研究概况[J];动物学杂志;1998年06期
4 张亚平,施立明;动物线粒体DNA多态性的研究概况[J];动物学研究;1992年03期
5 韩德民,周开亚;大壁虎线粒体基因组全序列及其结构(英文)[J];动物学研究;2005年02期
6 朱世华;郑文娟;邹记兴;杨迎春;沈锡权;;鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系[J];动物学研究;2007年06期
7 颜亮;张雁;汪宁;张莉;聂刘旺;;鳄龟科和平胸龟科线粒体控制区序列分析和结构比较[J];动物学研究;2008年02期
8 贾振宇,朱定良,庚镇城,青塚正志;中国大陆若干群体的黑果蝇的线粒体DNA多态性研究[J];动物学研究;1995年01期
9 叶祥奎;;论龟科和陆龟科[J];古脊椎动物与古人类;1982年01期
10 孙毅,马飞,肖冰,郑俊杰,袁晓东,汤敏谦,王黎,于业飞,李庆伟;鸮形目两种鸟类线粒体基因组全序列测定与比较研究[J];中国科学C辑:生命科学;2004年06期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 韦素玲;曾振华;李翠凤;秦新民;;5种壁虎科动物Cyt b基因的序列分析[J];安徽农业科学;2008年06期
2 黄族豪;刘迺发;;种群遗传学研究进展[J];安徽农业科学;2008年31期
3 黄族豪;梅文枫;程亚林;刘迺发;;鸟类线粒体DNA控制区研究进展[J];安徽农业科学;2009年08期
4 秦新民;钱芳;曾振华;;红斑大壁虎与黑斑大壁虎细胞色素b基因序列差异与分化[J];安徽农业科学;2009年14期
5 沈莹;左成学;吴敏;王星果;张营;徐建荣;顾志良;;赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6基因克隆及序列特征分析[J];安徽农业科学;2010年01期
6 庞宇杰;李继姬;郭宝英;;紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COⅠ基因的遗传比较分析[J];安徽农业科学;2012年14期
7 刘忠权,王义权,周开亚,韩德民;大壁虎线粒体12SrRNA基因片段的两种单倍型[J];安徽师范大学学报(自然科学版);2000年04期
8 胡月红;张曼;王亦舒;晏鹏;吴孝兵;;澳洲淡水鳄线粒体基因组全序列的测定及结构分析[J];安徽师范大学学报(自然科学版);2011年04期
9 徐忠东;黄德武;吴琴;;线粒体DNA及其研究意义[J];安徽教育学院学报(自然科学版);1997年02期
10 肖贵榜;葛正龙;张艳磊;李作祥;;黔北一新鱼种遵义小钝吻鮠线粒体DNA的分离纯化[J];现代农业科技;2011年19期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 吴清洪;那顺巴雅尔;范沛;顾为望;;西藏小型猪母猪世代、胎次和配种季节/月份对其窝产仔数的影响[A];第九届中国实验动物科学年会(2010新疆)论文集[C];2010年
2 朱新平;周莉;陈永乐;桂建芳;;黄喉拟水龟两个种群的遗传分析与比较[A];可持续水产养殖——资源、环境、质量——2003水产科技论坛论文集[C];2003年
3 黄族豪;刘迺发;张立勋;张旭;;两种锦鸡线粒体控制区基因序列分析及其分类讨论[A];第八届中国动物学会鸟类学分会全国代表大会暨第六届海峡两岸鸟类学研讨会论文集[C];2005年
4 张永强;张正旺;;一种从雉类已孵化卵壳中提取DNA的方法[A];第八届中国动物学会鸟类学分会全国代表大会暨第六届海峡两岸鸟类学研讨会论文集[C];2005年
5 杨宝田;;东北区狍的遗传多样性研究[A];中国生态学会2006学术年会论文荟萃[C];2006年
6 高书晶;刘爱萍;徐林波;;直翅目昆虫线粒体DNA(mtDNA)研究进展[A];粮食安全与植保科技创新[C];2009年
7 李慧芳;张汤杰;陈宽维;汤青萍;高玉时;;江淮流域家鸭资源系统进化研究[A];第十次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2006年
8 许跃先;张知彬;焦选茂;;大仓鼠种群线粒体DNA酶切片段长度多态性的研究[A];生物多样性保护与区域可持续发展——第四届全国生物多样性保护与持续利用研讨会论文集[C];2000年
9 周伟;周用武;潘晓赋;;分子生物学在脊椎动物分类和进化研究中的应用概述[A];生物多样性保护与区域可持续发展——第四届全国生物多样性保护与持续利用研讨会论文集[C];2000年
10 吴琼;邢秀梅;杨福合;荣敏;;分子遗传标记在鹿科动物遗传多样性研究中的应用[A];2010中国鹿业进展[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 孙庆华;我国葡萄根瘤蚜遗传分化研究及翅型分化相关基因的筛选[D];山东农业大学;2009年
2 肖永双;西北太平洋五种海洋鱼类的分子系统地理学研究[D];中国海洋大学;2010年
3 卞晓东;鱼卵、仔稚鱼形态生态学基础研究[D];中国海洋大学;2010年
4 包新康;我国高山鹑类分子系统发生研究[D];兰州大学;2010年
5 廖芳;重要植物疫害的检测鉴定及分子系统学研究[D];南开大学;2010年
6 宋森;石鸡的分子生态及系统地理学研究[D];兰州大学;2011年
7 罗其花;中国小蜂螨自然种系构成、流行病学调查及寄生生物学研究[D];中国农业科学院;2011年
8 张虹;雌核发育草鱼群体的建立及其主要生物学特性研究[D];湖南师范大学;2011年
9 程光平;巴马繐唇鲃生物学及遗传学研究[D];中国海洋大学;2011年
10 应一平;斑鰶和青鳞小沙丁鱼的种群遗传结构与分子系统地理学研究[D];中国海洋大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 胡佳;鲟形目部分种类基于线粒体COⅠ基因的分子进化研究[D];华中农业大学;2010年
2 呼光富;颖鲤杂种优势及其相关分子生物学初步研究[D];华中农业大学;2010年
3 王健;文蛤线粒体基因组序列测定及进化分析[D];辽宁师范大学;2010年
4 徐亘博;半滑舌鳎等九种海水鱼微卫星分子标记的开发和应用[D];中国海洋大学;2010年
5 刘磊;三疣梭子蟹形态性状对体重影响及微卫星DNA标记进行家系鉴定的研究[D];中国海洋大学;2010年
6 马国强;棘头梅童鱼和黑鳃梅童鱼的形态学、遗传学研究[D];中国海洋大学;2010年
7 李昂;中、日白姑鱼的形态学和遗传学研究[D];中国海洋大学;2010年
8 李晓萍;三疣梭子蟹微卫星富集文库的构建及五个野生地理群的多样性分析[D];中国海洋大学;2010年
9 薛泰强;鱚科几种鱼类的形态学及遗传学研究[D];中国海洋大学;2010年
10 凤阁;泽鳄(Crocodylus palustris)和菲律宾鳄(Crocodylus mindorensis)线粒体基因组全序列及鳄目的系统发生关系研究[D];安徽师范大学;2010年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 陈壁辉,唐剑云,魏运鑫,张正东;扬子鳄(Alligator sinensis)的舌腺[J];动物学报;1989年01期
2 陈壁辉,蒋小林,王朝林;扬子鳄皮肤腺结构与发育的初步观察[J];动物学报;1991年01期
3 吴孝兵,陈壁辉,王朝林;扬子鳄视觉器官组织学研究[J];动物学报;1993年03期
4 吴平,周开亚,杨群;亚洲淡水和陆生龟鳖类12S rRNA基因片段的序列分析和系统发生研究[J];动物学报;1999年03期
5 张四明,吴清江,张亚平;从线粒体DNA控制区核苷酸序列论达式鲟、亚洲和北美洲中吻鲟的分类地位(英文)[J];动物学报;2001年06期
6 刘海,杨光,魏辅文,李明,胡锦矗;中国大陆梅花鹿mtDNA控制区序列变异及种群遗传结构分析[J];动物学报;2003年01期
7 蒲友光,彭巧玲,王志方,聂刘旺;乌龟线粒体全基因组序列和结构分析[J];动物学报;2005年04期
8 朱世华;杨迎春;沈锡权;邹记兴;郑文娟;余红卫;黄勃;;从细胞色素b基因序列探讨笛鲷属的分子系统发生关系[J];动物学报;2006年03期
9 张颖;聂刘旺;宋娇莲;;缅甸陆龟线粒体全基因组的测序及分析[J];动物学报;2007年01期
10 黄满盈,陆含华,刘银英,刘绍良;缅甸陆龟染色体组型的研究[J];动物学杂志;1990年02期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 陆剑林,孔华伟,朱华,王建民;黄缘盒龟繁殖技术的研究[J];四川动物;1999年02期
2 黄斌,杨霁虹,赵万鹏;黄缘盒龟的繁殖生物学[J];动物学杂志;2004年04期
3 罗曼,蒋立科,甘雅玲,宋祥芬;黄缘盒龟血细胞亚显微结构的电镜观察分析[J];动物学杂志;2001年05期
4 李贵生;唐福星;;黄缘盒龟细菌性感染的观察[J];四川动物;2006年02期
5 唐福星;李贵生;;黄缘盒龟四种组织器官的超微结构[J];暨南大学学报;2005年05期
6 李贵生;唐福星;赖新强;;黄缘盒龟肝脏与肾脏的超微结构[J];暨南大学学报;2006年01期
7 黄斌;景坤玉;;驯养条件下黄缘盒龟的产卵特点与孵化积温研究[J];信阳师范学院学报(自然科学版);2010年01期
8 黄斌;张斯荷;;黄缘盒龟体型差异与保护单元研究[J];河南师范大学学报(自然科学版);2011年04期
9 钟永平;保华;禄喜;;珍贵的旱养金头龟[J];科技致富向导;2001年09期
10 宋憬愚;于明泉;;我国淡水龟的保护与养殖[J];大自然;2002年01期
中国重要会议论文全文数据库 前2条
1 万全;沈保平;袁兴玉;曹心张;;黄缘盒龟人工驯养繁育技术研究[A];中国南方十六省(市、区)水产学会渔业学术论坛第二十六次学术交流大会论文集(上册)[C];2010年
2 周婷;古河祥;;广东省龟鳖类动物驯养繁育状况初步调查[A];中国动物学会两栖爬行动物学分会2005年学术研讨会暨会员代表大会论文集[C];2005年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 ;龟鳖业市场发展趋势[N];江苏科技报;2006年
2 王笃兰;盛夏养龟六要点[N];中国渔业报;2008年
3 李勇 肖志勇;出售野生动物:小心触法[N];检察日报;2003年
4 李小红;选择种龟的学问[N];湖北科技报;2003年
5 乌文华;养龟的经济效益及发展前景[N];湖北科技报;2003年
6 草将;龟类养殖(三十六)[N];江苏科技报;2002年
7 魏可景;几种较高养殖价值的龟品种[N];山东科技报;2004年
8 邬文华;常见龟种的选择[N];山西科技报;2004年
9 刘强;张妍;妮娜;巴西龟对入侵物种说“不”![N];农民日报;2007年
10 草将;金头龟[N];中国畜牧报;2002年
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 王艳梅;黄缘盒龟肉酶解产物抗氧化活性及其分离纯化的研究[D];合肥工业大学;2013年
2 张艳云;黄缘盒龟和黄额盒龟线粒体全基因组的测定及闭壳结构龟类的分子系统学研究[D];安徽师范大学;2010年
3 郑将臣;基于线粒体和核基因标记研究龟鳖目部分种类的系统发育关系[D];上海海洋大学;2011年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026