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《厦门大学》 2007年
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支持向量机在基因表达数据中的研究

张秋水  
【摘要】: 生物信息学近年来获得突破性进展,随着基因芯片技术的快速发展,基因表达数据的获得已变得越来越快捷和可靠,这些数据提供了揭开生命奥秘的基础。它们具有维数高,样本少的特点,远远超出传统分析方法的能力和速度所能处理的范畴,基因表达数据的分析成为生物研究的瓶颈,其处理、挖掘、分析和理解日益迫切。 支持向量机(Support Vector Machine,SVM)是一类基于统计学习理论的新型机器学习方法。它采用了结构风险最小化原则,能较好的解决小样本学习的问题,尤其是针对维数高、样本小、非线性的微阵列基因表达数据,SVM表现出了很好的性能。 本文主要研究基于支持向量机的基因表达数据分类,包括二分类和多分类。首先介绍了生物信息学以及基因表达数据分析的研究现状,接着详细阐述了支持向量机分类方法及相关理论。另外,针对基因表达数据“样本数目少,特征维数高”的实际情况,本文先对数据集采用信噪比方法进行特征选择,得到一个基因子集;再对经过特征选择后得到的基因子集采用核主成份分析(KPCA)等特征提取方法进行降维,这样在确保不丢失真实信息的情况下,尽可能的提高预测的准确率;接着本文提出了两种构造分类器的方法。最后,本文针对几个常用的基因表达数据集进行对比实验,实验结果表明,本文采用的分类方法较传统的支持向量机分类方法相比,预测准确率有所提高。
【学位授予单位】:厦门大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2007
【分类号】:Q75

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【引证文献】
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1 陈乐;王年;苏亮亮;王蕊平;;基于邻接矩阵分解的肿瘤亚型特征提取方法[J];生物学杂志;2011年02期
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1 娄颜超;智能化教学中的情感识别方法研究[D];华中师范大学;2011年
2 陈乐;基于邻接谱分解的基因表达谱数据分类研究[D];安徽大学;2011年
3 李靖;基于支持向量机的基因表达数据降维方法的研究[D];苏州大学;2011年
4 李左凌;降维方法对基因表达数据分类效果的优化研究[D];苏州大学;2012年
【参考文献】
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【共引文献】
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1 王东霞;张楠;路晓丽;;基于育种算法的SVM参数优化[J];安徽大学学报(自然科学版);2009年04期
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6 周绮凤;林成德;罗林开;彭洪;;一种基于黎曼度量的训练样本类不平衡SVM分类方法研究[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
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8 吕蓬;柳亦兵;马强;魏于凡;;支持向量机在齿轮智能故障诊断中的应用研究[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
9 姜明辉;袁绪川;;基于GA优化的个人信用评估SVM模型[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
10 韩露;余正涛;邓锦辉;章程;毛存礼;郭剑毅;;领域知识关系对领域文本分类的影响[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
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1 于化龙;基于DNA微阵列数据的癌症分类技术研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
2 母丽华;煤矿安全预警系统的方法研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
3 梁洪;基于内容的医学图像检索及语义建模关键技术研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
4 殷志伟;基于统计学习理论的分类方法研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
5 朱广平;混响干扰中的信号检测技术研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
6 孔凡芝;引线键合视觉检测关键技术研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
7 李晚龙;六自由度Stewart平台分散智能控制研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
8 杨宁;计算机辅助卷烟配方设计关键技术研究[D];中国海洋大学;2010年
9 郑大腾;柔性坐标测量机空间误差模型及最佳测量区研究[D];合肥工业大学;2010年
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1 展慧;基于多源信息融合技术的板栗分级检测方法研究[D];华中农业大学;2010年
2 杜二玲;拟概率空间上等均值噪声下统计学习理论的理论基础[D];河北大学;2007年
3 朱杰;一种基于聚类的支持向量机反问题求解算法[D];河北大学;2007年
4 李金华;基于SVM的多类文本分类研究[D];山东科技大学;2010年
5 徐芳芳;优化问题的PVD算法研究[D];山东科技大学;2010年
6 朱耿峰;支持向量机在冲击地压预测模型中的应用研究[D];山东科技大学;2010年
7 安文娟;Fisher和支持向量综合分类器[D];辽宁师范大学;2010年
8 姜成玉;基于支持向量机的时间序列预测[D];辽宁师范大学;2010年
9 李海清;支持向量机在金融市场预测中的应用[D];辽宁师范大学;2010年
10 岳海亮;信息论在粗糙集连续属性离散化中的应用[D];辽宁师范大学;2010年
【同被引文献】
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1 庄振华;王年;李学俊;梁栋;王继;;癌症基因表达数据的熵度量分类方法[J];安徽大学学报(自然科学版);2010年02期
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4 张浩;庄连生;王涌;庄镇泉;李斌;;主动表观模型在光照变化影响下的人脸特征点定位[J];电路与系统学报;2009年01期
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1 戴勇 王春;[N];科技日报;2010年
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1 谭璐;高维数据的降维理论及应用[D];国防科学技术大学;2005年
2 邱浪波;基因芯片表达数据分析相关问题研究[D];国防科学技术大学;2007年
3 李杰;基因表达谱分析若干关键技术研究[D];哈尔滨工业大学;2007年
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1 李靖;基于支持向量机的基因表达数据降维方法的研究[D];苏州大学;2011年
2 詹超;支持向量机在基因表达数据分类中的研究[D];武汉理工大学;2006年
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6 程响林;基于web和情绪教学的适应性学习系统的分析与设计[D];首都师范大学;2007年
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9 杜芳;非负矩阵因子分解算法处理癌症基因表达数据的研究[D];电子科技大学;2009年
【二级引证文献】
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1 程萌萌;林茂松;王中飞;;应用表情识别与视线跟踪的智能教学系统研究[J];中国远程教育;2013年03期
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1 李左凌;降维方法对基因表达数据分类效果的优化研究[D];苏州大学;2012年
2 吉丽晓;“智能学伴”在小学游戏化学习社区中情感交互策略研究[D];河北师范大学;2013年
【二级参考文献】
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1 程乾生;属性识别理论模型及其应用[J];北京大学学报(自然科学版);1997年01期
2 张学工;关于统计学习理论与支持向量机[J];自动化学报;2000年01期
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【相似文献】
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5 邓林,马尽文,裴健;秩和基因选取方法及其在肿瘤诊断中的应用[J];科学通报;2004年13期
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8 郑杰;郭呈全;程俊荣;高利新;;基于基因表达谱的肿瘤识别与分类特征基因提取研究[J];数学的实践与认识;2011年14期
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10 刘玲;;基因表达谱数据分析技术[J];电脑与信息技术;2010年06期
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1 林杰华;张斌;李冬森;宋华茂;余志强;王浩;;支持向量机在电力客户信用评级中的应用[A];全国第21届计算机技术与应用学术会议(CACIS·2010)暨全国第2届安全关键技术与应用学术会议论文集[C];2010年
2 蒋铁军;张怀强;李积源;;多变量系统预测的支持向量机方法研究[A];管理科学与系统科学研究新进展——第7届全国青年管理科学与系统科学学术会议论文集[C];2003年
3 黄淑云;孙兴玉;梁汝萍;邱建丁;;基于小波支持向量机预测蛋白质亚细胞定位研究[A];第十一届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2011年
4 谢湘;匡镜明;;支持向量机在语音识别中的应用研究[A];现代通信理论与信号处理进展——2003年通信理论与信号处理年会论文集[C];2003年
5 涂冬成;薛龙;刘木华;赵进辉;沈杰;吁芳;;基于支持向量机的鹅肉肉色客观评定研究[A];中国农业工程学会电气信息与自动化专业委员会、中国电机工程学会农村电气化分会科技与教育专委会2010年学术年会论文摘要[C];2010年
6 杨凌;刘玉树;;基于支持向量机的坦克识别算法[A];第三届全国数字成像技术及相关材料发展与应用学术研讨会论文摘要集[C];2004年
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9 许建生;盛立东;;基于改进的支持向量机和BP神经网络的识别算法[A];第八届全国汉字识别学术会议论文集[C];2002年
10 荣海娜;张葛祥;张翠芳;;基于支持向量机的非线性系统辨识方法[A];中国自动化学会、中国仪器仪表学会2004年西南三省一市自动化与仪器仪表学术年会论文集[C];2004年
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3 记者 张学全 张建松;我人类功能基因研究获重要进展[N];新华每日电讯;2000年
4 胡永忠;专家热论生物医药[N];医药经济报;2002年
5 通讯员吴志军 刘征云;咬定青山不放松[N];科技日报;2002年
6 课题主持人 李心丹 课题协调人 上海证券交易所 施东晖 傅浩 课题研究员 宋素荣 查晓磊 宾红辉 张许宏 郭静静 黄隽 南京大学工程管理学院;内幕交易与市场操纵的行为动机与判别监管研究[N];中国证券报;2007年
7 记者 胡德荣 通讯员 汪敏;我国两项基因研究达国际先进[N];健康报;2000年
8 李水根;计算机详解配伍与药效关系[N];健康报;2005年
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1 吴斌;“证候-基因组”的方法学及家系虚寒证的代谢基因表达谱研究[D];成都中医药大学;2005年
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3 胡吉;垂体瘤组织基因表达谱及发病机制研究[D];复旦大学;2005年
4 黄志刚;应用肿瘤基因解剖工程数据库及RNA干扰技术检测大肠癌基因表达谱[D];复旦大学;2005年
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6 姚实林;阳虚质理论及其外周血基因表达谱研究[D];北京中医药大学;2007年
7 马丽娟;利用激光捕获显微切割及基因芯片技术构建喉鳞状细胞癌基因组差异表达谱[D];中南大学;2008年
8 周美启;针刺心经与小肠经干预急性心肌缺血大鼠心脏和下丘脑基因表达谱比较研究[D];广州中医药大学;2005年
9 祝骥;人红白血病K562细胞基因表达谱芯片制作及应用研究[D];华南理工大学;2002年
10 杜小芳;基于CPFR的农产品采购模型研究[D];华中科技大学;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张秋水;支持向量机在基因表达数据中的研究[D];厦门大学;2007年
2 何文珺;基于启动子信息预测人类基因的组织差异表达[D];华中科技大学;2008年
3 刘艳伟;支持向量机方法在感潮河段洪峰水位预报中的应用[D];浙江大学;2010年
4 杨镭;支持向量机算法设计及在高分辨雷达目标识别中的应用[D];国防科学技术大学;2010年
5 童振;基于支持向量机的电解液成分预测[D];东北大学;2008年
6 聂小芳;模糊粗糙集与支持向量机在煤与瓦斯突出预测中的应用研究[D];辽宁工程技术大学;2009年
7 鄢常亮;基于支持向量机的高炉向凉向热炉况预测研究[D];内蒙古科技大学;2010年
8 韩叙东;基于支持向量机的水电故障分类器的设计与实现[D];东北大学;2008年
9 冯杰;慢时变对象的支持向量机建模与在线校正方法研究[D];东北大学;2009年
10 朱耿峰;支持向量机在冲击地压预测模型中的应用研究[D];山东科技大学;2010年
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