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《厦门大学》 2008年
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细胞因子—受体相互作用的预测

许津瑞  
【摘要】: 细胞因子是由多种细胞所分泌的低分子量(15~30KD)的蛋白或糖蛋白,通过与相应受体的结合,调节细胞的生长和分化,参与免疫、炎症反应和创伤愈合。因为细胞因子通过与受体的相互作用来行使以上功能,所以细胞因子-受体相互作用成为研究细胞因子功能的关键。然而,由于细胞因子以网络形式行使生物功能,众多细胞因子在机体内相互促进或相互抑制。这一特性使我们对细胞因子的新功能和新细胞因子受体的存在所知甚少,又因为传统实验方法费用高,耗时长,所以应用计用算方法系统研究细胞因子-受体相互作用,以揭示细胞因子的新功能、新受体十分必要。本课题首先建立基于支持向量机的分类模型,用来从人类蛋白组中预测新的细胞因子-受体相互作用,最终得到1609个新相互作用,由244个新受体和所有112个已知受体参与。通过改进训练方法,该模型与常规支持向量机方法训练的模型相比有较高的准确性(99.2%)。进一步分析显示,各家族的细胞因子受体趋向于享有共同的序列模式(Domains/Motifs),以便保证与细胞因子的特异结合。基因表达模式分析发现细胞因子与其相应受体的基因表达只有微弱的组织相关性。染色体分布研究发现人类基因组有11个明显的已知和/或预测细胞因子受体集中分布区。预测的相互作用参与了31个细胞Pathway,其中9条为首次发现可能与细胞因子有关。
【学位授予单位】:厦门大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2008
【分类号】:Q2

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