收藏本站
《福建农林大学》 2019年
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

鸭星状病毒3型流行株分子特征及荧光定量检测方法的建立

张蕊  
【摘要】:鸭病毒性肝炎(Duck viral hepatitis,DVH)是一种对雏鸭造成急性、高度接触性的传染病,病原包括鸭甲肝病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)和鸭星状病毒(Duck astrovirus,DAstV)。现有研究表明鸭群中存在4种鸭星状病毒(DAstV),即鸭星状病毒1型(DAstV-1)、DAstV-2、DAstV-3和DAstV-4,其中DAstV-3是近年来在我国鸭群中新发现的感染率和发病率均较高的星状病毒,流行的地区越来越广。目前关于DAstV-3的基因组分子特征及其快速检测方法报道较少,对其的检测方法主要为常规的RT-PCR方法,该方法仅能对DAstV-3进行定性诊断,但不能定量分析。本研究对1株新分离获得的DAstV-3(命名为GX1806株)进行全基因组序列分析,并建立了针对该病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测方法,为深入研究DAstV-3的遗传变异情况和该病的早期快速诊断提供有效的技术支撑。本研究从广西临床样品中分离获得1株DAstV-3(GX1806株),应用RT-PCR方法对病毒GX1806株基因组进行分段扩增。对测序结果进行编辑、拼接后获得GX1806株基因组序列。基因组序列分析显示,GX1806株基因组全长7463nt,具有星状病毒基因组典型特征,包含ORF1a、ORF1b和ORF2三个开放阅读框。ORF1a和ORF1b的重合区域存在AAAAAAC的七碱基滑动序列,ORF1b中存在对单股正链RNA病毒复制中不可或缺的RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RDRP)基因。遗传进化分析表明,GX1806株与GenBank中CPH株的亲缘关系最近,全基因组序列同源性达到96.87%。为建立一种DAstV-3的实时荧光定量检测方法,本研究扩增出RDRP基因一段609 bp大小的保守区域,并将该扩增片段克隆至pMD18-T载体上。将该质粒进行10倍梯度稀释,作为标准品模板来进行实时荧光定量PCR扩增,建立了实时荧光定量PCR标准曲线。当RDRP基因含量在1.15×10~2拷贝/μL~1.15×10~8拷贝/μL时,循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系,其扩增相关系数为0.997,扩增效率为99.9%。建立的DAstV-3实时荧光定量PCR检测方法敏感度高,最低检测限为1.15×10~2拷贝/μL,敏感性为常规RT-PCR检测方法的1000倍;特异性强,对常见病毒(如禽流感病毒、鸭呼肠孤病毒、坦布苏病毒、鸭甲肝病毒等以及鸭星状病毒1型和鸭星状病毒2型)的检测均呈阴性。重复性结果表示组内重复变异系数为0.14%~0.65%、组间重复变异系数为0.53%~2.20%,表明重复性良好。SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的阳性率为59.5%(22/37),常规PCR方法的阳性率为43.2%(16/37),2种方法的符合率为100%。以上结果表明本研究首次建立的基于SYBR GreenⅠ的实时荧光定量PCR检测方法可用于临床中对DAstV-3引起疾病的早期诊断。
【学位授予单位】:福建农林大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2019
【分类号】:S852.65

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 曾军荣;李榕娇;王瑜玲;陈永强;邝炽庄;孙慧冰;;常见腹泻病毒的多重荧光RT-PCR检测方法的建立及临床应用[J];广东医学;2011年13期
2 何国芳;星状病毒感染的研究现状[J];安徽医药;2004年04期
3 刘春艳,申昆玲,王树欣,照日格图;北京儿童医院住院的腹泻患儿星状病毒感染分析[J];中华儿科杂志;2002年07期
4 凌育燊;禽肾炎病毒研究新进展[J];畜牧兽医科技信息;2002年02期
5 方肇寅,章菁,赵章华,马莉,李永华,杨辉,S.Monroe,R.Glass;我国河南与北京腹泻患儿中的星状病毒感染[J];病毒学报;2000年02期
6 于维军;星状病毒研究进展[J];中国兽医杂志;1992年02期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 陈婉冰;许红梅;;婴幼儿人星状病毒感染性腹泻的研究现状[J];儿科药学杂志;2015年11期
2 高世光;冯华炜;林天闻;鄂铭;于洋;麻丽丹;;草莓中诺如病毒和甲肝病毒的多重实时荧光逆转录PCR检测方法的建立[J];中国食品卫生杂志;2015年05期
3 徐德顺;朱晓娟;陈莉萍;吴晓芳;纪蕾;沈月华;;实时荧光定量RT-PCR快速检测星状病毒方法的研究[J];中国卫生检验杂志;2015年04期
4 郭松伟;高岚;马瑞;高丽;王彦利;;G1型轮状病毒分子生物学检测及临床应用价值[J];中华实用诊断与治疗杂志;2014年12期
5 王秀丽;;肠道腺病毒感染引起小儿腹泻临床治疗与研究[J];临床医药文献电子杂志;2014年02期
6 周进宏;王晓昌;张崇淼;;城市污水中人类星状病毒的检测及变化规律[J];环境科学研究;2014年06期
7 曾军荣;王瑜玲;白培胜;李榕娇;;2011年广州从化地区诺如病毒感染的分子流行病学研究[J];广东医学;2013年04期
8 邹国锋;;蒙脱石散联合利巴韦林治疗小儿急性病毒性腹泻临床观察[J];白求恩军医学院学报;2013年01期
9 张宏伟;来金涛;王莎;姚元杰;;儿童病毒性腹泻研究进展[J];西藏医药杂志;2013年01期
10 王芳;韦统友;张广兰;;婴幼儿秋冬季腹泻病毒感染的流行特点分析[J];卫生职业教育;2012年20期
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 寇晓霞;吴清平;王大鹏;郭伟鹏;邓梅清;;多重RT-PCR用于临床检测三种胃肠炎病毒的研究[J];微生物学通报;2007年03期
2 王晓欢;于恩庶;;诺如病毒胃肠炎的研究进展[J];中国人兽共患病学报;2007年06期
3 吕元聪;;诺如病毒感染性腹泻简介[J];应用预防医学;2007年02期
4 刘春艳,申昆玲,王树欣,照日格图;北京儿童医院住院的腹泻患儿星状病毒感染分析[J];中华儿科杂志;2002年07期
5 凌育;禽肾炎病毒和禽肾炎[J];中国兽医科技;1995年05期
6 方肇寅;;诺如病毒胃肠炎及其防控对策[J];中华流行病学杂志;2007年03期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王晓冰;施建鑫;罗开健;;禽星状病毒感染的流行特点[J];养禽与禽病防治;2018年10期
2 武宗仪;孔正茹;秦爱建;钱琨;;鸡星状病毒研究进展[J];中国家禽;2018年08期
3 周进宏;王晓昌;张崇淼;;城市污水中人类星状病毒的检测及变化规律[J];环境科学研究;2014年06期
4 兰家暖;郭旋;刘磊;张民秀;卢冰霞;廖承球;黄福标;黄伟坚;;猪星状病毒的分离鉴定及其致病性研究[J];中国畜牧兽医;2012年07期
5 刘春艳,申昆玲;星状病毒分子生物学研究进展[J];中华实验和临床病毒学杂志;2003年01期
6 于维军;星状病毒研究进展[J];中国兽医杂志;1992年02期
7 刘念;姜秀芳;王宇彤;于漫;赵微;;辽西五市鸡星状病毒的检测及序列分析[J];锦州医科大学学报;2019年03期
8 刘吉山;李娇;祖立闯;肖跃强;沈志强;柳增善;;一株鸭星状病毒的分离鉴定[J];动物医学进展;2016年03期
9 兰家暖;刘磊;郭旋;张民秀;卢冰霞;黄福标;覃熊慧;张宁;黄伟坚;;广西猪星状病毒分子流行病学调查[J];中国预防兽医学报;2012年08期
10 顾凡;覃娟娟;蔡雨函;李新琼;黄剑波;朱玲;刘书亮;徐志文;;猪嵴病毒和猪星状病毒双重RT-PCR检测方法的建立[J];中国预防兽医学报;2015年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 刘泽滨;王琼;陆学东;;深圳地区腹泻患儿星状病毒筛查及其基因分型研究[A];纪念中国微生物学会临床微生物学专业委员会成立五周年-第五届中国临床微生物学大会暨台湾海峡两岸微生物学与免疫学论坛论文汇编[C];2014年
2 卢丽娟;徐锦;钟华清;苏犁云;曹凌峰;徐梦华;;住院和门诊腹泻儿童中星状病毒的分子流行病学特点比较[A];中华医学会第十七次全国儿科学术大会论文汇编(上册)[C];2012年
3 马莉;李贵;方肇寅;;北京地区儿童杯状病毒和星状病毒腹泻的研究[A];中西医结合第九次全国儿科学术会议论文汇编[C];2000年
4 徐蓉;陆明青;张莉莉;李志要;孙卫东;鲍恩东;吕英军;;一株以雏鹅痛风为特征的鹅星状病毒的分离鉴定及生物学特性的研究[A];中国畜牧兽医学会兽医病理学分会第二十四次学术研讨会、中国病理生理学会动物病理生理学专业委员会第二十三次学术研讨会、中国实验动物学会实验病理学专业委员会第三次学术研讨会、中国兽医病理学家第三次学术研讨会论文集[C];2018年
5 冯崇伦;金美玲;王笑言;张大丙;;鹅星状病毒衣壳蛋白的原核表达和纯化[A];中国畜牧兽医学会2018年学术年会禽病学分会第十九次学术研讨会论文集[C];2018年
6 廖勤丰;张冬冬;张大丙;;水禽源星状病毒的检测[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十六次学术研讨会论文集[C];2012年
7 王笑言;张大丙;;鸭星状病毒抗体ELISA的建立和初步应用[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十五次学术研讨会论文集[C];2010年
8 王笑言;张大丙;;鸭星状病毒RT-PCR方法的建立与应用[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十五次学术研讨会论文集[C];2010年
9 香金萍;高德玉;王安辉;冯淑贤;张雪莲;李喜梅;;2012-2013年甘肃省武威市住院腹泻儿童中腹泻病毒检测结果分析[A];第七次全国流行病学学术会议暨中华预防医学会流行病学分会、中华医学会中华流行病学杂志编辑委员会第七届换届会议论文集[C];2014年
10 杨晶;田家军;姜晓宁;唐熠;刁有祥;;导致雏鹅痛风新型鹅星状病毒的分离鉴定[A];中国畜牧兽医学会2018年学术年会禽病学分会第十九次学术研讨会论文集[C];2018年
中国博士学位论文全文数据库 前6条
1 张清水;新发肾致病型鹅星状病毒的分离鉴定及弱毒株选育[D];中国农业大学;2019年
2 韩涛;国内鸡群禽星状病毒感染状况调查与分析[D];中国农业大学;2019年
3 刘宁;鸭星状病毒的遗传变异性和抗原性及感染鸭肝脏的转录组分析[D];中国农业大学;2017年
4 王笑言;鸭产蛋下降相关新病毒的分子鉴定与生物学特性研究[D];中国农业大学;2015年
5 龚智翔;上海地区儿童病毒性腹泻分子流行病学研究[D];第二军医大学;2010年
6 钟雪飞;重庆地区儿童病毒性腹泻病原分子流行病学研究[D];重庆医科大学;2014年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张蕊;鸭星状病毒3型流行株分子特征及荧光定量检测方法的建立[D];福建农林大学;2019年
2 信云云;广西猕猴粪便中诺如病毒与星状病毒的全基因组序列分析[D];湖南师范大学;2018年
3 邱旻;广州和厦门鼠类及臭鼩鼱携带星状病毒情况调查及其基因分析[D];南方医科大学;2017年
4 李瑞凯;广西宠物犬星状病毒分子流行病学调查及ORF2基因序列分析[D];广西大学;2017年
5 罗璋;湖南地区猪星状病毒流行病学调查[D];湖南农业大学;2016年
6 李勋杰;广西猪星状病毒分子流行病学调査及基因型分析[D];广西大学;2015年
7 NIYOKWISHIMIRA Alfred(艾佛德);广西牛星状病毒分子流行病学调查与全基因克隆及序列分析[D];广西大学;2014年
8 刘欢;猪星状病毒分离鉴定及其全基因组序列分析和衣壳蛋白原核表达[D];广西大学;2014年
9 陈婉冰;2014年重庆地区星状病毒、札如病毒、腺病毒所致儿童急性腹泻的流行特点[D];重庆医科大学;2015年
10 朱爱玲;犬星状病毒(Canineastrovirus,CaAstv)半巢式RT-PCR检测方法的建立及基因序列分析[D];上海交通大学;2012年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026