国内八湖泊可培养细菌多样性与拮抗菌分析及七株新菌的多相分类

【摘要】：湖泊微生物资源丰富,蕴藏着很多潜在的具有功能性的新物种资源,因此对湖泊微生物资源的挖掘具有重要的研究价值。本论文从内蒙古的南海子、二连海子、刘铁海子;云南的大屯海、清水海、云龙天池;贵州的草海和新疆的赛里木湖采集了 8个湖泊的样品,通过纯培养技术研究了不同湖泊样品中可培养细菌的群落组成,另一方面为了挖掘潜在的新型抗生素资源,通过点种法筛选了抗药病原菌(金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌)的功能性菌株。本论文取得如下研究结果:一、对8个湖泊样品可培养细菌多样性进行了分析从8个湖泊样品中获得可培养细菌共计477株,分布在4个门、120个属和258个种。在不同的湖泊样品中,可培养细菌多数为变形菌门,而厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门相对较少。南海子样品共获得47株细菌,分属于4个门、包括22个属和34个种;大屯海样品共获得69株细菌,分属于4个门、包括39个属和50个种;草海样品共获得84株细菌,分属于4个门、包括32个属和48个种;赛里木湖样品共获得60株细菌,分属于4个门、包括36个属和58个种;二连海子样品共获得61株细菌,分属于4个门、包括34个属和45个种;清水海样品共获得51株细菌,分属于3个门、包括21个属和36个种;刘铁海子样品共获得55株细菌,分属于4个门、包括29个属和41个种;云龙天池样品共获得50株细菌,分属于3个门、包括17个属和18个种。共分离得到6株新属新种以及72株潜在新种。二、对7个湖泊样品所筛细菌进行了拮抗菌的筛选通过点种法从7个湖泊样品(赛里木湖除外)所获得的417株细菌中共筛选出20株拮抗菌:其中从南海子样品中筛选到1株对金黄色葡萄球菌有抗性的菌株;大屯海样品中筛选到3株对金黄色葡萄球菌有抗性的菌株;草海样品中筛选到1株对金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌都有抗性的菌株;二连海子样品中筛选到3株对金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌都有抗性的菌株;清水海样品中筛选到6株对金黄色葡萄球菌有抗性的菌株;刘铁海子样品中筛选到1株对金黄色葡萄球菌有抗性的菌株;云龙天池样品中筛选到5株对鲍曼不动杆菌有抗性的菌株。三、完成了4株拮抗菌的基因组测序及初步分析本试验从筛出的拮抗菌株中挑选了 4株(编号分别为CH44、DT12、NS0302和T009)对鲍曼不动杆菌或金黄色葡萄球菌有抗性且抗性较强的菌株进行了基因组测序。利用antiSMASH预测了 4株拮抗性菌株的次级代谢产物的基因簇,每个菌株的基因组中都含有多种可能与抗菌活性物质产生相关的基因簇,从而在抑制金黄色葡萄球菌或鲍曼不动杆菌中发挥了一定作用。四、完成了 7株新菌的多相分类本论文还对本人前期从不同样品中分离出来的7株新菌进行了多相分类的鉴定,丰富了海洋和湖泊微生物资源。菌株XJNYT是水交汇杆菌属的一个新种,分离自新疆赛里木湖,命名为柠檬色水交汇杆菌(Confluentibacter citreus),模式菌株为XJNYT(=KCTC 52638T=MCCC 1H00183T)。菌株XJSPT是假红杆菌属的一个新种,分离自新疆赛里木湖,命名为玫瑰色假红杆菌(Pseudorhodobacter roseum),模式菌株为 XJSPT(=KCTC52636T =MCCC1H00184T)。菌株HJR7T是海杆菌属的一个新种,分离自威海近海,命名为盐生海杆菌(Marinobacter salexigens),模式菌株为 HJR7T(= KCTC 52545T = MCCC 1H00176T).菌株am2T是噬冷菌属的一个新种,分离自威海近海,命名为海洋噬冷菌(Algoriphagus marinus),模式菌株为 am2T(=KCTC52549T=MCCC 1H00178T)。菌株U0105T是交替单胞菌属的一个新种,分离自威海近海,命名为沉积物交替单胞菌(Alteromonas sediminis),模式菌株为 U0105T(=KCTC 62080T=MCCC 1H00298T)。菌株WS2-14T是极地杆菌属的一个新种,分离自威海荣成海参养殖场,命名为橘色极地杆菌(Polaribacter tangerinus),模式菌株为WS2-14T(=KCTC 52275T=MCCC1H00163T)。菌株SS2-9T是海水菌属的一个新种,分离自威海荣成海参养殖场,命名为红色海水菌(Aquimarina rubra),模式菌株为 SS2-9T(=KCTC 52274T=MCCC 1H00142T)。