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牙鲆微卫星分子标记的筛选及多态性检测

陈微  
【摘要】:本文以牙鲆(Parslichthys oilvsxeus Temminck et Schlegel)为材料,基因组DNA经Sau3A I进行部分酶切后,选取400~1200bp大小的片段连接到经BamH I酶切的pUC19质粒中,连接产物转化大肠杆菌DH5α构建了牙鲆选择片段基因组文库。运用菌落杂交的方法,在牙鲆(Paralichthys Olivacous)的小片段基因组文库中筛选含有微卫星序列的重组阳性克隆。使用(AC)_(10)和(AG)_(10)为探针经过两次杂交后,共获得了20个牙鲆的微卫星序列,分别位于16个阳性克隆中,其中完全型13个,不完全型5个,复合型2个。 利用生物信息学的方法,使用实验室自制软件Repeat Reporter1.5对牙鲆ESTs数据库中的2992条EST序列进行了微卫星序列的筛选,结果得到265条含有微卫星序列的牙鲆EST序列(标准是:7次以上重复的双碱基重复序列,5次以上重复的三碱基重复序列,4次以上重复的四碱基重复序列,3次以上重复的五碱基及六碱基重复),占整个ESTs数据库的8.9%。其中双碱基重复序列为114个,三碱基重复序列88个,分别占微卫星序列总数的43%和33.2%。在发现的微卫星重复序列中重复次数介于3到31之间,在114个双碱基重复中数量最多的为AC/TG型重复,占双碱基重复总数的71.7%。在三碱基重复序列中,除CTT重复较多,占全部三碱基重复序列的14.8%外,其余各种类型微卫星序列含量较为平均。 在含有微卫星的序列中选取了28条设计引物,19对能够扩增出PCR产物,利用30个牙鲆样本检测微卫星的多态性,发现16个有微卫星多态性的位点。等位基因数从4到19不等,期望杂合度的范围从0.717 5到0.961 3,表明这些微卫星标记都具有较高的杂合度。所有微卫星座位的PIC值从0.663到0.94,表明这些微卫星位点在牙鲆中均具有较高的信息含量,适合进行各种遗传学分析。


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