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《华中科技大学》 2008年
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基于基因功能信息预测疾病相关基因

袁芳  
【摘要】:疾病的发生是遗传因素与环境因素共同作用的结果。发现疾病的致病基因是理解疾病致病原因、协助临床判断及预防诊治的基础,因此寻找疾病基因是后基因时代的重要目标。如何对连锁分析或基因组关联分析所得定位区域中的众多基因进行疾病基因的凤险评估是寻找疾病基因的关键问题之一。近几年,已经有很多研究者提出了许多基于基因信息的疾病基因的预测软件和在线工具。研究发现,当前用于疾病基因预测的信息资源中最具有预测效力的数据是基因功能相关信息,但是目前已有的基于基因GO功能信息的方法并没有充分的利用GO之间的结构关系,使得基于功能GO的预测方法在性能还有很大的提升空间。 本文首先提出一个新的基于已知疾病基因功能注释信息的预测疾病基因的方法。它利用不同GO在DAG中的最短距离来分析待测基因的GO与已知致病基因的GO之间的相似性,对待测定位区间候选致病基因进行评分,按得分高低进行排序。基于OMIM数据库中可用的最大数据集对这个方法进行评估,68.5%的疾病基因排名前10%。 但是目前还有很多疾病没有已知致病基因,或者已知致病基因没有注释信息,以上的方法不能对这样的疾病进行疾病基因的预测。对这种缺少基因功能注释的疾病,本文提出另一个新的疾病基因预测方法。它结合文本挖掘技术和上面方法中的GO功能相似性分析方法来实现对这种疾病的候选致病基因的预测。预测的过程是:首先,基于生物医学文献数据库,利用文本挖掘技术获取疾病相关表形信息,并结合人类基因产物蛋白质的功能注释,获取疾病表型与GO注释之间的关联;然后利用以上方法中的GO相似性算法,对所有候选基因进行打分排列。这个方法主要适用于没有已知疾病基因的疾病的致病基因的预测,作为已有的一些通常的利用已知疾病基因信息的预测方法的补充方法,可以更全面的对人类遗传疾病进行致病基因的预测。 目前疾病基因预测的方法,包括以上提出的方法,主要集中在对基因信息的分析研究上,很少有人从相似疾病表型的角度进行分析。本文通过挖掘生物医学文献对疾病表型进行标准化,然后计算表型之间相似性,并对相似性进行分析,结果显示这些表型相似性与其功能注释之间存在正向关系,即相似度高的表型的致病基因基因,在功能上的确具有较高的相似性特征。显然,相似度高的疾病表型也可以应用到疾病基因的预测中。 在实际预测的时候,可能只知道待测的疾病表型和待测的区间,而不知道该疾病是否已经有已知的致病基因或GO功能注释。为了解决这个问题,我们增加一个判定模块,整合以上两个方法,开发了一个新的疾病候选基因预测工具CDGMiner,既能对已有已知致病基因功能信息的疾病,也能对还没有已知致病基因或其已知致病基因没有具体功能注释的疾病进行候选区间的致病基因预测。
【学位授予单位】:华中科技大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2008
【分类号】:R363

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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 ;Predicting disease genes for familial dilated cardiomyopathy based on the codon usage bias[J];Chinese Science Bulletin;2005年18期
2 张奎星,朱鼎良,黄薇;多基因遗传病基因研究的策略和方法[J];生理科学进展;2001年03期
3 沈岩;致病基因的定位候选克隆[J];生命科学;1999年05期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前7条
1 贾全章;许建中;孙景海;侯明晓;杨滔;周强;徐爽;罗飞;殷翔;陈阳;;中国重庆青少年特发性脊柱侧凸的遗传流行病学调查[J];解放军医学杂志;2009年07期
2 潘博;林琳;蒋海越;蔡震;赵延勇;庄洪兴;;先天性小耳畸形家系收集和遗传学研究[J];中国美容医学;2007年08期
3 汪云;朱文丽;;全基因组扫描定位易感基因的策略和方法[J];中国生育健康杂志;2008年06期
4 张宪生,周莹,高亚,徐泉,段怡涛,郭新奎,李鹏;先天性巨结肠与RET基因c135位点单核苷酸多态性相关性分析[J];西安交通大学学报(医学版);2005年05期
5 陈菁;孙桂芹;;单核苷酸多态性在多基因遗传病研究中的作用[J];中国微生态学杂志;2007年02期
6 王晓玲,顾东风;冠心病遗传因素的研究进展[J];中华医学遗传学杂志;2000年06期
7 李焱,余新炳,吴忠道,李晖婷,包俊英,邵筱;序列标签法寻找日本血吸虫新基因[J];中国寄生虫学与寄生虫病杂志;2002年01期
中国博士学位论文全文数据库 前9条
1 余梅;猪12号染色体上四个新基因的分离、鉴定与物理定位[D];华中农业大学;2003年
2 邱广蓉;人类单纯性先天性心脏病遗传易感基因的定位与鉴定[D];中国医科大学;2004年
3 邹海东;孔源性视网膜脱离的人群流行病学调查和易感基因初步筛选[D];复旦大学;2005年
4 姜祎群;遗传性对称性色素异常症致病基因的定位和突变研究[D];中国协和医科大学;2004年
5 马捷;精神分裂症候选基因及A2型短指(趾)症致病基因的研究[D];上海交通大学;2006年
6 吴健;猪生产性状QTL区域5个候选基因的分离、鉴定及功能初步研究[D];华中农业大学;2007年
7 张丽;α-ENaC基因变异与新疆哈萨克族原发性高血压的关联研究[D];新疆医科大学;2007年
8 杜锡林;RNAi对凋亡抑制蛋白FLIP在肝癌组织中表达的影响及意义[D];第四军医大学;2007年
9 贾全章;中国重庆AIS遗传流行病学调查和SH3GL1序列比对分析研究[D];第三军医大学;2008年
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1 张军锋;小麦水孔蛋白基因(aqp)克隆及其表达的初步研究[D];西北农林科技大学;2002年
2 王岳平;HoxC簇基因与先天性髋脱位的传递不平衡检验及D12S1686位点基因频率分析[D];中国医科大学;2003年
3 楚冬梅;ISS患儿GHR基因单核苷酸多态性的研究[D];天津医科大学;2007年
4 王卉;蛋白质编码基因及遗传疾病相关基因的预测[D];华中科技大学;2006年
5 周权雄;疾病基因密码子使用特征分析及致病基因预测[D];华中科技大学;2006年
6 田古;家族性热性惊厥致病基因的遴选与筛查[D];北京大学;2008年
7 李珊珊;雌激素受体β基因多态性与脑梗死的相关性研究[D];天津医科大学;2009年
8 李明宵;基于多特征融合的乳腺癌相关基因预测方法研究[D];华东师范大学;2010年
9 赵欣;中国南方汉族妇女子宫内膜异位症与激素代谢相关基因多态性的关联研究[D];南方医科大学;2011年
10 涂俊;职业性氟暴露致氟性骨损伤的危险性评价研究[D];华中科技大学;2010年
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1 夏家辉;人类遗传病的家系收集疾病基因定位克隆与疾病基因功能的研究[J];中国工程科学;2000年11期
2 李俊敏;宋耀煊;刘玉昌;;特发性脊柱侧弯的基因机制[J];河北医药;2006年07期
3 刘金凤;高磊;刘永宾;李霞;;前馈环中疾病基因的分布特性研究[J];中国优生与遗传杂志;2009年05期
4 邱维勤;;单基因遗传病[J];实用医学杂志;1982年01期
5 张玮祥;于佳;高谦;;从海分枝杆菌菌落形态变化筛选与毒力相关基因的方法[J];复旦学报(医学版);2009年05期
6 龚爱华,刘木根,金洁,程建军,柴建华;用连锁分析方法确定疾病基因易位[J];江苏大学学报(医学版);1999年04期
7 曹惠兰;;不该生男孩的家庭[J];婚育与健康;1999年02期
8 张树忠,周庆文,梅长林;常染色体显性遗传型多囊肾病常用的基因诊断技术[J];中华肾脏病杂志;2000年04期
9 蒋光明;输血会传播致病基因吗?[J];国外医学.输血及血液学分册;2001年02期
10 ;遗传性乳光牙本质致病基因的鉴定[J];中华医学信息导报;2002年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李晓侨;孟岩;王铮;彭园园;佃艳;黄尚志;;两个HSP家系的致病基因定位以及突变鉴定[A];第八次全国医学遗传学学术会议(中华医学会2009年医学遗传学年会)论文摘要汇编[C];2009年
2 刘妮妮;林婴;杨正林;;先天性白内障致病基因的初步研究[A];中华医学会第七次全国检验医学学术会议资料汇编[C];2008年
3 江泓;宋兴旺;唐北沙;;一个新的常染色体显性遗传脊髓小脑型共济失调家系致病基因定位研究[A];第九次全国神经病学学术大会论文汇编[C];2006年
4 邓云华;刘芳;任伟萍;张彩娥;黄代新;陈兴平;;遗传性泛发性色素异常症一家系致病基因的定位分析[A];中华医学会第16次全国皮肤性病学术年会摘要集[C];2010年
5 周伟;陈桂文;周奇鸣;陈洪;张咸宁;赖征;郁芮;;Stargardt病Ⅲ型-家系致病基因突变谱的研究[A];2006年浙江省眼科学术会议论文集[C];2006年
6 熊舸;肖波;杨晓苏;吴志国;王康;宁景春;;良性家族性婴儿痉挛症致病基因的排除性定位研究[A];中华医学会第七次全国神经病学学术会议论文汇编[C];2004年
7 张琰琴;丁洁;赵丹;王芳;俞礼霞;;寡而大肾发育不良患儿HNF-1β基因及PAX2基因的突变分析[A];中华医学会第十五次全国儿科学术大会论文汇编(上册)[C];2010年
8 陶琴;杨俊华;;中国汉族家族性肥厚型心肌病致病基因的突变筛查及基因型与表型关系的研究[A];中华医学会心血管病学分会第十次全国心血管病学术会议汇编[C];2008年
9 赵秀丽;孙淼;杨威;单祥年;吴凤霞;孟金萍;谭凤钦;张学;;非综合征型肢端畸形致病基因的突变和定位研究[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
10 石岩;丁洁;;家族性局灶节段性肾小球硬化致病基因连锁分析[A];“中华医学会肾脏病学分会2004年年会”暨“第二届全国中青年肾脏病学术会议”论文汇编[C];2004年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 记者  刘景峰 通讯员  朱梅福;我国发现毛发上皮瘤致病基因CYLD[N];医药经济报;2007年
2 宋元晖;十年后市民可获基因身份证[N];大众科技报;2007年
3 记者 毛磊;目标:快速识别致病基因[N];新华每日电讯;2002年
4 本报记者 徐瑞哲章迪思;改造致病基因:有了靶子,正在找箭[N];解放日报;2007年
5 蒋月荣;免费为患者检测致病基因突变[N];科技日报;2005年
6 张丁丁;芬发现哮喘新致病基因[N];中国医药报;2004年
7 冯立中 朱梅福;我国首次发现“葡萄串”致病基因[N];健康报;2007年
8 记者 卢苏燕;法专家发现胆囊结石致病基因[N];新华每日电讯;2001年
9 记者 易运文;“运动失调”致病基因找到[N];光明日报;2010年
10 文俭子;早老性痴呆致病基因被发现[N];医药养生保健报;2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 袁芳;基于基因功能信息预测疾病相关基因[D];华中科技大学;2008年
2 林鹏飞;遗传性痉挛性截瘫和Charcot-Marie-Tooth病家系的临床及致病基因分析[D];山东大学;2011年
3 白海花;蒙古族两种牙齿发育相关疾病的致病基因研究[D];内蒙古大学;2010年
4 林莉;牙龈卟啉单胞菌高毒力株W83致病基因筛选[D];中国医科大学;2006年
5 臧宁;野油菜黄单胞菌野油菜致病变种mip-like基因的鉴定及功能分析[D];浙江大学;2005年
6 崔勇;进行性对称性红斑角化症致病基因的染色体定位[D];安徽医科大学;2006年
7 邓昊;对一个弥漫性浅表性光敏性汗孔角化症家系致病基因的定位和对迟发型2型糖尿病易感基因的研究[D];中南大学;2003年
8 刘嘉利;三例遗传性牙本质发育不全Ⅱ型家系致病基因的定位研究[D];中国人民解放军第四军医大学;2003年
9 郑建秋;先天性遗传性核性白内障致病基因的研究[D];天津医科大学;2005年
10 丁胜利;一个新的锌指蛋白作为稻瘟菌的致病力因子[D];中国农业大学;2004年
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1 高次子;一原发性开角型青光眼家系的临床特点及致病基因的筛查[D];安徽医科大学;2011年
2 刘芳;遗传性泛发性色素异常症一家系致病基因的定位分析[D];华中科技大学;2010年
3 赖美玲;遗传性对称性色素异常症致病基因突变研究[D];南京医科大学;2011年
4 刘志蓉;先天性眼球震颤家系疾病基因定位研究[D];浙江大学;2004年
5 刘妮妮;常染色体显性遗传白内障致病基因的研究[D];重庆医科大学;2007年
6 陈静;一个汉族家族性局灶节段性肾小球硬化病致病基因的初步定位[D];第二军医大学;2011年
7 李勇;两个单基因疾病家系致病基因的鉴定[D];兰州大学;2010年
8 杜琳;阿尔茨海默病的发病机理研究[D];浙江大学;2008年
9 王宗尧;基于蛋白质网络的人类遗传致病基因预测算法研究[D];哈尔滨工业大学;2010年
10 郑广勇;多发性毛发上皮瘤致病基因的定位与克隆[D];中国科学院研究生院(上海生命科学研究院);2004年
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