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《华中科技大学》 2018年
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MicroRNA在小鼠肺缺血再灌注损伤中的表达谱变化及功能分析

鲁愿  
【摘要】:目的:研究应用高通量测序平台对microRNA在小鼠肺肺缺血再灌注损伤模型中表达谱变化并研究其潜在的生物学功能。方法:选用BALB/c小鼠8只,随机分为两组;其中实验组(Experimental组)5只,对照组(Control组)3只。实验组左侧开胸后使用无创显微血管夹阻断肺门45min,45min后松开肺门并关胸,再灌注24h后取左肺组织标本;对照组只开胸不阻断肺门,45min后关胸,24h后取左肺组织标本。光镜下观察HE染色的的肺组织炎症和损伤程度,评价肺缺血再灌注损伤模型是否成功建立;高通量测序平台(Illumina)检测实验组和对照组中microRNA表达谱及筛选表达显著差异的microRNA;RT-q PCR法检验两组中表达明显差异明显的3个microRNA;应用软件miranda预测显著差异的microRNA的靶基因;GO富集和KEGG通路分析来预测microRNA的靶基因及其所参与的通路。结果:通过illumina高通量测序平台,从试验组和和对照组构建的小RNA文库中分别测序,经过过滤处理后获得20,613,567和22,970,296个clean read,分别占全部read的79.4%及84.2%。从鉴定出的microRNA中筛选出实验组和对照组之间表达显著差异的12种microRNA,其中5个microRNA上调两倍及两倍以上,7个microRNA下调两倍及两倍以上。RT-q PCR验证Illumine测序平台检测出的实验组和对照组之间显著差异的microRNA,mi R-122-5p,mi R-129-1-3p,mi R-410-3p,验证结果表明两种方法检测结果相符。应用miranda软件推测了2476个靶基因,进一步分析,这些靶基因被映射到7261个基因位点上。GO富集分析显示预测的靶基因可分为6063个类别,其中其中4634个基因注释到生物过程,975个属于细胞组分,854个归类到分子功能;KEGG通路分析显示预测的靶基因被注释为222个生物途径。结论:Illumina高通量测序平台为我们研究microRNA在小鼠肺缺血再灌注损伤模型中表达谱变化提高了良好的技术支持。具有高通量,高重复性,低信噪比等优点。我们通过缺血45min再灌注24h的小鼠IRI损伤模型,构建了实验组和对照组小RNA文库,从而获得高质量的microRNA表达谱,并鉴定出了使用传统基因芯片技术(microarray)无法发现的新的microRNA。在试验中总共发现12个microRNA在两组之间表达呈现显著差异变化,GO富集和KEGG通路分析中的功能注释和途径分析结果表明microRNA可能参与了LIRI的各种生理病理过程。
【学位授予单位】:华中科技大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2018
【分类号】:R655.3

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