收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

一种系统生物学建模语言的研制

陈晟  
【摘要】:分子生物学领域的进步,基因组及相关计划的进展,使得系统生物学逐渐成为生命科学研究中的热点。为了从系统层次理解生命过程,我们必须研究从细胞到有机体各个层次的结构、功能及其相关的动力学特性。目前系统生物学研究多采用实验和仿真交替实施互为验证的方式。改变系统结构和参数来分析系统的动力学特性,难以通过实际的生物实验完成。因此,建立生物系统模型,通过仿真获得对生物系统的理解,预测生物系统行为,成为目前系统生物学研究引人关注的内容之一。 本文设计了一种应用于系统生物学的编程语言——B语言,并开发了B语言的解释器及仿真环境。B语言的建模语法根据系统生物学标记语言设计,符合当前通行标准,并且B语言具有交互性解释型编程语言的特征,配合构建的仿真环境,就能方便的对模型进行仿真和计算。文中还分别用Matlab和B语言对一个典型的最小钙振荡模型进行仿真,通过比较仿真方式和结果,证实B语言在保证结果准确无误的前提下大大提高了系统生物学研究者的工作效率。 在系统的设计过程中,我们采用了面向对象的程序设计思想,通过编译器自动生成工具JavaCC构造基于Java的B语言解释器,从而保证了B语言具有良好的通用性和可扩展性。此外我们还借助一些开源项目来构建仿真环境,既保证了仿真的方便性和直观性,又能适应B语言后续开发不断扩充的需求。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 林南;刘薇;;无线传感器网络休眠调度问题分析[J];闽江学院学报;2008年02期
2 于斐;蒋玲玲;;基于VERICUT的整体叶轮五轴联动数控加工仿真[J];机械设计与制造;2010年07期
3 陈华平,安虹,黄刘生,陈国良;分布式任务调度算法的仿真环境研究[J];中国科学技术大学学报;1999年04期
4 祝江汉,凌云翔,邱涤珊;指挥自动化系统效能仿真环境研究[J];计算机工程与科学;2004年01期
5 舒振,张耀鸿,罗雪山;基于组件的软件开发方法在C3I系统仿真中的应用研究[J];计算机应用研究;2004年10期
6 邓可,赵晓哲,孙航;分布式水面舰艇编队防潜仿真系统设计[J];火力与指挥控制;2005年06期
7 项俊华;韩华亭;;基于HLA的地面防空系统仿真研究[J];弹箭与制导学报;2005年S7期
8 樊文平;刘荣;田维春;吴芳;;虚拟GIS及其虚拟可视化技术研究[J];地理信息世界;2006年02期
9 王战中;;曲面数控加工的虚拟仿真实现[J];自动化技术与应用;2006年07期
10 金光;赵炤;;基于多模型的可靠性仿真环境的设计与实现[J];系统仿真学报;2006年09期
11 管天;卢泽新;白建军;;基于半实物网络仿真的包截获关键技术研究[J];计算机工程与科学;2006年12期
12 卢春江;翁一武;陈启梅;;燃料电池工作电流对热力特性的仿真研究[J];计算机仿真;2007年01期
13 董大勇;袁修干;王黎静;李银霞;张立博;;基于飞行任务的驾驶舱显示人机界面仿真[J];系统仿真学报;2007年03期
14 吴国庆;侯朝桢;毛少杰;;仿真环境与C~4ISR系统交互技术研究[J];系统仿真学报;2007年09期
15 林茂森;殷璐;李相全;;JTIDS抗干扰性能与仿真[J];通信对抗;2007年01期
16 李爱玲;贺智平;;一种基于NS2的移动Agent仿真系统[J];大众科技;2007年05期
17 池海;;某型坦克半实物仿真训练模拟系统设计[J];情报杂志;2009年S1期
18 徐辉;王凡;;基于VERICUT的数控加工技术应用研究[J];新技术新工艺;2010年03期
19 张万颖;;仿真环境下的电子商务专业考试方式改革探究[J];辽宁高职学报;2011年01期
20 漆莲芝;谢敏;张军;;VI仿真环境下嵌入式软件测试研究与应用[J];信息与电子工程;2011年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李颖;李新;张昱;刘志朋;殷涛;;基于Visual Basic的医学仪器控制[A];天津市生物医学工程学会2006年学术年会论文摘要集[C];2006年
2 陈兴平;郝新;张曾科;徐文立;;多轴运动控制器及其应用[A];中国仪器仪表学会第三届青年学术会议论文集(下)[C];2001年
3 胡长德;高娟;钱征宇;;一种地磁仿真环境系统的构建[A];全国第二届信号处理与应用学术会议专刊[C];2008年
4 王涛;郭长国;邹鹏;王晓斌;;一种基于注释的监控编程语言设计与实现[A];全国第20届计算机技术与应用学术会议(CACIS·2009)暨全国第1届安全关键技术与应用学术会议论文集(下册)[C];2009年
5 李群;杨峰;梅珊;王维平;;OpenBlock:一个基于组件的模块图仿真环境[A];'2002系统仿真技术及其应用学术论文集(第四卷)[C];2002年
6 程健庆;;综合仿真环境在海军作战实验室中的应用研究[A];新世纪 新机遇 新挑战——知识创新和高新技术产业发展(下册)[C];2001年
7 顾本源;王雪华;;赝带隙光子晶体中原子集合的自发辐射动力学特性[A];第十届全国量子光学学术报告会论文论文集[C];2002年
8 李莹;程昌钧;;非线性孔隙热弹性板的变分原理和动力学特性[A];中国力学学会学术大会'2009论文摘要集[C];2009年
9 严世榕;郭长福;;汽车转弯制动过程动力学仿真[A];2007系统仿真技术及其应用学术会议论文集[C];2007年
10 汪中厚;赵守振;龚伟;久保爱三;;基于虚拟样机的摩托赛车发动机动力学性能仿真技术[A];第九届全国振动理论及应用学术会议论文摘要集[C];2007年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 唐胜利;热动力系统仿真环境的研究与开发[D];重庆大学;2004年
2 赵荣国;楔环连接结构静力接触行为与动力学特性研究[D];中国工程物理研究院;2004年
3 邓野;CTCS-3测试仿真环境可视化关键技术的研究[D];北京交通大学;2010年
4 许智宏;关于提高网格计算性能和服务质量的几点研究[D];天津大学;2004年
5 陈杨;基于轨迹片段的运动规划方法及其在自主车辆中的应用[D];国防科学技术大学;2006年
6 刘晓红;互联网端到端网络性能影响因素的分析与评估[D];北京邮电大学;2007年
7 王晓燕;基于模型驱动架构的软件开发方法与实现技术研究[D];吉林大学;2008年
8 王颖;基于人机交互仿真的驾驶次任务研究[D];清华大学;2009年
9 王瑞林;大口径机枪动力学特性与射击精度研究[D];南京理工大学;2003年
10 罗强;高速铁路路桥过渡段动力学特性分析及工程试验研究[D];西南交通大学;2003年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈晟;一种系统生物学建模语言的研制[D];华中科技大学;2004年
2 张轶;基于分布式仿真环境的地理信息系统设计与实现[D];解放军信息工程大学;2001年
3 沈明星;基于CAN总线混合动力汽车模糊逻辑控制策略的仿真研究[D];华中科技大学;2007年
4 杨扬;基于故障注入的CBTC系统测试的研究与实现[D];北京交通大学;2009年
5 刘韬;基于DeltaCORBA的嵌入式应用系统设计仿真环境[D];电子科技大学;2004年
6 常亮;仿真环境中指挥行为评估方法研究与设计[D];哈尔滨工程大学;2011年
7 李伟;船用喷气式推进器结构原型及其动力特性[D];哈尔滨理工大学;2005年
8 沈海涛;动圈型直线压缩机原理性样机的优化与设计[D];浙江大学;2006年
9 刘彬;海水提取硝酸钾200吨/年中试相关离子交换动力学特性研究[D];河北工业大学;2005年
10 盛军;BSA动物免疫过程抗原抗体亲和动力学特性的研究[D];福州大学;2005年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 杨伟宁;月入万元的自由程序员(上)[N];电脑报;2007年
2 记者 周前进;省委党校将建仿真环境实验室[N];四川日报;2011年
3 ;10大非著名IT科技之父[N];网络世界;2008年
4 BEA亚太区业务解决方案技术总监 赵益;BEA:让SOA平民化[N];中国计算机报;2007年
5 胖胖;Web开发热会持续多久[N];中华读书报;2006年
6 记者 程亮;软件开发人才需求图[N];人才市场报;2007年
7 清水 编译;7种正在流行的编程语言[N];计算机世界;2010年
8 WQS;编程语言[N];电脑报;2003年
9 邹吉宏;营造仿真环境 加快对韩招商[N];青岛日报;2005年
10 电脑虎;打开数字城堡的钥匙——编程语言[N];中国电脑教育报;2005年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978