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《华中农业大学》 2010年
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苎麻茎皮差减文库的构建及纤维发育相关基因的筛选

罗蓓蓓  
【摘要】: 苎麻(Boehmeria nivea(L.)Gaud)为荨麻科苎麻属多年生韧皮纤维作物。苎麻是最长的纤维作物之一,素有“天然纤维之王”的美誉。苎麻茎皮是由韧皮纤维细胞构成的,是纤维的主要来源。本研究利用组织生长的阶段性,利用苎麻茎皮地上茎的不同部位,以茎顶端为Tester,茎基部为Driver进行差减杂交,构建了两个苎麻茎皮差减文库P和U。得到以下结果: 1.PCR产物进行纯化的差减文库P挑取保存了1102个阳性克隆,获得了13个阳性克隆的测序结果,并进行了BlastX和BlastN比对分析;PCR产物未经过纯化的差减文库U挑取保存了1152个阳性克隆,获得了185个阳性克隆的测序结果,并进行了Blast分析和生物信息学分析。 2.库U中的EST序列除去小片段和载体序列后获得171条有效序列,分为14类功能基因:能量相关的序列数量最多,有52条,占30%;未分类序列有39条,占23%;蛋白质合成、细胞结构相关序列各有14条,各占8%;未明确分类序列有13条,约占8%;代谢相关序列10条,占6%;蛋白质降解及贮藏相关序列有8条,占5%;转录、抗病及防御相关序列各有4条,各占2%;细胞生长及分化、胞内运输、次生代谢相关序列各有3条,各占2%;转运、信号转导各有2条,各占1%。 3.库U中的EST序列除去低质量序列和载体序列后获得166条有效序列,拼接后得到37条unisecquences,包括19个contig和18个singlet。并从分子功能、细胞组成和生物学过程三个方面对其分类和分析: 在分子功能水平2上,与结合功能相关的序列有67%;与催化活性相关的序列有45%;与抗氧化活性相关的序列有18%;与分子结构活性相关的序列有8%;与翻译调节活性相关的序列有2%;与转运活性相关的序列有2%。 在细胞组成水平2上,与组成细胞和部分细胞相关的序列有43%;与组成细胞器相关的序列有37%;与组成大分子复合体相关的序列有32%;与组成部分细胞器相关的序列有8%;与组成胞外结构相关的序列有2%。 在生物学过程水平2上,与代谢过程相关的序列有62%;与细胞生理过程相关的序列有54%;与应激反应过程相关的序列有21%;与生物调控相关的序列有5%;与发育过程相关的序列有5%;与建立定位过程相关的序列有5%;与定位过程相关的序列有5%;与多细胞有机体过程相关的序列有2%;与生物过程的正调控与负调控相关序列分别有2%。 4.Blast筛选出9条与纤维发育相关基因,它们分别是α-微管蛋白基因家族4条,β-微管蛋白基因家族1条,钙调蛋白基因1条,几丁质酶基因/纤维糖基水解酶基因1条,果胶酯酶基因1条,过氧化物酶基因1条。 5.GO注释筛选出5条推测为与纤维发育相关基因,它们分别是:微管蛋白α链基因,肌动蛋白基因,木葡聚糖转葡糖苷酶/水解酶蛋白22基因,V型质子ATP酶116kDa亚基的异构体4基因,细胞程序性死亡蛋白4基因。
【学位授予单位】:华中农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2010
【分类号】:S563.1

【引证文献】
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