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《华中农业大学》 2012年
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海岛棉产量和纤维品质性状的关联与遗传连锁分析

王夏青  
【摘要】:1海岛棉GbIP和GbIDP引物的开发和评价 从核酸数据库中共选取了588条海岛棉的CDS序列进行引物的开发,经筛选后,用125条CDS序列设计了126对引物,其中39对是内含子引物(GbIP),87对为插入缺失引物(GbIDP)。用这些引物分析56个海岛棉和10个陆地棉的遗传多样性,GbIP和GbIDP引物的PIC值分别为0.56和0.49,有效复合比(E)值分别为0.74和0.69,数据定性值(QND)分别为0.65和0.44,有效标记指数(EMI)分别为0.27和0.15。主坐标分析(PCA)清晰地显示出陆地棉和海岛棉的显著差异,此外,新疆地区海岛棉与国外以及中国其他地区的海岛棉差异较大。同时,这126对引物也被用于海陆种间遗传图谱的构建,共有16个多态性位点定位在9条上染色体上,其中有6个位点定位在A亚组上,10个位点定位在D亚组上。研究表明GbIP和GbIDP引物能有效用于遗传多样性评价和图谱构建中。 2海岛棉遗传多样性及产量和纤维品质的关联分析 利用已定位的237对SSR标记和新开发出的126对GbIP、GbIDP标记对56个海岛棉材料进行遗传多样性、群体结构、连锁不平衡和关联分析。 聚类分析和群体结构分析都将56份海岛棉材料分为3个群体。群体1包括国外的海岛棉和部分国内海岛棉品种,此外,该群体还包括一些新疆早期海岛棉品种;群体2仅由新海5号构成;群体3包含大部分的新疆后期育成的海岛棉材料。 2009年共检测到102个与产量和纤维品质关联的位点,与产量关联的位点有36个,与纤维品质关联的位点有66个。共有24个位点与2-3个性状关联。表型变异解释率为0.29%-14.19%,平均解释率为5.56%。2010年共检测到163个与产量和纤维品质关联的位点,与产量相关的位点有91个,与纤维品质相关的位点有72个。共有43个位点与2-3个性状关联。表型变异解释率为0.07%-18.84%,平均解释率为6.81%。在2009和2010年都检测到的位点有30个。 3海岛棉种内图谱构建及产量和纤维品质的QTL定位 综合运用gSSR, EST-SSR, SRAP和SSCP共15971对引物,对海岛棉Hai7124和3-79构建的124个F2群体进行多态性分析,共扩增出412个多态性位点,且337多态性位点进入52个连锁群中,且26个连锁群定位到15条染色体上。连锁图全长2108.34cM。该图谱中,相邻标记间最大距离为35.20cM,最小距离为0.25cM,平均距离为6.26cM。 经卡方检验,在0.01水平上,52个位点表现偏分离,占位点总数的12.62%。34个位点(65.38%)偏向母本的基因型;15个位点(28.85%)偏向杂合类型;3个位点(5.78%)偏向父本的基因型。 2009年和2010年共检测出51个与产量和纤维品质性状数据相关的QTL。在2009年检测到18个QTL,LOD值为2.50-6.47,表型变异解释率为8.85-28.26%。在2010年检测到33个与产量和纤维品质相关的QTL,LOD值为2.52-4.63,表型变异解释率为6.93-34.52%。,MON-CGR5376-NAU2575与单铃籽棉重、单铃皮棉重、百粒重、籽指、伸长率连锁。在2009和2010年两个环境下检测到的共同的QTL仅有1个,该QTL与伸长率有关,相邻的标记为MON-CGR5376-NAU2575。本研究中有31个QTL定位在染色体上,其余20个定位在连锁群上。QTL的效应模式主要表现为超显性,仅有4个QTL表现为加性。
【学位授予单位】:华中农业大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2012
【分类号】:S562

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